Снявшись с лагеря, Цезарь выслал весь обоз и один легион в Аполлонию, оставил 2 легиона в лагере, а затем вывел главные силы (III, 75). Помпей начал преследование. Конница догнала армию Цезаря на реке Генуе, но была отброшена. Переправившись через Генуе, Цезарь разбил лагерь у Аспарагия. Туда же подошел Помпей (III, 76). Когда помпеянцы занялись устройством лагеря, Цезарь внезапно выступил, снялся с лагеря и оторвался от противника, отрыв продолжался и далее (III, 77).

Следующей задачей стало соединение с Домицием. Цезарь ненадолго задержался в Аполлонии, а Помпей выступил в Македонию через Кандавию (III, 79). Сам того не зная, Домиций шел навстречу Помпею, но чисто случайно узнал о подходе противника, повернул и соединился с армией Цезаря возле Эгиния у границы Фессалии (III, 79).

Стали сказываться и политические последствия Диррахия. Стратег Фессалии Андросфен запер ворота первого из фессалийских городов, Гомф, и стал готовиться к обороне. Сципион подошел к Лариссе, к Фессалии приближался Помпей (III, 80). Цезарь приказал атаковать Гомфы. Город был взят штурмом и командующий отдал его на разграбление армии, а затем подошел к другому городу, Метрополю. Наученные примером Гомф, жители Метрополя открыли ворота (III, 80–81). Здесь в Фессалии Цезарь стал ждать противника (Арр. В. С, II, 63–64; Plut. Caes., 39; Cato, 55; Dio, 41, 55; Veil., II, 52).

Помпей соединился со Сципионом. Обе стороны готовились к генеральному сражению. Колеблющийся Помпей уступил давлению окружения (Арр. В. С, II, 67–69; Caes. В. С, III, 82–83; Dio, 41, 52–57; Plut. Caes., 41, Pomp., 66–69). Требование завершить войну было связано и с желанием оптиматов освободиться от концентрации власти в руках Помпея (Арр. В. С, II, 66; Dio, 41, 53; Veil., II, 52). Помпеянцы активно обсуждали последствия победы, уже распределяя должности и денежные награды. Обсуждались и обширные репрессивные планы помпеянского руководства. Цезарь упоминает о проскрипциях в отношении нейтральных лиц (III, 83); в отношении собственно цезарианцев предполагалось, видимо, полное уничтожение. Палатки помпеянских военачальников украшались плющом, для праздничного пира готовилась серебряная посуда (III, 96).

9 августа 48 г. возле Фарсала состоялось генеральное сражение. Несмотря на детальные описания многих авторов (Caes. В. С, III, 84–99; Арр. B.C., II, 72–82; Plut. Caes., 43–46; Pomp., 68–72; Cato, 55; Dio, 41, 55–62) в сообщениях о Фарсальском сражении есть ряд неясностей.

Цезарь оценивает численность помпеянцев в 110 когорт (45 000 пехоты) и 2 000 evocati, а свои — в 80 когорт (22 000 пехоты) плюс семь когорт для охраны лагеря (ок. 3–3, 5 тыс. человек) (Caes. В. С, III, 89–90). Эти же цифры приводят Плутарх (Plut. Caes., 42; Pomp., 69) и Аппиан (Арр. В. С, II, 70). Эти авторы оценивают конницу Помпея в 7 000 (впрочем, это исходная цифра) (Caes. В. С, III, 4; Арр. В. С, II, 70; Plut. Caes., 42) и 1–1 500 человек у Цезаря (Caes. В. С, III, 6, 9; App. В. С, II, 70).

Правый фланг армии Помпея был прикрыт рекой Апс, и вся кавалерия и стрелки находились на левом крыле под командованием Лабиена. Эти силы и наносили основной удар и должны были смять кавалерию Цезаря и ударить в тыл пехоте. Помпей и Лабиен уверяли, что сражение решится еще до его начала (Caes. В. С, III, 86–84; Арр. В. С, II, 73–75; Dio, 41, 60). Пехота Помпея, как обычно, строилась в три линии. На правом крыле стояли 1 и 3 легионы, выведенные из Италии (бывшие легионы Цезаря), в центре — 2 сирийских легиона Сципиона, а на левом фланге — легион из Киликии. Эти пять легионов Помпей считал лучшими в своей армии и поставил в качестве опоры боевого порядка. Остальные были расположены между ними. Согласно Аппиану, в боевых порядках было много греков (Арр. В. С, II, 70–71). Плутарх сообщает, что командование левым флангом взял на себя Помпей, центром — Сципион, правым флангом — Домиций Агенобарб, а кавалерия была подчинена Лабиену (В. С, III, 87–88).

