Сципион быстрым маршем прибыл в Македонию и шел против Домиция Кальвина, однако затем повернул против Кассия, оставив для прикрытия М. Фавония с 8 когортами у реки Галиакмон, отделявшей Македонию от Фессалии. Лагерь Кассия был атакован конницей фракийского царя Котиса. Кассий отступил к Амбракии. Впрочем, и Фавоний, которому угрожали войска Домиция, просил Сципиона вернуться (II, 36). Одержав победу в конных стычках, Домиций стал вызывать Сципиона на сражение, от которого тот уклонился (III, 37–38). Впрочем, операции на этом новом фронте приостановились. Аппиан сообщает о серьезном поражении Кальвизия, у которого осталось 800 человек от целого легиона (Арр. В. С, III, 60). Дион Кассий пишет, что Домиций был вытеснен из Македонии (Dio, 41, 51). Интересно, что Цезарь не упоминает о действиях войск Кальвизия, хотя позже пишет о Домиций Кальвине (III, 79). Возможно, небольшой отряд Кальвизия присоединился к Домицию или к Цезарю несколько позже.

После прибытия Антония, борьба с флотом на время прекратилась. Оставив 3 когорты М. Ацилия Канина, Цезарь вывел гарнизоны из приморских городов (III, 39). Орик был немедленно атакован египетской эскадрой Гнея Помпея, который сумел уничтожить несколько кораблей (III, 40). После этого Помпей-младший атаковал Лисе, сжег там 30 грузовых кораблей, однако не смог взять сам город (Ibid.).

В мае-июне 48 г. началась позиционная война возле Диррахия. Цезарь подошел к лагерю Помпея, а затем попытался отрезать его от города, что ему удалось благодаря блестящему обходному маневру (III, 41–42). Помпей разбил укрепленный лагерь на горе Петра, свезя туда хлеб и другие запасы (III, 42). Цезарь получал продовольствие из Эпира, впрочем, уже сильно ограбленного помпеянцами (III, 42). Цезарь начал окружать Помпея. Началась изнурительная позиционная война. Обе стороны отрезали друг друга цепью укреплений, сопровождая их малыми сражениями (III, 43–45). Один раз в трудное положение попал 9 легион, атакованный легковооруженными Помпея, впрочем, цезарианцы благополучно отступили (III, 46–47). Положение становилось все более трудным. Армия Цезаря стала испытывать нехватку хлеба, заменяя его каким-то местным корнем «хара», который солдаты ели с молоком (III, 48). Помпеянцы, получавшие снабжение по морю, имели изобилие продовольствия, но испытывали дефицит воды, поскольку Цезарь отвел большую часть рек и ручьев (III, 49). Кроме того, начался падеж скота и лошадей, армия Помпея испытывала недостаток фуража, начались болезни (Ibid.). Помпея особенно беспокоило положение с кавалерией, которую он считал лучшей частью армии.

К июлю положение с продовольствием заставило Помпея пойти на прорыв. Одна из таких попыток была предпринята на участке П. Суллы, дальнего родственника диктатора, неудачливого кандидата в консулы 66 г. и жертвы процесса 62 г. Сулла отбил атаку. В других местах также шли упорные бои. Легат Л. Волкаций Тулл с 3 когортами отбил атаку целого легиона. В шести сражениях под Диррахием, состоявшихся в этот день, погибло 2 000 помпеянцев (III, 51–52). Показателем ожесточенности сражений было то, что в один из редутов попало 30 000 стрел, почти все солдаты и офицеры когорты были изранены, а в щите центуриона Сцевы оказалось 120 дыр (III, 59). Узнав о прибытии Сципиона, Цезарь в последний раз попытался начать переговоры через А. Клодия, но тот даже не был допущен к командующему (III, 37).

