Накануне Великой Отечественной войны в состав Каспийской военной флотилии входили: управление флотилии (г. Баку); дивизион канонерских лодок (5 лодок), отдельно плавающие корабли (у/к «Правда» и катер типа «Ямб»), охрана водного района, разведывательные органы (разведывательное отделение, морской пункт связи, береговые радиоотряд и радиопункт); подразделение связи (СНиС); гидрографическая служба (гидрографический отдел, морская обсерватория, гидрографический отряд); военноморские учебные заведения и школы (Каспийское военно-морское училище, Объединенная школа, Базовый арткабинет, научноиспытательный химический полигон, флотский полуэкипаж); тылы (Бакинский военный порт, склады и производственные предприятия, пожарные инспекция и охрана, КЭЧ, финансовый отдел, инженерное отделение, санитарный отдел, поликлиника и лазарет, отделы военной прокуратуры и военного трибунала, Дом военно-морского флота); береговая оборона (Отдельная стрелковая рота, штаб объекта ПВО); авиация (отдельное авиазвено, отдельное испытательное авиазвено при НИХП); 4-орудийная береговая батарея (о. Наргин), пост СНиС (Ленкорань); участок гидрографической службы (Ленкорань). В Красноводске находились: Военно-морская комендатура при торговом порте, участок гидрографической службы, береговые маяки флотилии — в Ап-шероне и Ленкорани, плавмаяки — «Астраханский приемный» и «Красноводский», базовые гидрометеостанции — на острове Сара, в Гасан-Кули, Красноводске, Ленкорани. Всего в Каспийской военной флотилии было 3225 военнослужащих, в том числе 639 человек начальствующего состава, 609 человек младшего начальствующего состава, 980 — рядового состава, 1000 курсантов Каспийского ВМУ, кроме того, 788 человек вольнонаемного состава[618].

С начала Великой Отечественной войны Каспийская флотилия обеспечивала морские перевозки военных и народнохозяйственных грузов. На всем протяжении войны Каспийская военная флотилия была надежной кузницей кадров Военноморского флота СССР. Здесь формировались, готовились корабельные экипажи, проходили испытания подводные лодки, построенные в Сормово[619], надводные корабли, которые исправно пополняли боевой состав воюющих флотов. За годы войны личный состав флотилии отремонтировал, достроил и укомплектовал экипажами свыше 250 катеров и других кораблей и судов, переданных на Черноморский и Северный флоты и в другие флотилии.

Уже в октябре 1941 г. на сухопутный фронт ушел первый батальон морской пехоты, сформированный исключительно из моряков флотилии. Всего же за годы войны из состава Каспийской флотилии на сухопутный фронт было отправлено около 5 тысяч краснофлотцев, старшин и офицеров.

В самые напряженные дни битвы за Кавказ приказом наркома ВМФ СССР Н.Г. Кузнецова Каспийская флотилия была объявлена действующей, и ее главной задачей было определено обеспечение народно-хозяйственных и оперативных воинских перевозок на Каспии и борьба с вражескими десантами. Только в 1942–1943 гг. флотилия обеспечила перевозку 21 млн т нефти и нефтепродуктов. Кроме того, моряки флотилии обеспечили доставку через каспийские порты более 4 млн т ленд-лизовских грузов[620].

Оперативно-розыскная работа Отдела контрразведки Каспийской флотилии, как и работа отделов всех флотов и флотилий, осуществлялась в соответствии с Постановлением ГКО от 17 июля 1941 г. и приказами НКВД СССР и УКР «Смерш» НКВМФ по борьбе со шпионажем, диверсией, изменниками Родины, предателями, трусами и паникерами.

При организации работы контрразведчики учитывали и обстановку, складывавшуюся на фронтах Великой Отечественной войны, в первую очередь на участках, прилегающих к Каспийскому морю (Сталинград, Северный Кавказ).

Деятельность Отдела контрразведки флотилии условно можно разбить на три периода, в соответствии с действиями сил Каспийской флотилии. Первый период — с июня 1941 г. по июль 1942 г., когда флотилия активных действий не вела. Второй — с июля 1942 г. по сентябрь 1943 г., когда флотилия во взаимодействии с частями Красной армии принимала активное участие в боях с наступавшим на Сталинград и Северный Кавказ противником. С августа 1942 г. Каспийская флотилия была включена в состав действующих военно-морских сил СССР. Третий этап относится к периоду разгрома немецких войск под Сталинградом и к изгнанию их с Северного Кавказа. В этот период Каспийская флотилия вышла из боев и оказывала содействие наступающим войскам и Черноморскому флоту перевозками и формированием новых частей.

В 1941–1942 гг. Особый отдел флотилии провел большую работу по проверке и отбору моряков, направлявшихся на фронт. Предпринятыми мерами по отбору военнослужащих, в том числе и с использованием методов оперативно-розыскной работы, практически удалось исключить попытки дезертирства как при формировании и отправке, так и в пути следования подразделений на фронт.

За период Великой Отечественной войны с кораблей и из частей флотилии дезертировало 155 человек, из которых 64 были объявлены во всесоюзный, а 91 — в местный розыск. Более 60 человек, объявленных в розыск, были задержаны и арестованы контрразведчиками ККФ. Кроме того, были задержаны 6 военнослужащих, дезертировавших из других частей ВМФ и РККА, которые после ареста и проведенного следствия были осуждены к различным срокам заключения[621].

Всего же в 1941–1945 гг. Отделом контрразведки было арестовано 267 человек, из них: за шпионаж — 8; за изменнические настроения — 15; за террористические намерения — 6; за антисоветскую агитацию — 133; за распространение антисоветских слухов — 16; за воинские преступления — 16; за должностные преступления — 2; за дезертирство — 61; за другие преступления — 10[622].

В период с 1941 г. по сентябрь 1943 г. Отделом контрразведки флотилии в портах Махачкала, Красноводск, Гурьев, Карабогазгол[623] и на территории Ирана были созданы оперативные группы, а в порту Астрахань — Отдел контрразведки при военно-морской базе, которые вели контрразведывательное обеспечение кораблей и частей флотилии.