В апреле 1942 г. на Онежском озере был сформирован отдельный Онежский отряд кораблей (ООК), преобразованный в декабре в Онежскую военную флотилию с главной базой в Вытерге.

Как видно из докладной записки начальника Особого отдела НКВД ООК, в состав отряда входили дивизион канонерок (6 единиц), дивизион бронекатеров (5 единиц), дивизион катеров-тральщиков (7 единиц), штабной корабль, отдел тыла, служба наблюдения и стрелковая рота. Как указывали контрразведчики, состояние механизмов, по отзывам специалистов, характеризовалось как удовлетворительное, но требовался мелкий ремонт. Дивизион бронекатеров состоял из катеров новой постройки. Корпусная и механическая часть находилась в удовлетворительном состоянии. Личного состава в отряде было 900 человек[649].

После переформирования ООК в Онежскую флотилию в ней насчитывалось более 26 боевых кораблей, вспомогательные суда и отдельный батальон морской пехоты.

В 1942–1943 гг. флотилия оказывала содействия подразделениям 7-й[650] и 32-й[651] армий, выполняла задачи ПВО.

В августе 1942 г. на восточном побережье Онежского озера в п. Пудож[652] органами госбезопасности для переброски за линию фронта разведгрупп НКВД был оборудован переправочный пункт. В числе других был определен способ переброски зафронтовых разведчиков водным путем на катерах Онежской флотилии.

При переброске разведчиков (всего около 20 эпизодов) катера флотилии, как правило, не доходили до берега, а, высадив бойцов на резиновые лодки, возвращались на базы.

Выполняя план мероприятий по обслуживанию кораблей отряда, в январе 1943 г. начальник Особого отдела НКВД ОВФ Г.Т. Харченко докладывал в УОО НКВД СССР о том, что «в связи с передислокацией Отряда онежских кораблей с Онежского озера в г. Рыбинск и рассредоточения кораблей по заводам для производства ремонта личный состав кораблей и частей отряда был размещен на зимние квартиры в разных точках города. Это предоставило возможность личному составу ООК соприкасаться с гражданским населением как в процессе работ по ремонту, так и в свободное от службы время. В связи с этим перед оперативным составом ОО НКВД ООК была поставлена задача выявлять точки соприкосновения личного состава ООК с гражданским населением, обращая особое внимание на точки, заслуживающие оперативного внимания (шалманы, малины и разные сборища)».

Для выявления связей личного состава отряда с местным населением Особый отдел организовал взаимодействие с горотделом НКВД г. Рыбинска. В результате оперативно-розыскной работы сотрудниками особого отдела были выявлены несколько сборищ, посещаемых как краснофлотцами, так и командирами ООК. Перед оперативным составом была поставлена задача контролировать настроения личного состава на всех объектах оперативного обслуживания[653].

Оперативно-розыскная работа Особого отдела была направлена на выявление отрицательных настроений среди личного состава флотилии, изучение характера общения личного состава с населением, предотвращение фактов хищения личным составом кораблей керосина, продуктов питания и обмундирования[654].

В июне 1943 г. контрразведчики флотилии приняли участие в расследовании обстоятельств гибели канонерской лодки № 12, уничтоженной вследствие авианалета противника. В результате погибли 27 членов команды. После проведения расследования контрразведчики докладывали в Москву о том, что, намечая операцию, «командование проявило тактическую безграмотность, бесцельно демонстрируя малоходные корабли (6 узловым ходом) в течение 9 часов вдоль берегов противника, в непосредственной близости (80 кабельтовых), тем самым подвергая корабли возможности нападения быстроходных катеров и авиации противника». Контрразведчики флотилии отмечали, что на кораблях была «полная беспечность в бдительности, так как личный состав кораблей находился в готовности № 2, а сигнальщики занимались тренировкой, вследствие чего не вели надлежащего наблюдения за воздухом, и самолеты противника были замечены в момент пикирования». В ходе расследования был установлен также факт неоказания помощи гибнущим со стороны экипажа канонерской лодки JSTo II[655].

В августе 1943 г. ОКР «Смерш» ОВФ был проверен представителями УКР «Смерш» НКВМФ. Итоги проверки оказались неутешительными для контрразведчиков флотилии. В акте, составленном 20 августа 1943 г., указывалось, что оперативно-розыскная работа отдела находится в неудовлетворительном состоянии и не соответствует требованиям, вытекающим из постановления ГКО от 31.05.1943 г. и приказов НКВД СССР по борьбе со шпионажем, диверсией, терроризмом, предательством, антисоветскими и другим враждебными проявлениями. В документе отмечалось, что оперативно-розыскная работа находится в неудовлетворительном состоянии, поступавшая информация не представляет ценности, значительный ее процент не используется. В ОКР «Смерш» нарушались правила, конспирации в работе, отсутствовали некоторые оперативные документы за период с июля 1941 г. и по май 1942 г., которые были сданы на хранение при переезде Особого отдела НКВД ОВФ из г. Горький в г. Вытегру[656]. Делопроизводственные документы по личному составу отдела (характеристики, различная переписка) находились в материалах разной переписки, к которой имели доступ почти все сотрудники отдела. Проверяющие рекомендовали перестроить работу Отдела контрразведки «Смерш» Онежской военной флотилии[657].