Цезарь противопоставил противнику свой боевой порядок. На правом фланге стоял 10 легион, на левом — 8 и 9. Положение остальных частей Цезарь не уточняет. Левым флангом командовал Марк Антоний, центром — Домиций Кальвин, правым флангом — П. Корнелий Сулла (Caes. В. С, III, 89). Конница стояла на правом фланге. Цезарь применил два тактических новшества, которые Г. Дельбрюк считает блестящим развитием эшелонной тактики и, возможно, высшим словом в античном военном искусстве. По приказу Цезаря третья линия должна была задержаться и не вступать в бой без специального приказа (Caes. В. С, III, 89). Кроме того, в тылу у кавалерии были поставлены 6 когорт (3 000 пехотинцев), которые, возможно, и решили исход сражения.

Помпей отдал приказ пехоте стоять на месте, рассчитывая на усталость цезарианцев, которым предстояло пройти двойное расстояние. Цезарь считает это ошибкой, полагая, что Помпей лишил армию важного эмоционального фактора (III, 92). Легионеры Цезаря дошли до середины поля, сделали остановку и пошли в атаку. Атака началась с героического удара отборного отряда центуриона Крастина (III, 93). Тем временем кавалерия Помпея обрушилась на цезарианскую конницу.

Атака была очень сильной. Конница Цезаря быстро отступила. Как полагает Г. Дельбрюк, ее целью было просто отступить и позволить помпеянцам наткнуться на построенное каре 6 когорт. Произошло неожиданное: кавалерия Помпея начала быстро отступать, за ней последовали лучники и пращники, вскорости перебитые когортами. Тем временем в центре шло ожесточенное пешее сражение, когда две цезарианские линии сдерживали наступление помпеянской пехоты. Конница и когорты ударили помпеянцам в тыл и фланг, и тогда Цезарь бросил в бой свою третью линию (Caes. В. С, III, 95). Цезарианцы штурмом взяли лагерь противника, остатки помпеянцев бросали оружие, сдавались и разбегались, часть из них бежала в находящиеся за лагерем горы (III, 96–97).

Цезарь продолжал преследование. Он окружил гору и стал отрезать противника от воды, после чего помпеянцы бежали к Лариссе. Оставив часть сил в лагере, Цезарь взял 4 легиона и продолжал следовать за противником. Помпеянцы снова остановились на горе, но Цезарь стал отрезать их от воды. Остатки армии Помпея сдались (III, 97–98).

Цезарь оценивает потери противника в 15 000 убитыми и 24 000 пленными, остальные разбежались (III, 99). Аппиан называет число 25 000 убитых (Арр. В. С, II, 82), впрочем, и он и Плутарх приводят (со ссылкой на Азиния Поллиона) и гораздо меньшее число — 6 000 убитых (Арр. В. С, II, 82; Plut. Caes., 46). Согласно Аппиану, пало 10 сенаторов и 40 всадников (Арр. Ibid.), среди погибших был и Домиций Агенобарб (Caes. В. С, III, 99). Цезарю принесли 9 легионных орлов и 180 знамен (Ibid.). Все пленные, среди которых было немало представителей знати, были пощажены. Уже в момент начала бегства противника Цезарь отдал знаменитый последний приказ щадить граждан (Suet. Iul., 75; Flor, IV, 2, 53; Polyaen, VIII, 23; 29). Как и ранее, все военнопленные были отпущены, а желающие поступили на службу к Цезарю. Среди сдавшихся был и Марк Брут (Veil., II, 52; Flor, IV, 2, 51–52; Suet. Iul., 34; Арр. В. С, II, 80–81; Plut. Caes., 16; Brut., 6; Dio, 41, 62). Восточная армия перестала существовать.