Политика «милосердия» продолжалась, но, в отличие от кампаний 49 года, Фарсал стал первым большим сражением с серьезными потерями. Цезарь, как и ранее, помиловал пленных, но, вероятно, не столько он сам, сколько его окружение и новая политическая элита стремились показать, что политика «милосердия» имеет свои пределы. Впервые с начала войны помпеянцы и их союзник Юба были объявлены врагами отечества (Dio, 42, 20–21). На смену военному «двоевластию» приходит борьба единственной законной власти против мятежников.

Серьезность военных проблем никоим образом нельзя приуменьшать. Ключевое значение имела проблема самого Помпея, оставался его флот, фактически не понесший серьезных потерь. Второй проблемой была проблема восточных провинций, добровольно и принужденно оказавших помощь помпеянцам и дававших им войска и материальные ресурсы. Установление новой власти должно было пройти бескровно и быстро. Некоторые регионы представляли особую опасность. В борьбу вмешались вассальные цари и внешние силы. Сохранялась возможность парфянского вмешательства. В Африке набирал силу царь Юба. Как показали дальнейшие события, опасность представляли даже такие зависимые правители, как Фарнак Понтийский и египетские претенденты на престол.

Неспокойно было и в Италии. Уже в 48 г. ставший претором Целий Руф возглавил движение должников, пытаясь сорвать урегулирования Цезаря. В 60–50-е гг. Руф принадлежал к кругу Катона и Цицерона, и его судьба достаточно характерна для немалой группы политиков, мечущихся между разными лагерями. В молодости он получил образование под руководством Цицерона и Красса (Cic. Cael., 9, 12), в 63 г. пытался сблизиться с Катилиной, но затем вернулся к Цицерону (Ibid., 10, 11). В 50-е гг. Руф вместе с Милоном и Сестием был одним из ближайших сподвижником Цицерона, что, впрочем, не мешало ему стать любовником знаменитой Клодии. В 54 г. роман закончился бурным процессом, когда Клодия обвинила Целия в попытке ее убить. В 52 г. Целий защищал Милона, а в 49 г., вопреки советам Цицерона, поддержал Цезаря, бежав к нему вместе с Антонием и Квинтом Кассием (Dio, 41, 3, 2). В 48 г. Целий стал проявлять недовольство Цезарем и в феврале 48 г. написал в Эпир Цицерону о намерении выступить против него (Cic. Fam., VIII, 17).

Целий нанес удар в достаточно больное место — долговую политику Цезаря и проблему кассации долгов, которую правительство пыталось так гибко решить. Он обнародовал проект об уплате долгов без процентов в течение 6 лет (Caes. В. С, III, 20). Консул Сервилий и магистраты выступили против. Продолжая популистские действия, Руф уже открыто предложил сложение годовой квартплаты и отмену всяческих долговых обязательств (III, 21). Целий организовал нападение на Требония, бывшего городским претором и занимавшегося решением долгового вопроса, и прогнал его с форума (Ibid.).

Консул Сервилий оказался верным соратником Цезаря. Целий был исключен из сената, после чего Сервилий пресек его выступления (Ibid.). Теперь Целий выступил открыто, соединившись со своим старым союзником Милоном, начавшим собирать отряды гладиаторов. Целий прибыл в Казилин и пытался поднять восстание на Капуе, но горожане решительно воспротивились его планам (Ibid.). Если Целий еще пытался выступать как защитник и лидер народного движения, то Милон открыто начал восстание, объявив себя сторонником Помпея. Против него был послан легион во главе с Кв. Педием. Из-за лакуны в тексте Цезаря, мы не знаем некоторых деталей. Милон погиб во время осады города Козы в области Фурий, а Целий пытался склонить к мятежу жителей Фурий и галльских всадников Цезаря, но был ими убит (III, 22). Хотя эта опасная попытка была ликвидирована, возможность использования помпеянцами или другими силами вполне реальной проблемы задолженности продолжала оставаться (см также Dio, 42, 23–24).

