К. Хейг считает, что Реформация в стране опять развернулась под влиянием политической случайности и тактических маневров: по его словам, «церковь Англии получила свой строй управления большинством в три голоса, но и это было достигнуто политическими уловками». К. Хейг полагает, что Елизавета и её протестантские советники хотели более далеко идущей Реформации, но были вынуждены принять половинчатую Реформацию. В консервативном направлении Елизавету подтолкнула палата лордов.

К. Хейг не согласен с версией Дж. Нила, что королеву, наоборот, подтолкнула в радикальном направлении палата общин. Дж. Нил, по его мнению, преувеличил политическое влияние протестантов: лишь 19 бывших эмигрантов были избраны в парламент, и Елизавете также противостояла, в сущности, католическая по взглядам палата лордов. Принятый молитвенник был двусмысленным — это был литургический компромисс, который позволял священникам совершать причастие в церкви Англии в католических облачениях, произнося при этом слова, которые могли быть истолкованы в соответствии с католическими понятиями. Священники с консервативными убеждениями вполне могли принять всё это. В букве закона, считает К. Хейг, Елизавета достигла моментальной Реформации, но на уровне приходской религии всё могло сильно отличаться. Приходское духовенство под административным давлением должно было привыкать к новым трактовкам службы, и Реформация в приходах опять происходила всё так же медленно, как это было и ранее.

К. Хейг считает, что Елизавету испугало её столкновение с палатой лордов при обсуждении и принятии билля о единообразии в 1559 г. В результате королевские «Предписания» по церковному вопросу, подготовленные в июне 1559 г., содержали значительные уступки консерваторам. Образа не объявлялись объектом идолопоклонства как таковые, осуждалось только их суеверное почитание. Столы для причастия должны были стоять на месте алтаря. В причастии должны были использоваться традиционные облатки, а не простой хлеб. Но проведенная летом 1559 г. для проверки положения в церкви визитация приняла более радикальный характер из-за участия в ней бывших эмигрантов. В королевском отношении к результатам визитации остаётся неясным, то ли Елизавета изначально рассчитывала на такой более радикальный характер визитации, то ли её распоряжения были обойдены.

К. Хейг отмечает, что духовенство без особого рвения подчинилось новым религиозным распорядкам. Во время визитации 1559 г. духовные лица должны были подписаться о согласии на королевское верховенство в церкви, с молитвенником и королевскими «Предписаниями» по церковным вопросам. В Йоркской провинции под новыми требованиями подписалась одна треть. Из разных источников известно, что часть священников так и не выразила своего формального согласия с новыми религиозными порядками, но при этом отстранены от службы были немногие. По южной Кентерберийской провинции две трети духовенства подписались в 1559 г., а остальные позже. Относительно численности священников, потерявших приходы в южной провинции из-за несогласия с переходом к протестантизму, называлась цифра от 200 до 480 с предпочтительностью ближе к первой цифре. К. Хейг считает, что их было около 300. Вероятно, ещё больше несогласных было среди помощников приходских священников, так как им терять было нечего, и они превратились в домашних капелланов, священников у рекузантов-католиков, школьных учителей или вообще растворились среди светских лиц.

В феврале 1560 г. группа ведущих протестантских епископов — Гриндел, Джуэл, Сэндис и, возможно, другие — пригрозили уходом в отставку, если королева будет настаивать на восстановлении распятий в приходских церквах, и королева отступила. По имеющимся отчётам церковных старост видно, что на рубеже 1550–60-х гг. в приходских церквах стали убирать алтари, образа, хоры в церкви, но в единичных случаях хоры в церкви сохранились до современности. Работы велись медленно, поскольку во всё это были вложены приходские денежные средства. Отчёты церковных старост свидетельствуют, что примерно половина приходов ещё в течение 10 лет хранили облачения, утварь для месс, а некоторые приходы — даже дольше. Некоторые священники из числа возведённых в сан до 1559 г. не скрывали своих консервативных убеждений, многие из них держались как можно ближе к старым формам службы, и о таких священниках-нарушителях, бывало, годами никто не доносил. За нарушения священников отстраняли от службы редко, поскольку наблюдалась серьёзная нехватка духовенства. По этой причине епископы в начале правления Елизаветы снизили уровень требований при посвящении в сан, хотя сами осознавали, что в этом нужно быть осторожными. Епископы также допустили большой рост плюралитетов — по епархиям было обычно от четверти до трети держателей плюралитетов, иногда даже выше. Многие священники не могли проповедовать, или проводили службы редко, не вовремя из-за того, что держали несколько приходов. В таких условиях протестантизм с трудом распространялся в начальный период правления Елизаветы. Протестантские законодательные установления 1559 г. утверждались в большинстве местностей примерно в течение 10 лет, кое-где по 20–30 лет, в итоге всё же укореняясь, особенно по мере того, как умирало старое католическое духовенство. Но либеральный историк А.Дж. Диккенс называл все эти явления «пережиточным католицизмом».

Как считает К. Хейг, в 1559 г. перспективы католицизма в Англии для многих не выглядели безнадежно порушенными: Елизавета могла из политических соображений пойти на определённое сближение с католиками, как Генрих VIII, могла случайно умереть, быть свергнутой восстанием, выйти замуж за католика. По стране ходили слухи о возможности восстановления католицизма. Сама Елизавета, как отмечают исследователи, в политических целях маневрировала и поначалу не отвергала даже возможность заключения брака с Филиппом II Испанским.

В 1559 г. католическая верхушка пыталась держаться своих верований: все епископы, кроме одного, и большая часть деканов, архидиаконов, соборных каноников, известных богословов оставили должности или отказались от принесения клятвы о королевском верховенстве в церкви и были лишены своих должностей. Лишились мест также около 100 членов советов колледжей в Оксфорде.

Епископов подвергали тюремному и домашнему аресту, многие бывшие университетские преподаватели бежали на континент, особенно в Рим и Лувен. Католики-эмигранты, жившие в Лувене, считали себя руководством церкви в эмиграции. Деятельность английского католического колледжа в Дуэ, созданного эмигрантами, как считает К. Хейг, следует расценивать как успешную — к 1576 г. тут было 276 человек, приехавших из Англии. Многие до этого учились в Оксфорде, который в эти годы, как полагает К. Хейг, испытывал нехватку талантливых студентов и преподавателей. К, Хейг придерживается мнения, что в 1560-е гг. в Англии происходило формирование католической альтернативной церкви, в которой служили консервативно настроенные священники. Некоторые из них сохранили приходы и подражали мессе во время англиканской службы, не учили прихожан новой доктрине. Среди светских лиц убежденных рекузантов было поначалу немного. Почти все из них были «церковными папистами» (так называли католиков, ходивших на службы в протестантскую церковь), но обычно они не подходили к причастию, и признавались в том, какова их настоящая вера, только в предсмертной исповеди.