Еще в очень ранних летах князь Василий Иванович Шуйский мог слушать рассказы старших о временах Казанских и покорения Астрахани, далеких походах Ливонской войны. Но учреждение опричнины — это уже событие, оставшееся в его собственной памяти. Начинавший многое понимать княжич должен был вместе со взрослыми пережить метаморфозы царя Ивана Грозного. Как можно судить из летописного рассказа о создании опричнины, пресловутый царский гнев в теплом декабре 1564 года обрушился на всех без исключения — и на великих, и на малых, и на сильных, и на убогих. Уезжавший из Москвы в Троицу необычный царский поезд задержали вскрывшиеся в неурочное время реки. Все такие природные предзнаменования прочитывались и запоминались надолго, но необычным поздний троицкий поход был еще и потому, что царь Иван Грозный как будто навсегда покидал Москву, взяв казну и окружив себя только самыми приближенными боярами и отрядом охраны из избранных дворян и детей боярских. 3 января 1565 года в Москве узнали про опалу, наложенную Иваном Грозным на все государство, «опричь» тех, кого он сам выбрал служить ему. Так началась опричнина, которую многие историки, особенно после работ С. Ф. Платонова, считали и считают направленной прежде всего против боярства и аристократических княжеских родов.

История князей Шуйских во время «опричнины» является как раз исключением из этого придуманного правила. Давно уже С. Б. Веселовский написал, что «в историографии пользуется незаслуженным успехом мнение, будто бы целью учреждения опричнины, и едва ли не главной, было уничтожение старого землевладения бывших удельных княжат». Сам историк показал, что история рода князей Шуйских в опричнину опровергает этот тезис (несмотря на то, что сведений об их родовых землях не сохранилось). С. Б. Веселовскому представлялось «несомненным, что отношения царя Ивана к суздальским князьям были вполне личными и что Суздаль и Шуя были взяты в опричнину вовсе не для того, чтобы искоренить родовые гнезда суздальских княжат, а по другим причинам, которые нам неизвестны»[63]. Однако разночтения продолжаются. Так, например, Р. Г. Скрынников видел направление «главных ударов» опричнины именно «против суздальской знати: князей Суздальских-Шуйских и их родичей». В. Б. Кобрин, подробно разобрав аргументы, приводимые Р. Г. Скрынниковым в обоснование этого тезиса, показал, что это «не совсем так»[64]. Если принять взгляд на борьбу с суздальскими князьями как на цель опричнины, то очень трудно объяснить пожалование князя Ивана Андреевича Шуйского в боярский чин в 1566 году. За все годы опричнины отец князя Василия Ивановича Шуйского сделает такую карьеру, что по ее окончании окажется во главе Боярской думы. Остальные князья Шуйские тоже оставались в ближнем кругу царя Ивана Васильевича.

Первое серьезное назначение князя Ивана Андреевича Шуйского было сделано в «береговой разряд» 1565 года, когда ему поручили возглавить сторожевой полк в Серпухове. Помимо всего прочего это означало, что он должен был все-таки подчиниться царской воле и смириться с тем, что его имя будет записано в разрядных книгах «ниже» князя Ивана Дмитриевича Бельского, возглавлявшего в том же разряде Большой полк в Коломне. Однако уже во время осеннего царского похода, «как царь крымской приходил к Волхову», князь Иван Андреевич был назначен воеводою полка левой руки. Впрочем, это не помешало ему затеять новые местнические споры с боярином князем Петром Михайловичем Щенятевым[65], назначенным воеводой передового полка, и боярином князем Иваном Ивановичем Пронским, возглавлявшим сторожевой полк[66]. Главный воевода князь Иван Дмитриевич Бельский не упустил возможности пожаловаться на своего прежнего местнического обидчика, отказавшегося проводить полковой смотр: «И ко государю писал боярин князь Иван Дмитреевич Бельской и все бояре и воеводы, что князь Иван Шуйской списков детей боярских не взял, а сказал, что ему в левой руке быти невместно для князя Петра Щенятева»[67]. Участников болховского похода наградили золотыми, но вряд ли среди награжденных был князь Иван Андреевич.

Г. В. Абрамович, назвавший князя Ивана Андреевича Шуйского «ловким царедворцем», заметил, что тому многое сходило с рук. Но, может быть, здесь сказывалось и значение рода князей Шуйских, которое не смогла отменить никакая опричнина. По мере того как уходило старшее поколение бояр и князей Шуйских (его дядя, князь Иван Михайлович, умер в 1559 году), освобождалась дорога в боярский чин для князя Ивана Андреевича. Уже 12 апреля 1566 года он упоминается среди бояр, поручившихся за князя Михаила Ивановича Воротынского[68]. Правда, в чуть более позднем по времени документе — Приговорной грамоте 2 июля 1566 года, решавшей судьбу перемирия с Великим княжеством Литовским и продолжения войны с Ливонией, — имени князя Ивана Андреевича нет среди членов Боярской думы. Он записан первым среди «царева и великого князя дворян первой статьи»[69]. Значительно ниже в этом перечне членов Государева двора, принимавших участие в соборных заседаниях, оказались имена князя Ивана Петровича Шуйского (сына боярина князя Петра Ивановича Шуйского, погибшего в 1564 году) и Василия Федоровича Скопина-Шуйского (его отец, боярин князь Федор Иванович Скопин-Шуйский, умер в 1557 году). В 1567 году князь Иван Андреевич Шуйский был назначен служить воеводой в Дорогобуже. Хотя он опять не назван боярином, но вторым воеводой в Дорогобуже был служивший в боярском чине Иван Васильевич Меньшой Шереметев; значит, это назначение вполне соответствовало статусу князей Шуйских. Одновременно в Ржеву Владимирову был назначен первым воеводой боярин князь Иван Иванович Пронский. Поскольку запись об этом помещена в разрядной книге следом за распределением воевод в Дорогобуже, получается, что хотя бы один местнический спор предшествующего года — с князьями Пронскими — князь Иван Андреевич Шуйский все же выиграл. В 1569 году князь Иван Андреевич служил уже смоленским воеводой, но из-за истории с побегом его слуги в Литву это воеводство в порубежных городах окончилось тем, что князя Шуйского вернули в Москву[70]. Царь Иван Васильевич не стал наказывать своего боярина за такую мелочь. Как оказалось, у него были другие планы.