Как и многие другие структуры центрального военного аппарата, ВБВК даже осенью 1918 года, когда Республика уже находилось «в кольце фронтов» (выражение И.И. Вацетиса), работало не эффективно. 8 октября военком ГАУ Б.М. Вильковысский писал в Чрезвычайную комиссию по снабжению Красной Армии: «Военными комиссарами довольствующих управлений ведает Всероссийское бюро военных комиссаров. Между тем, связь между комиссарами и бюро очень слаба… не было никакой связи между нами – комиссарами ГАУ – и комиссарами подведомственных нам учреждений и заведений. Никаких инструкций и руководств для комиссаров не существует. Считая ненормальным такое положение дел, я в конце августа… возбудил ходатайство о подчинении всех комиссаров артведомства нам – комиссарам ГАУ – и об издании временной инструкции для комиссаров складов, которая и была опубликована в «Известиях Военного комиссариата»[1063].

19 сентября […], обязав всех комиссаров присылать доклады непосредственно комиссарам ГАУ, мы достигли того, что выяснили, на каких складах числятся комиссары и кто именно, так как комиссары часто назначались местными властями и ни [Всероссийское] бюро военных комиссаров, ни комиссары ГАУ не знали о[б] их существовании. В настоящее время связь между комиссарами нашего ведомства налажена, но существуют еще большие ненормальности в положении «института комиссаров». Основные причины […]: во-первых, нет узаконенного положения о комиссарах [главных] довольствующих управлений; во-вторых, некомплект комиссаров в учреждениях и заведениях ведомства и, в-третьих, низкая нормировка труда тов[арищей] комиссаров. По первому вопросу тов. Юренев предложил всем комиссарам довольствующих управлений представить к 15 ноябрю с.г. проект положения о комиссарах, что в частности и мною было выполнено, но результа[та] пока никакого. По второму вопросу мною неоднократно запрашивалось [Всероссийское] бюро военных комиссаров, но безрезультатно, ввиду отсутствия в бюро подходящих товарищей. А между тем, вопрос этот чрезвычайно важный, так как… склады не могут отпускать предметов снабжения при отсутствии подписи комиссаров, а при отсутствии комиссаров на местах, это вызывает задержку снабжения фронта…»; одна из причин некомплекта комиссаров – низкие оклады: «комиссар склада получает 720 р[уб]. в месяц, в то время как… член заводского комитета получает 1 200 р. в месяц»[1064]. Естественно, такое положение дел во Всебюрвоенкоме (особенно принимая во внимание, что после слияния с политотделом Высшей военной инспекции 13 ноября 1918 года ВБВК стало единым органом по руководству партийно-политической работой в действующей армии, тыловых учреждениях и частях[1065]), вызывало резкую критику среди партийных работников, и без того не имевших основания любить Троцкого сотоварищи.

31 января 1919 года посланная Центральным комитетом РКП(б) комиссия из членов ЦК И.В. Сталина и Ф.Э. Дзержинского в Пермь обрушилась с критикой на возглавляемый Л.Д. Троцким Революционный военный совет Республики и подведомственный ему центральный военный аппарат, в частности, за проводимую советским военным ведомством кадровую политику. Комиссия докладывала ЦК: необходимо «обновить состав» ВБВК, «снабжающего воинские части мальчишками-”комиссарами”, совершенно неспособными к постановке сколько-нибудь удовлетворительной политической работы»[1066]. На VIII Съезде РКП(б) И.И. Юренев ответил на критику: других комиссаров просто нет… Юренев признал, что принятое в июле 1918 года Положение о правах военных комиссаров было ВБВК провалено[1067]; военкомов не хватает и приходится «посылать хоть каких-нибудь»; «с каждым днем коммунисты становятся все более юными», в частности, в самом ВБВК работали коммунисты с партийным стажем с 1919 года (!)[1068]. Результаты такого подбора и расстановки кадров были налицо: по замечанию главного политического комиссара той самой армии, расследовать провал которой ездили незадолго до съезда Сталин и Дзержинский, Н.Г. Толмачева: «Отдельные армии в течение многих месяцев не знали», что ВБВК «есть учреждение, которое должно руководить всей политической работой в армии. Были фронтовые съезды, а что они постановляли, мы не знаем. За все время моей работы в армии мы ни одного указания, ни одной инструкции не получали»[1069].

Заметим, не хватало не только на фронте, но и в центральном аппарате советского военного ведомства, и в Полевом штабе, где примерно на 1 000 работников приходилась коммунистическая ячейка в 20 с небольшим человек.

По итогам критики Л.Д. Троцкого и его сторонников – в частности И.И. Юренева – на VIII Съезде партии 18 апреля 1919 года ВБВК реорганизовали в Политотдел РВСР, повысив статус этого руководящего органа: его возглавил член не только Реввоенсовета Республики, но и ЦК РКП(б) – И.Т. Смилга, соратник В.И. Ленина, с которым он поддерживал связь после провала третьеиюльской попытки военного переворота в эмиграции[1070]. Наконец, 15 мая Политотдел реорганизовали в Политуправление РВСР, получившее статус военного отдела ЦК[1071]. При этом констатировал Л.Д. Троцкий 25 марта 1921 года, «За время Гражданской войны отбор руководящих военных работников (членов Реввоенсов[етов], комиссаров частей и управлений, заведующих политотделами и пр.), а также продвижения военно-политических работников снизу вверх не могли проводиться с достаточной систематичностью»[1072]. Кстати, с Юреневым по итогам партийного съезда отношения у Троцкого явно испортились: в марте 1919 года Троцкий отрекся от Юренева, а в апреле 1920 года Илья Ильич выступил против курса наркома на ограничение прав военных комиссаров в армии[1073].