Нацистская религиозная политика на оккупированной территории СССР базировалась на принципе «разделяй и властвуй»[1606]. Несмотря на заявления об абстрагировании германских властей от церковных вопросов, к середине 1942 г. министерство «восточных территорий» склонилось к тому, что наиболее желательной ситуацией для Третьего рейха было бы развитие противостояния между Московским патриархатом и сильными сепаратистскими национальными православными церквами[1607]. Целью такой политики было снижение на оккупированной территории влияния РПЦ, которая с самого начала войны заняла просоветскую и антиколлаборационистскую позицию.

Планам нацистов способствовали устремления части высшего духовенства на Украине. Летом 1941 г. глава структур Московского патриархата на территории РК «Украина» архиепископ Ровенский Алексий (Громадский) объявил о создании автономной Украинской православной церкви (УПЦ), которая осталась в юрисдикции Московского патриархата. Однако сепаратистски настроенная часть иерархов и священнослужителей во главе с архиепископом Луцким Поликарпом (Сикорским), которая открыто приветствовала приход германских войск, осталась недовольна таким решением[1608]. 8–10 февраля 1942 г. эти иерархи созвали в Пинске собор украинских епископов, на котором было объявлено о создании Украинской автокефальной православной церкви (УАПЦ), независимой от Московского патриархата[1609], во главе с архиепископом Поликарпом (он получил титул митрополита), который был официально признан германскими властями главой православной церкви на Украине[1610].

Хотя в Белоруссии и Прибалтике автокефализацию православной церкви нацистам провести не удалось, в июле 1942 г. в оккупированной Риге состоялся съезд епископов РПЦ, оставшихся на оккупированной территории СССР, на котором иерархи во главе с митрополитом Сергием (Воскресенским), не порывая официально связи с РПЦ, выступили против патриотических обращений патриаршего местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского), а также послали приветственную телеграмму А. Гитлеру[1611].

Германские власти активно использовали в своих интересах Украинскую грекокатолическую церковь (УГКЦ)[1612], оказав ей всевозможную поддержку в распространении влияния на восток Украины[1613], где у нее не было последователей. В то же время УГКЦ оказывала поддержку украинским националистам[1614], что противоречило планам Третьего рейха.

Положение католической конфессии на оккупированной территории СССР определялось позицией А. Розенберга и других идеологов германской политики, что католичество — это «главная опасность на востоке». Поэтому министерство восточных территорий пресекало деятельность католических миссионеров на оккупированной территории СССР[1615].

Третий рейх развил активную пропагандистскую деятельность среди мусульман СССР. В оккупированном Крыму нацисты потворствовали исламу, в том числе разрешив широкое открытие мечетей[1616]. Деятельность среди мусульман на оккупированной территории СССР возглавил бывший великий муфтий Иерусалима Х. М. А. эль-Хусейни, бежавший в Германию после провала антибританских восстаний в Палестине и Ираке в 1940 г.[1617]

Во второй период войны германская религиозная политика на оккупированной территории СССР определялась установкой, которая была дана в Инструкции РСХА от 5 февраля 1943 г.: «Религиозной деятельности гражданского населения не содействовать и не препятствовать»[1618]. Значительными были результаты деятельности Псковской духовной миссии. Ко второй половине 1942 г. число действующих в рамках миссии храмов выросло до 221, а к началу 1944 г. — до 400[1619]. На Украине положение всех церковных организаций оставалось противоречивым. Оккупанты предпринимали усилия по разобщению между украинскими православными общинами и РПЦ[1620]. Из-за опасений попасть в немилость к оккупантам иерархи вынуждены были выражать лояльность, в частности, в виде призыва населения к выезду на работу в Германию[1621]. В то же время отношение церковных иерархов к нацистским властям стало меняться. Даже глава УАПЦ архиепископ Поликарп гневно протестовал против атак оккупантов на священников и брутального обращения с населением[1622]. Глава УГКЦ митрополит А. Шептицкий, который вначале принял германцев как освободителей, разочаровался в них и к 1943 г. утратил свой германофильский настрой[1623]. Продолжалась борьба УАПЦ с УПЦ, которая часто делалась руками ОУН[1624].

В период оккупации Северного Кавказа германские власти заигрывали с местным мусульманским населением, предоставив им свободу вероисповедания и демонстрируя «уважение к исламу»[1625]. Аналогичная политика проводилась в отношении буддийской конфессии в период оккупации Калмыкии[1626].