До июня 1944 г. ОВФ прикрывала и поддерживала войска Карельского фронта в приозерном районе. Во время проведения Свирско-Петрозаводской операции Карельского фронта (1944) Онежская флотилия вместе с Ладожской оказывали помощь соединениям и частям фронта при форсировании реки Свирь, высаживая тактические десанты на остров Б. Климецкий (23 июня), в бухту Лахтинскую (26 июня), Уйскую губу и Петрозаводск (28 июня). За боевые заслуги дивизионам минных катеров, канонерских лодок, бронекатеров и 31-му батальону морской пехоты было присвоено почетное наименование «Петрозаводские». В июле 1944 г. ОВФ расформирована[658].

Пинская военная флотилия (ПВФ, база — Пинск) была сформирована в июне 1940 г. на базе кораблей бывшей Днепровской флотилии, а также из трофейных польских речных мониторов. Место базирования флотилии было перенесено из Киева в Пинск, командование флотилии, политотдел, управление тыла, все обще-флотильские организации, а также Особый отделение бывшей Днепровской флотилии передислоцировались в Пинск. В состав Пинской флотилии входили: 7 мониторов, 15 бронекатеров, 4 канонерские лодки, минный заградитель, авиаэскадрилья, зенитный артиллерийский дивизион и рота морской пехоты[659].

После передислокации места базирования флотилии в Пинск в Киеве была сформирована Киевская военно-морская база Пинской речной флотилии в составе учебного отряда, двух мониторов, двух канонерских лодок, одного тральщика, шести бронекатеров, военного порта 2-го разряда, стрелкового взвода, военно-морского госпиталя, строительства № 104 и четырех плавучих баз[660].

К концу января 1941 г., как свидетельствуют документы Особого отдела ПВФ, объекты Пинской военной флотилии, дислоцировавшиеся в г. Пинске, а также Пинский военный порт были в основном обеспечены вспомогательными плавсредствами, техническое состояние механизмов было хорошим. Боевые корабли, базировавшиеся в г. Пинске, были укомплектованы личным составом, но «количественное и качественное состояние вспомогательных плавсредств флотилии полностью не удовлетворяет». Существенным недостатком в деятельности флотилии являлся некомплект обслуживающего персонала по вольному найму. Особый отдел флотилии систематически информировал командование ПВФ, направляя справки и записки, отражавшие недостатки в организации деятельности флотилии, материально-технического снабжения. Командование ПВФ своевременно реагировало на информацию, поступавшую из Особого отдела, принимая меры к устранению выявленных недостатков[661].

Особый отдел ПВФ, проводя оперативно-розыскную работу, учитывал то, что определенное количество кораблей и подразделений флотилии дислоцировались на территории, ранее входившей в состав Польши. Местное население, по мнению сотрудников Особого отдела НКВД, было негативно настроено к представителям Пинской военной флотилии. Так, 29 января 1941 г. начальник Особого отдела ПВФ Вербицкий информировал Москву: «До германо-польского конфликта население г. Пинска преимущественно состояло из фабрикантов, купцов, торговцев и польско-военной клики. Руководители бывшей панской Польши долгие годы, как в самом Пинске, так и его окружающих населенных пунктах насаждали фашистские партии — “ОЗОН”, “Лагерь национального объединения”, “Национал-демократов”, “Стро-ництво народове”, “Строництво людове”, “Строництво праци”, “ППС”, “Бунд” и др. Наряду с фашистскими партиями в г. Пинске также существовало много контрреволюционных организаций — “Союз осадников”, “Легионы”, “Млада польска”, “Звезнзок-резервистов”, “Легионы молодых”, “Луги” и ряд др., в которых принимало участие местное население, и воспитывалось [оно] в националистическом направлении б[ывшей] панской Польши. Помимо этого в Пинске проживало большое количество бывших белых офицеров, жандармов, полицейских, провокаторов и по-льагентов. Большинство из них бежало за границу в Германию, а часть подвергнута аресту. Прорабатывая связь военнослужащих с местным населением, установлено, что некоторая часть перечисленных категорий контрреволюционного элемента, как-то: родственники бывших людей, бывшие члены фашистских организаций и др. — проникают на работу на объекты Пинской военной флотилии и устанавливают знакомство с военнослужащими. За истекший период из числа рабочих по вольному найму нами было выявлено и изгнано из порта вражеского элемента 164 человека, из них подвергнут аресту 151 человек»[662].

С началом Великой Отечественной войны корабельный состав Пинской флотилии увеличился за счет мобилизации гражданских судов и включал 9 мониторов (в июле с Дуная на Днепр перешли мониторы «Жемчужин» и «Ростовец»), 8 канонерских лодок, 8 сторожевых кораблей, 5 тральщиков, минный заградитель, 15 бронекатеров, отряд глиссеров, 7 плавбаз, зенитно-артиллерийский дивизион, отдельная авиаэскадрилья и рота морской пехоты. Кроме того, удовлетворительно была развита инфраструктура портов и баз. В начале июля 1941 г. основные силы флотилии были сведены в 3 отряда (Березинский, Припятский и Днепровский), которые взаимодействовали с войсками Западного и Юго-Западного фронтов, способствовали удержанию переправ через Днепр и созданию обороны на левом его берегу, участвовали в обороне Киева. С началом боевых действий корабли флотилии артиллерийским огнем поддерживали войска Западного и Юго-Западного фронтов, обеспечивали высадку десантов и переправу советских войск. Отряд моряков действовал на суше до конца сентября 1941 г.

Уже в первые дни войны Пинская флотилия понесла серьезные потери. 28 июня 1941 г. начальник ОО ПВФ Вербицкий докладывал в 3-е Управление НКВМФ СССР: «Ввиду отсутствия связи регулярно информировать Вас не могу. Обстановка флотилии в данное время не ясна: на Пинском участке части в беспорядочном состоянии бегут, армейское командование отсутствует, и флотилия начиная с 22 июня по 28 июня связи с сухопутными войсками не имеет. Однако командующий флотилией контр-адмирал Рогачев принимает все меры к удержанию отступающих одиночных войск и обороны Пинска». Далее сообщалось, что аэродром «Жабчицы» был подвергнут бомбардировке с воздуха и уничтожены находившиеся на нем самолеты 10-го авиаполка и 8 самолетов 46-й авиаэскадрильи. Таким образом, имеющаяся авиация в районе Пинска была уничтожена, а также был обстрелян из самолета корабль «Припять»[663]. В результате бомбардировки в первый день было ранено 8 человек и убиї 1 человек, а по состоянию на 27.06.41 г. ранено 11 человек, убито 3 человека и 5 человек, работавших в гидрографической партии на р. Буг, пропали без вести. Оперативный состав был распределен по всем объектам, на тыловой базе Дорошевичи создана опергруппа во главе с Жуковым. Оперативному составу были поставлены задачи по борьбе с парашютистами, диверсантами и координации этой работы с местными группами истребительных батальонов[664].