Для ускорения вывоза со станций прибывавшего груза стали применять очень жесткие требования к грузополучателям. Так, в 1916 г. Северные дороги установили срок хранения на станциях для некоторых категорий груза после выгрузки вагонов всего 6 часов, увеличили плату за хранение в зависимости от категории груза, периодически закрывали станции для приема грузов. Некоторые направления из-за большого движения воинских поездов приходилось объявлять закрытыми для перевозок коммерческих грузов.

26 ноября 1915 г. Совет министров принял решение образовать в МПС Временный распорядительный комитет по железнодорожным перевозкам. Он должен был добиться оптимального распределения и оборота подвижного состава, регулировать перевозки в целях достижения наиболее эффективной работы железных дорог, распределять массовые грузы по степени важности и срочности доставки, а также по районам снабжения, и для этого составлять общие планы перевозок грузов вне театра военных действий. В первую очередь по планам перевозились воинские грузы и топливо. Для всех остальных грузов планы устанавливались для отдельных центров, районов или групп заводов.

Больше и чаще комитету приходилось заниматься Петроградским узлом. Объяснялось это и политическим значением столицы, и ролью промышленности Петрограда. Подчас приходилось принимать экстренные меры. В январе 1916 г. МПС было вынуждено приостановить на линии Петроград — Москва пассажирское движение для увеличения подвоза продовольствия в столицу. За время перерыва пассажирского движения с 10 по 17 января из Москвы в Петроград было отправлено 12 799 груженых вагонов (из них 3682 с продовольствием). В среднем в сутки в северную столицу прибывало 1828 вагонов или один товарный поезд через каждые сорок минут (всего 256 поездов). Такой интенсивности грузового движения Николаевская железная дорога еще не знала.

В связи с нехваткой хлеба в столице Временный распорядительный комитет принял решение доставлять его маршрутными поездами. Груженые хлебом, крупами, солью и т. п., они отправлялись из Нижнего Новгорода, Рыбинска, Саратова, Ростова-на-Дону, Балашова и других городов. В среднем такие поезда состояли из 25–35 вагонов. Только 9 декабря 1916 г. из различных городов в Петроград маршрутными поездами было отправлено 1287 вагонов с продовольствием.

Попытки внести плановое начало в организацию перевозок грузов натолкнулось на скрытый саботаж владельцев грузов. «Назначенный по плану к перевозке груз систематически не предъявлялся отправителем», — писал инженер М.И. Васильев. По его оценке, например, недогруз основных продовольственных грузов, сахара, а также угля достигал 50%. По мнению Васильева, груз этот имелся в наличии, и это «с несомненностью свидетельствует о доминирующем влиянии на вопросы снабжения не транспорта, а интересов торговли и спекуляции».

В 1916 г. Особое совещание по обороне государства несколько раз высказывалось за составление общегосударственного плана перевозок. В апреле на этом настаивал военный министр Д.С. Шуваев. Он указал, что, сообразуясь с таким планом, ведомства будут распределять грузы, что и «явится наилучшим, в условиях текущего времени, решением вопроса о перевозках».

А.Л. Сидоров, подробно изучавший состояние железнодорожного транспорта в годы войны, справедливо сделал вывод о том, что «внедрение элементов плановости перевозок и маршрутизации поездов все-таки позволило железным дорогам удовлетворять наиболее острые военные и хозяйственные потребности страны».

Предпринятые МПС меры позволили значительно улучшить все показатели работы железных дорог. Если в мае 1914 г. средняя суточная работа всей сети составляла примерно 72 тыс. товарных вагонов, то в мае 1916 г. она достигла 90 тыс. В 1916 г. количество поездов на сети дорог по сравнению с 1913 г. увеличилось на 5%, обмен вагонами вырос на 31%, число пассажиров — на 20%, пробег паровозов — на 15,6%, а вагонов — на 22%. Особая нагрузка выпала на сибирские и Северные железные дороги. Так, на Северных железных дорогах пробег паровозов увеличился вдвое.

К 1917 г. у железнодорожников стала накапливаться усталость. По мнению Э.Б. Войновского-Кригера, крайне напряженная и нервная работа без отдыха была одной из причин возникших трудностей в работе путей сообщения. Согласно мобилизационному плану на дороги фронта было командировано 9613 человек. Затем с дорог Восточного района на театр военных действий было направлено еще 13 568 служащих. Это значительно ослабило контингент работников железных дорог тыла, значительно усложнило работу, ибо заменить их служащими высокой квалификации было невозможно. Нехватка квалифицированных работников вынуждала во все больших масштабах использовать на железных дорогах труд женщин, подростков и военнопленных.

На почве начавшегося кризиса транспорта стало распространяться взяточничество. Возникла особая профессия «толкачей». Эти люди брались за известное вознаграждение доставить груз в сохранности до станции назначения. Данилов вспоминал, что к услугам «толкачей» стали прибегать не только отдельные лица или торговые фирмы, но и государственные учреждения. Злоупотребления допускали и сами чиновники МПС. Весьма информированная газета «Новое время» писала 17 января 1916 г., что в ходе проверки 39,8 тыс. телеграмм, отправленных Управлением железных дорог, было выявлено 45 с поддельными подписями. В частности, было дано 9 телеграмм о предоставлении права на внеочередную отправку 667 вагонов с грузами. По этому факту были арестованы три чиновника министерства. Расследование злоупотреблений должностных лиц на железных дорогах министр путей сообщения А.Ф. Трепов поручил действительному статскому советнику К.И. Савичу. Летом 1916 г. на 43 железных дорогах страны было предано суду за различные преступления 57 железнодорожников. Трепов считал это «успокоительным» показателем.

В течение всей войны железнодорожникам приходилось бороться с хищениями имущества дорог. Для противодействия уголовным элементам в первые же месяцы войны на всех прифронтовых дорогах была введена круговая порука среди местного населения в качестве меры борьбы с повреждениями железнодорожного полотна и телеграфных проводов. В случае обнаружения виновного среди местных жителей штрафу подвергалась вся деревня. Военные власти предупреждали, что лица, скрывавшие злоумышленников, будут наказываться вмести с ним в одинаковой мере.

Осенью 1916 г. на железных дорогах участились случаи задержки движения поездов, число задержанных в пути вагонов увеличилось на 5227. Зима 1916/1917 г. принесла железнодорожникам России немало неприятных сюрпризов. В декабре 1916 г. морозы ниже -30° на Томской железной дороге резко ухудшили все показатели работы: повышенный расход топлива, ухудшение оборота паровозов и вагонов, уменьшение составов и скорости движения. Чаще обычного приходилось использовать паровозы для подталкивания поездов. Отмечались случаи примерзания паровозов у гидравлических колонок после набора воды. Резко выросла заболеваемость паровозных бригад.

Во второй половине декабря 1916 г. наибольшие затруднения в движении поездов возникли из-за снежных заносов на Московско-Казанской и Московско-Киево-Воронежской железных дорогах. Плохая погода, несвоевременная подача вагонов, перегруженность отдельных линий были основными причинами снижения отгрузки угля из Донецкого бассейна. Так, за период с 16 по 31 декабря вместо 3742 вагонов по плану было отгружено лишь 3186, т. е. недогруз составил 556 вагонов. Погодные условия оказали влияние на перевозку нефтяного топлива. Из-за холодов мазут застывал в цистернах, и в результате они возвращались, например, в Грозный, с остатками топлива.