В качестве главных виновников указанного антигосударственного действия Политбюро ЦК ВКП(б) посчитало Родионова, Попкова и Кузнецова, «которые нарушили элементарные основы государственной и партийной дисциплины». Серьёзная промашка этих руководителей состояла в том, что они от имени возглавлявшихся ими организаций «не испросили разрешения ЦК ВКП(б) и Совмина СССР на проведение Всесоюзной оптовой ярмарки, а самовольно организовали её в Ленинграде».

В качестве причины таких противогосударственных действий было указано: «У тт. Кузнецова, Родионова, Попкова имеется нездоровый, небольшевистский уклон, выражающийся в демагогическом заигрывании с ленинградской организацией». Более того, они занимались охаиванием ЦК, который якобы не помогал ленинградцам. При этом пытались представить себя «в качестве особых защитников интересов Ленинграда». Всё это приводило к отрыву ленинградской парторганизации от ЦК ВКП(б).

Далее к этой группе ленинградцев был подвязан ещё и их земляк Вознесенский, который согласился на ранее сделанное ему предложение Попкова «шефствовать» над Ленинградом. Кроме того, Кузнецова и Вознесенского обвинили в том, что они противопоставляли Ленинград Москве, РСФСР — остальному Союзу, а потому планировали объявить город на Неве столицей Российской Федерации и создать отдельную компартию РСФСР. В итоге обоих заподозрили в попытке антиправительственного заговора и измены Родине.

Интересно, что в постановлении была приведена даже историческая аналогия, не сулившая нарушителям установленного порядка ничего хорошего: «ЦК ВКП(б) напоминает, что Зиновьев, когда он пытался превратить ленинградскую организацию в опору своей антиленинской фракции, прибегал к таким же антипартийным методам».

Естественно, что Родионов, Попков и Кузнецов тут же были сняты с руководящих постов. А 7 марта 1949 года Политбюро приняло решение «об освобождении т. Вознесенского» от обязанностей зампреда Совмина СССР, а также о выведении его из состава Политбюро ЦК ВКП(б). Одновременно Вознесенскому как председателю Госплана были предъявлены следующие обвинения: «В результате проверки, проведенной Бюро Совета Министров СССР… вскрыты факты обмана Госпланом СССР правительства. При этом установлено, что Госплан СССР допускал необъективный и нечестный подход к вопросам планирования и оценки выполнения планов», что выразилось в подгонке цифр с целью сокрытия действительного положения вещей. Возникло «смыкание Госплана СССР с отдельными министерствами», в результате чего произошло «занижение производственных мощностей и хозяйственных планов». При рассмотрении одного конкретного вопроса «председатель Госплана СССР т. Вознесенский… занял фальшивую позицию», давая своим подчинённым противоположные указания. При таких обвинениях Вознесенский был снят и с данной должности.

Как из приведенных материалов, так и из хода дальнейших событий становится очевидно, что к организации «ленинградского дела» имели отношение Маленков, Берия и Хрущёв.

И всё-таки причины изгнания Вознесенского и Кузнецова из верхних эшелонов власти и их последующего уничтожения остаются до конца не ясными. Приведённые выше прегрешения больше походили только на повод для осуществления расправы. Нами высказывалась версия [Л.1], что оба элитных руководителя, прекрасно информированные о состоянии дел как в стране, так и за рубежом, были в качестве провозглашённых наследников посвящены Сталиным в некие тайные замыслы вождя, но не поддержали их. Для пресечения возможности разглашения ставшей известной только им строго конфиденциальной информации обоими перспективными государственным и партийным деятелями пришлось пожертвовать. Тем более что после снятия с высоких постов ряда выдвиженцев из Ленинграда дело продолжилось.

Следующим актом трагедии явился пленум Ленинградского обкома и горкома партии, состоявшийся 22 февраля 1949 года, на который прибыли член Политбюро ЦК партии Г.М. Маленков и член Оргбюро В.М. Андрианов. На заседании Маленков ознакомил присутствовавших с мнением Политбюро о том, что ленинградские руководители превратились в антипартийную группу, а потому первый секретарь обкома и горкома Попков и другие руководители были сняты со своих постов. Тут же главой ленинградской партийной организации избрали присланного Москвой Андрианова.

В помощь этому партийному функционеру в кресло начальника Ленинградского управления МГБ 21 апреля 1949 года посадили генерал-лейтенанта Н.Д. Горлинского, имевшего немалый опыт в вопросах чистки кадров в органах госбезопасности. На этом посту он сменил более лояльного генерал-лейтенанта Д.Г. Родионова, который за свою бытность на брегах Невы в течение 3 лет направил около 300 конфиденциальных спецсообщений в адрес министра госбезопасности Абакумова и даже часто лично докладывал Сталину «обо всём, происходившем в Ленинграде». Благодаря политике активного информирования сам Родионов не был привлечён к ответственности по предъявлявшимся обвинениям, но свою причастность к инициированию этого вопроса глубоко переживал [Л.4].

К середине лета 1949 года «ленинградское дело» было окончательно сформировано и базировалось на вполне вероятной версии о том, что второй секретарь Ленинградского горкома Я.Ф. Капустин являлся английским шпионом. Данное заключение сделали на основании того, что в 1935 году подозреваемый проходил длительную стажировку в Англии, в Манчестере, на заводах «Метраполитен-Виккер». Причём русский стажёр не только «пользовался там уважением и доверием», но и завёл роман со своей учительницей английского языка, которая предлагала ему остаться в Англии. По мнению органов госбезопасности, все эти факты заслуживали особого внимания «как сигнал возможной обработки Капустина английской разведкой» [Л.46].

21 июля 1949 года министр госбезопасности В.С. Абакумов направил Сталину записку, в которой сообщил, что секретарь Ленинградского горкома партии Капустин подозревается в связи с английской разведкой, а свидетельствовавшие об этом материалы по указанию бывшего начальника Ленинградского управления МГБ П.Н. Кубаткина якобы хотели уничтожить. Сталин дал указание об аресте обоих подозреваемых. Хотя Капустин формально был арестован за шпионаж, допрашивался он по вопросу существования в Ленинграде антипартийной группы и дал признательные показания.

13 августа 1949 года в Москве в кабинете Маленкова без санкции прокурора были арестованы А.А. Кузнецов, П.С. Попков, М.И. Родионов, П.Г. Лазутин и Н.В. Соловьев. Затем, добавив к предъявленным ранее обвинениям ещё и пропажу секретных документов из Госплана, 27 октября 1949 года отправили за решётку Вознесенского. Следствие велось около года. Стремление в условиях холодной войны полностью исключить возможность утечки информации о расколе в руководстве страны Советов подтверждается тем, что в 1950 году по указаниям Маленкова, который давал их от имени ЦК партии и со ссылкой на Сталина, была организована совершенно необычная партийная тюрьма на 3040 заключённых «с особыми условиями режима, ускоренной оборачиваемостью, специальной охраной». Министру внутренних дел Круглову поставили задачу освободить отдельные тюремные помещения, укомплектовать штат новым начальником, надзирателями, вахтёрами и в дальнейшем этой тюрьмой не заниматься. Данная следственная тюрьма напрямую подчинялось ЦК, а ведал ею председатель Комиссии партийного контроля Шкирятов. В особую тюрьму перевели всех главных обвиняемых по «ленинградскому делу» [Л.46]. Просуществовала тюрьма в таком партийном подчинении совсем недолго, поскольку через год надобность в ней отпала.