Впрочем, наиболее острой продолжала оставаться проблема помпеянских лидеров. Остатки помпеянской армии начали собираться вокруг Катона, бывшего комендантом Диррахия. Сборным пунктом стал остров Коркира, где находилась главная база флота. Вскоре здесь было уже 10 000 солдат и 300 кораблей. На Коркиру прибыли все лидеры помпеянцев, Сципион, Лабиен, Афраний, Петрей, старший сын Помпея Гней и др. На первых порах они пытались закрепиться в Греции, где столкнулись с войсками Фуфия Калена, которого Цезарь еще до Фарсала послал для занятия Средней Греции. В распоряжении Калена были 15. когорт Кассия Лонгина и Кальвизия Сабина и, вероятно, какие-то другие войска. Вся средняя Греция перешла на сторону Калена, ему сдались Дельфы, Орхомен и Фивы, хотя некоторые города (точно неизвестно, какие) продолжали сопротивление (Caes. В. С, III, 55). Здесь находился и помпеянский наместник П. Рутилий Луп, в начале 49 г. помогавший Помпею в Италии (I, 24).

Помпеянцы пытались атаковать Патры и закрепиться в Пелопоннесе, однако Кален успешно продолжал операцию. Он взял Афины и Мегары и выбил противника с Пелопоннеса. Катон принял решение отплыть в Африку, где предполагал соединиться с войсками Аттия Вара и Юбы. Войска хотели объявить командующим Катона, но тот уступил Сципиону как старшему по рангу (Dio, 42, 10; 13–14; Арр. В. С, II, 87; De v. III, 80; Veil., II, 54; Flor, IV, 2 64–66; Plut. Cato, 55–57; Liv. Epit., 111–112). Африка должна была теперь превратиться в главный фронт борьбы с Цезарем. Впрочем, многие помпеянцы прекратили борьбу: одни, как Брут, сдавшись Цезарю, другие, как Цицерон, вернувшись в Италию.

Сам Помпей избрал другой путь. По не вполне ясным причинам, он бежал в противоположном направлении. Если это могло оказаться случайностью, то едва ли случайным было то, что его планы никак не были связаны с бывшими соратниками, трения с которыми особенно обострились при Фарсале (Арр. В. С, II, 66; Dio, 41, 53–56; Veil., II, 56). Положение Помпея было достаточно трагично: продолжая борьбу с Цезарем, готовым на мир с ним лично, он отошел от собственной партии, среди которой оставались его собственный сын, тесть Сципион и такие близкие люди, как Афраний и Петрей. Впрочем, далеко не все оставили Помпея. С ним находились Лентул Спинтер, Лентул Крус, Фавоний и др. Помпей бежал в Лариссу, жители которой просили его не вступать в город (Caes. В. С, III, 102; Арр. В. С, II, 81; Plut. Pomp., 75). Прибыв в Амфиполь, Помпей начал мобилизацию местного населения, либо для отвода глаз, либо действительно пытаясь задержать преследующего его Цезаря (Caes. В. С, III, 102), однако оттуда он отправился в Митилену, где забрал жену, Корнелию и младшего сына (от брака с Муцией) Секста (Ibid.; Plut. Pomp., 73–74). Там же он узнал об отпадении царя галатов Дейотара. В Митилене Помпей задержался на два дня, затем он достал несколько судов и направился на Кипр и Киликию. Здесь вместе со своим окружением он стал обсуждать дальнейшие планы (Caes. В. С, III, 102). Вариантами были Парфия, Африка и Египет. Парфянский вариант был отвергнут — по всей вероятности, Помпей не рассчитывал втянуть в эту державу в войну (Ibid., III, 82). Известную роль сыграл и субъективный фактор. Наши источники обращают особое внимание на нежелание Помпея везти в Парфию молодую жену, Корнелию, бывшую, к тому же, вдовой Публия Красса (Veil., II, 53; Арр. В. С, II, 83; Plut. Pomp., 76). По неясной причине, Помпей отверг и наиболее надежный вариант Юбы и принял решение бежать в Египет, где стояла сильная 20-тысячная армия Габиния. Помпей смог взять отряд солдат на Родосе, здесь же к нему присоединились около 60 сенаторов (Plut. Pomp., 60). Родосцы и киприоты в помощи отказали (Caes., III, 102). «Парфянский вариант» окончательно сорвался из-за позиции провинциалов. Антиохия, а затем и другие города Сирии, приняли решение не пускать к себе Помпея и его союзников (Ibid.). Позиция жителей провинций вполне.объяснима, если учесть произвол находившегося там наместником Сципиона и разграбление храмов (III, 32–33). После этого Помпей отправился в Пелузий, где стояло войско царя Птолемея XIII, воевавшего против Клеопатры (Caes. В. С, III, 103; Liv. Epit., 112; Veil., II, 53; Арр. В. С, II, 85–86).