К 11 июля 1941 г. основные силы флотилии были сведены в 3 отряда: Березинский, Припятский (на Березине и Припяти в составе Западного фронта), Днепровский (на Днепре в составе Юго-Западного фронта). Березинский отряд взаимодействовал с 21-й армией, Припятский — с соединениями 4-й и 5-й армий, Днепровский — с соединениями 26-й и 38-й армий.

1 августа 1941 г. Особый отдел Западного фронта докладывал бригадному комиссару А.И. Петрову о том, что в Триполье[665] стекались «высланные в свое время и репрессированные за бандитизм и контрреволюционную деятельность» бывшие жители Триполья. Мужская часть населения этого района обычно в Красную армию попадала с большим отсевом, так как в прошлом она была связана с контрреволюционной деятельностью. Однако по мобилизации в связи с началом войны призванными оказались все поголовно. Это обстоятельство привело к массовому дезертирству лиц, мобилизованных на службу, многие из которых дезертировали с оружием и возвращались домой. Базой значительного скопления вооруженных дезертиров являлись труднопроходимые болотистые и лесистые места, прилегающие к урочищам Гощево и Безрадичи. По оперативным данным, там находилось до ста бандитов. Сотрудники особых отделов НКВД полагали, что туда специально прибыли из-за кордона агенты украинской контрразведки и германской разведки. Банда вооруженных дезертиров была опасна не только тем, что в случае отхода частей Красной армии на левый берег Днепра могла ударить в спину советским частям, но еще была более опасна тем, что участники ее «будут немцами активно использованы для борьбы с партизанским движением и остающимися для работы в тылу германской армии советскими людьми». Петров просил начальника 3-го управления НКО Михеева выделить отряд в количестве ста бойцов, который бы приступил к безотлагательной ликвидации скрывающейся в болотах урочища Гощево банды вооруженных дезертиров[666].

В целях ликвидации банды вооруженных дезертиров в августе 1941 г. была сформирована оперативная группа Особого отдела, которая принимала участие в операции по уничтожению бандитов.

В июне — сентябре 1941 г. флотилия оказывала эффективную поддержку армейским подразделениям на рубежах рек Днепровского бассейна, поддерживая их артиллерийским огнем, прикрывая свои переправы и разрушая вражеские. Самые ожесточенные бои, в которых принимала участие Пинская флотилия, пришлись на август — сентябрь 1941 г., когда противнику удалось уничтожить значительную часть советских кораблей.

Неудачей завершилась предпринятая 25 августа попытка прорыва кораблей флотилии к Киеву. В донесении Особого отдела ПВФ в 3-е Управление НКВМФ от 1 сентября 1941 г. отмечалось, что контр-адмирал Рогачев, находившийся в Киеве, не считаясь с создавшейся обстановкой, приказал всем боевым единицам, в том числе и базе Припятского отряда флотилии, за исключением трех кораблей, осуществить с 25 августа на 26 августа прорыв в направлении Киева. В результате крайней неорганизованности, а также вследствие некоторой беспечности со стороны командования корабли флотилии во время их прорыва расстреливались противником с обоих берегов Днепра в упор. Потери в личном составе этих кораблей и плавсредств составляли от 40 до 50 % по отношению к общему количеству.

Участвовавшие в прорыве оперработники 3-го отдела, политрук Жуков и Фролов, обращали внимание на большой риск прорыва во что бы то ни стало при отсутствии полных данных в отношении окружающей обстановки, а также указывали на нецелесообразность включать в группу прорыва подвижную базу Припятского отряда[667].

Всего же за один день 26 августа, по данным Особого отдела флотилии, погибли 2 канонерские лодки, 5 сторожевых кораблей, 2 бронекатера, минный заградитель, 2 тральщика, 4 буксира и несколько барж с артбоезапасом, техническим, вещевым и шкиперским хозяйством.

Трагическая судьба постигла и прорывавшийся в ночь на 31 августа 1941 г. Березинский отряд флотилии, когда противник уничтожил 2 монитора, 2 канонерские лодки, 3 бронекатера и 2 сторожевых корабля.

15—19 сентября 1941 г. Пинская военная флотилия вела последние бои под Киевом. Когда был израсходован весь боезапас, моряки взорвали свои корабли, подняв на них сигналы: «Погибаю, но не сдаюсь!» Сошедшие на берег моряки и оставшиеся в живых сотрудники Особого отдела флотилии продолжали сражаться вместе с сухопутными войсками. Около ста человек сумели выйти из окружения и после прохождения проверки, проводившейся сотрудниками 3-го Управления НКВМФ, были направлены для прохождения службы на другие флота и флотилии.

6 октября 1941 г. приказом наркома ВМФ СССР Пинская военная флотилия была расформирована.

Чудская военная флотилия была создана в апреле 1918 г. и участвовала в боевых действиях весной и летом 1919 г. против войск Юденича. В августе 1919 г. расформирована. Вновь создана в июле 1941 г. для содействия советским войскам и обеспечения озерных коммуникаций на ленинградском направлении. Главной базой флотилии был Гдов. В состав флотилии входили: дивизион канонерских лодок (3 единицы), посыльное судно, 7 озерных и речных вооруженных пароходов, госпитальное судно, корабль связи, 13 моторных катеров и несколько барж. В середине июля 1941 г. ЧВФ, взаимодействуя с войсками 11-го стрелкового корпуса, обороняла побережье Чудского озера — Гдовский боевой участок Ленинградского фронта. В связи с отходом советских войск к Ленинграду по приказу советского командования 13 августа 1941 г. корабли ЧВФ были затоплены, а личный состав с боями пробился в район Нарвы[668].

Органы контрразведки «Смерш» осуществляли свою деятельность непродолжительное время, чуть более трех лет. Уже в мае 1946 г. «Смерш» перешел в состав Министерства госбезопасности СССР и был преобразован в 3-е Главное управление МГБ СССР, которое отныне руководит органами военной контрразведки. Тем не менее флотские чекисты за это недолгое время сумели занять достойное место в истории России.

Эффективная и боеспособная структура органов государственной безопасности СССР — морская контрразведка, пройдя суровые и тяжелые годы становления, в полной мере проявила себя в период Великой Отечественной войны. Именно она находилась на форпосте борьбы с разведкой противника, став надежным щитом, защитившим наш флот от проникновения вражеской агентуры. Приобретенные навыки оперативной работы, целеустремленность, настойчивость, личные мужество и героизм сотрудников позволили противостоять в годы войны опытному противнику.