К первому десятилетию XVIII в. нидерландская наука, как и искусство и философия, находилась в полном расцвете. Не было ни единого признака упадка ее активности или творческой силы. Она по-прежнему оставалась во многих областях ведущей наукой в Европе, особенно в отношении микроскопов, анатомии, ботаники, энтомологии, оптики, некоторых отраслях химии, и — самый широко известный аспект — в клинических методах и применении науки в медицине.

К 1640-х гг. жесткие кальвинисты под воздействием веротерпимой политики Фредерика-Хендрика, ремонстрантского возрождения и отсутствия активного преследования католических молитвенных собраний были вынуждены в некоторой степени отступить от бескомпромиссной нетерпимости контрремонстрантов 1619 г. Сам Воэций в 1640-х гг. разработал несколько вынужденную, ограниченную доктрину терпимости, изложенную им позднее в «Politica Ecclesiastica». После постигшего их неожиданного удара — преждевременной смерти Вильгельма И, ортодоксальным кальвинистам воэцианского склада пришлось признать, что они живут в государстве, которое гарантирует свободу отправления религиозного культа диссентерским Церквям, и что католические богослужения, проводившиеся в частных домах (пока количество присутствовавших на них верующих было не слишком велико), были вне их досягаемости. Но Воэций и его последователи составили перечень доктрин, которые, по их мнению, подрывали сами основы христианства, особенно тех, что отрицали божественную природу Христа, Троицу и первородный грех, то есть социнианство и деизм, а также скрытый и откровенный атеизм. Антисоцинианская кампания, набравшая силу в Соединенных Провинциях около 1650 г., оставаясь главным элементом в нидерландской мысли и культуре на протяжении более чем полувека, став основным орудием и оправданием политики, направленной на ограничение и пресечение интеллектуальной и религиозной свободы.

Один из центральных принципов «Politica Ecclesiastica» Воэция заключался в том, что социнианство и антитринитаризм в целом недопустимы и нетерпимы в христианском обществе. Для Воэция это означало, что пользовавшиеся веротерпимостью диссентерские Церкви, такие, как ремонстранты и менониты, которым недоставало теологической дисциплины и авторитарной структуры реформатов и лютеран (а также католиков), должны были находиться под постоянным надзором и давлением с целью предотвращения пропаганды внутри их антитринитаристских идей, и принуждения к изгнанию из своих рядов тех собратьев, которые оказывались «заражены» антитринитаристскими взглядами. Кроме того, светские власти не должны поощрять распространение интеллектуальных влияний, в том числе идей Эразма, в любом случае благоприятных для арианских и социнианских методов мышления. Воэций утверждал, что искоренение социнианства и других антитринитаристских воззрений из общества — и в первую очередь, из их родной гавани, диссентерских Церквей и их ответвления, коллегиантов — было обязанностью государства и должно проводиться в жизнь в сотрудничестве с руководством меннонитов и ремонстрантов или без него. В письме от 1664 г. он с радостью хвалил старейшин нидерландских меннонитов за сотрудничество со светскими властями в борьбе с социнианством в собственных рядах.

Кокцеянцы были не столь строго нетерпимы на практическом уровне, но с теологической точки зрения такими же противниками антитринитаризма, как и воэцианцы. Значительная часть «Summa Doctrinae de Foedere» Кокцеюса (1648 г.) написана в форме диалога с Социном и другими социнианскими авторами. В своих экзегетических пассажах Кокцеюс постоянно упоминает постулируемые им ошибки социнианцев в истолковании Писания и отказ увидеть в нем ссылки на Троицу. Воэций и Кокцеюс были в равной мере твердо убеждены в том, что о божественности и пришествии Христа говорится как в Ветхом, так и Новом Завете, и что социнианские воззрения на Христа как на человека, лишенного божественных свойств, и на Ветхий Завет как всего лишь маловажное предисловие к Завету Новому, подрывали основы христианской веры. Хейдан, старейшина кокцео-картезианства, считал антитринитаризм главной угрозой христианству и посвятил много интеллектуальной энергии борьбе с ним. Рёль в конце столетия также оправдывал свои радикальные новшества как лучший способ защиты против социнианства и антитринитаризма.