Бедственное положение с фуражом вынуждало Помпея снова пойти на прорыв. Цезарь подчеркивает особую роль двух знатных аллоброгов, Роукилла и Эга, указавших Помпею наиболее уязвимые места обороны противника (III, 59–61). Ударная группировка Помпея сосредоточилась против той части цезарианских укреплений, которые выходили к морю. Здесь он сосредоточил 60 когорт, а легковооруженные и стрелки атаковали с моря. Атаке подвергся 9 легион под командованием квестора П. Корнелия Лентула Марцеллина, сына консула 56 г. На помощь Марцеллину подошли 12 когорт Антония, а затем и войска под командованием самого Цезаря (III, 62–65). Тем не менее, Помпей смог прорваться и устроить новый лагерь. Решив его уничтожить, Цезарь собрал в единый кулак 33 когорты. В лагере находился легион Помпея. Успешная атака привела к поражению помпеянцев (III, 65–67), однако Помпей принял ответные меры. Собрав 5 легионов, он бросил их в контратаку. Армия Цезаря была смята и оказалась на грани разгрома (III, 69–70). Цезарь сообщает, что в сражении погибло 960 пехотинцев, 200 всадников и 32 центуриона и военных трибуна (III, 71).

Видимо, главным итогом этого прорыва было прекращение беспрецедентной осады, когда меньшая армия блокировала большую. Продолжение осады было невозможно, и сам Цезарь пишет о поражении и крушении своих планов (III, 73) и полагает, что избежал полного разгрома потому, что Помпей не решился атаковать укрепления (III, 70). Другие авторы оценивают положение еще более серьезно. Аппиан считает, что Цезарь оказался на грани разгрома, но Помпей по совету Лабиена стал преследовать бегущих вместо того, чтобы занимать другие укрепления (Арр. В. С, II, 62). Аналогичны оценки Плутарха (Plut. Caes., 39–40; Cato, 54; Pomp., 65) и Диона Кассия (Dio, 41, 49–50; Suet. Iul., 36). Авторы передают слова Цезаря, что война была бы закончена, если бы во главе противников стоял человек, умеющий побеждать. Другим мнением было то, что Помпей совершил ошибку, не став энергично преследовать противника.

Парадокс ситуации под Диррахием, быть может, станет яснее в связи с последующими событиями. Задача Помпея была выполнена: контакт с морем был восстановлен, Цезарь уходил от морского побережья, а блокада была прорвана. Помпей, по-прежнему не желавший сражения (Caes. В. С, III, 85–86), был объявлен императором и подвергался массированному давлению своего окружения. У него было несколько вариантов продолжения войны от десанта в Италию до продолжения «стратегии измора» (III, 72). Среди помпеянского руководства раздавались голоса в поддержку более осторожного варианта. Помпея поддержал Катон (Plut. Pomp., 67), бывший комендантом Диррахия. Аппиан упоминает об интересном предложении Афрания переправиться в Италию и занять ее, оставив флот сторожить Цезаря. Вместе с тем, Диррахий сыграл с помпеянцами злую шутку. Большинство руководителей помпеянцев, в число которых входили Сципион, Домиций Агенобарб, Петрей и Лентул Спинтер, считали необходимым «добить» Цезаря, дав ему генеральное сражение (Caes. В. С, III, 72; 83). Многие из них открыто упрекали Помпея в желании сохранить свои полномочия, шли споры о будущих магистратурах, наградах и даже понтификате Цезаря. Среди тех, кто был уверен в победе, были и такие выдающиеся военачальники, как Лабиен. После победы под Диррахием, по его приказу были перебиты все пленные (Caes. В. С, III, 71). Будучи, видимо, одним из самых авторитетных военных советников Помпея, Лабиен также уверял командующего в полном успехе. Помпеянская армия рвалась в бой.

Планы Цезаря определить несколько труднее: в известной мере, он оказался заложником событий. В речи к войскам Цезарь призвал их не отчаиваться от проигранного сражения и напомнил ветеранам о прежних победах и кампании под Герговией (Caes. В. С, III, 73). Трудно сказать, в какой степени Цезарь должен был стремиться к сражению, скорее всего, после Диррахия он уже не мог от него уклониться, поскольку это привело бы к весьма нежелательным последствиям. Италийский или «испанский» вариант продолжения войны стал невозможен. Первой насущной задачей стал отрыв от преследования, соединение с Домицием и другими войсками и перенос войны в Грецию, где надо было учитывать и политические последствия Диррахия.