Очевидно, что к 1640-м гг. социнианские и антитринитаристские взгляды получили широкое распространение в нидерландском обществе, во всяком случае, в приморских провинциях и Фрисландии. Йоханн Сарторий, польский социнианский проповедник, нашедший убежище в Амстердаме, сообщал в 1638 г., что многие здешние люди частным образом отвергают догмат Троицы и являются, таким образом, скрытыми антитринитаристами или «никодемитами», как он их называет. Партия-фракция Штатов в пору своего подъема в конце 1640-х гг. и после смерти Вильгельма II в 1650 г. выступала за веротерпимость. Но входившие в нее регенты также опасались ущерба для своей репутации среди населения, который могли причинить реформатские проповедники. Около 1650 г. существовало много признаков, что Штаты Голландии были весьма обеспокоены на этот счет. В указе от июля 1653 г. Штаты выступили с осуждением кампании инсинуаций, развязанной некоторыми проповедниками с целью «дискредитации искренних намерений и полезных решений Штатов Голландии», и «распространения превратных представлений относительно благочестия и праведности регентов этой провинции». Воэцианские проповедники считали, что голландские регенты проявляют недопустимую мягкотелость, когда речь идет о защите религии и государственной Церкви, и Штаты болезненно реагировали на такую критику. Несколько раз проповедников Голландии предупреждали, чтобы они проявляли «подобающее уважение и повиновение, которое подданные должны испытывать к своим законным суверенам», как в своих проповедях, так и в частных беседах.

Центральное место социнианской проблемы в конце 1640-х и 1650-х гг. было отчасти вызвано наплывом в Амстердам польских и немецких социниан в результате усилившихся гонений в Польше и Бранденбурге, и изданием в Республике нескольких социнианских трудов на нидерландском языке. Книги печатались и продавались тайно и уничтожались властями, когда их удавалось перехватить. В 1645 г. роттердамские бургомистры обнаружили тираж из 100 экземпляров труда Креллия, в переводе на нидерландский, и приказали его уничтожить. Но на озабоченность властей развитием социнианства повлияло также распространение коллегиантского движения, особенно в Амстердаме в 1640-х гг., и было всё больше признаков того, что некоторые нидерландцы подпали под влияние социнианских доктрин. К тому времени, когда Северои Южноголландский синоды подали петицию Штатам Голландии в 1653 г., Зеландия уже активно боролась с этим «недугом», который ее власти называли самой опасной и самой «иудейской» из всех христианских ересей, давая понять, что она быстро распространялась, особенно в Голландии, Фрисландии и Гронингене, — указание, что меннониты считались особенно восприимчивы к социнианским аргументам.

В сентябре 1653 г. Штаты Голландии запретили социнианские и другие антитринитаристские «молитвенные собрания», предупредив их участников, что они предстанут перед судом по обвинению в богохульстве и в «нарушении общественного мира». Книготорговцы, у которых будут найдены тиражи книг антитринитаристского содержания, должны быть оштрафованы на 1000 гульденов, а издатели антитринитаристской литературы — на 3 000 гульденов. Эдикт был направлен против коллегиантов и других диссентеров, восприимчивых к антитринитаристскому влиянию, а также открытых социниан, собравшихся в группы. Он положил начало жесткому преследованию антитринитаризма по всей Голландии и в соседнем Утрехте, которое продолжалось на протяжении 1650-х гг. и, несомненно, произвело значительный эффект. В Роттердаме консистория «фламандских» анабаптистов посчитала себя обязанной соблюдать эдикт и закрыла коллегию свободных анабаптистских дискуссий, которая собиралась каждую неделю. Роттердамская ремонстрантская консистория раскололась: некоторые либералы (при поддержке молодого Адриана Паэтса) хотели бросить вызов эдикту, но большинство решило проявить уважение к властям и закрыло «Пятничную коллегию». В Амстердаме коллегианты также были вынуждены в течение нескольких лет собираться в частных домах меньшими группами, чем ранее, и вести себя более осмотрительно. Реформатский классис докладывал на собрании Южноголландского синода в Дордрехте в 1656 г., что власти удовлетворительно исполняли антисоцианский указ, по крайней мере, в больших городах, что подтверждает очевидные изменения интеллектуальной атмосферы в Роттердаме, Гааге и других местах. Суровые меры, принятые против антитринитаризма, не обошли стороной и сельскую местность. Бальи Алкмара писал де Витту в марте 1655 г., сообщая о том, что провел расспросы в деревнях, расположенных вокруг города, с помощью «регентов основных деревень» на предмет того, есть ли в окрестностях какие-либо социнианские или антитринитаристские книги, но не обнаружил ни одной.