Святейший Патриарх призывал не ограничиваться только службой в храме:

— Каждый храм должен взять духовную опеку над близлежащей больницей, воинской частью, школой, детским домом, детским садом, домом престарелых...

Предстоятель критиковал священников и за то, что нередко они сокращают богослужение или совершают его небрежно и непонятно.

— В настоящее время, — говорил он, — особенно необходимо внимание к нуждам людей, которые в поисках правды Божией приходят в храм. Столкнувшись с фактами грубости, равнодушия, нетерпимости, леностного и неблагоговейного совершения богослужений и в особенности — крещений, венчаний и отпеваний, люди нередко утверждаются в отрицательном представлении о церковной жизни и становятся лёгкой добычей инославных и сектантских проповедников. Грубость должна быть изжита из приходской жизни. Грубость недопустима ни для кого: ни для архиерея, ни для священника, ни для члена причта, ни для тружеников церковных.

Святейшего тревожило появление в жизни Церкви так называемого «младостарчества», о чём он не переставал говорить:

— Вызывает беспокойство то, что в религиозно-духовной жизни некоторых приходов наметился крен молодых священников в «старчество», «духовничество». Не имея никакого духовного личного опыта и даже простого жизненного опыта, такие священнослужители дерзают легкомысленно заниматься «старчеством», что опасно как для них самих, так и для прихожан. Известно, к чему приводит такое руководство, когда слепой ведёт слепого. Стращая, как правило, приближающимся приходом антихриста, они убивают в людях последнюю надежду на возможность противостоять злу, не говоря уже о непосильных епитимиях, отталкивающих людей от Церкви. Это должно быть исключено.

Говоря о таинстве покаяния, Святейший призывал к золотой середине. Нельзя относиться к кающемуся поверхностно, но нельзя и требовать от него, чтобы он вспомнил и рассказал каждый грех до мельчайших подробностей и даже каждый помысел. Патриарх напоминал, что изначально к покаянию прибегали в тех случаях, когда человек совершал смертный грех, через который отпадал от Церкви.

— В наши дни многие так называемые младостарцы, не имея должного понимания таинства покаяния, превращают исповедь либо в истязание кающегося, либо в беседу, длящуюся порой по часу с каждым человеком, невзирая на то, что стоит масса исповедников. В результате, как правило, задерживается начало Божественной литургии, а многие из пришедших на исповедь уходят без неё.

О записывании грехов в качестве своего рода шпаргалки Патриарх сказал, что сам по себе обычай полезен, но зачастую тоже превращается в формальность и лучше прибегать к нему как можно реже. Главное на исповеди — не слова, а осознание своей греховности, желание вернуться к Нему и не повторять ошибок прошлого.

— Следует объяснить верующему, что исповедь — не отчёт перед Богом, а тем более перед духовником о совершенных грехах, а запись — лишь памятка для самого исповедующегося. Не надо, гоняясь за дешёвой популярностью, рвать или сжигать запись исповеди, а, наоборот, надо объяснить, что разрывание бумажки никакого сакраментального значения не имеет, а является если не суеверием, то фарисейством («согрешений моих рукописание раздри»). К сожалению, мы часто рассматриваем таинства статически, а их следует рассматривать динамически. Надо объяснять верующим, что главное на исповеди — не слова, а осознание своей греховности, отпадения от Бога через грех, желание вернуться к Нему и не повторять ошибок прошлого.

Возрождение Православия породило великое множество неофитских толкований всего, что связует жизнь церковную с жизнью будничной, повседневной. Говоря об этом, Святейший высмеивал всевозможные подобные толкования, нередко превращающиеся в некие околоправославные суеверия.

— Можно, например, встретить упоминание о таком грехе, неизвестно, правда, против какой заповеди: «Тратила много времени на ненужную стирку белья». И это предлагается для подготовки к исповеди мирскому человеку, женщине, хозяйке?! Что же, бездельничать и ходить в грязи — это будет христианский образ жизни?.. Иногда верующие не допускаются до Причастия без достаточных оснований. От Причастия отлучает лишь смертный грех или неподготовленность. Игумен одного из подмосковных ставропигиальных монастырей за два дня до праздника Рождества Христова не счёл возможным допустить до Причастия молодую женщину только потому, что она скромно, в семейном кругу, не нарушая поста, встретила Новый год и выпила немного вина. На праздник Рождества Христова эта женщина осталась без Причастия Святых Христовых Таин. Этому игумену следовало бы перечитать Великопостный устав. Даже Великим постом в праздничные дни разрешается вино, начиная с первой субботы поста.

Святейший требовал, чтобы все священники имели по меньшей мере семинарское образование, чтобы все храмы были украшены как снаружи, так и изнутри, отмечал, что во многих храмах «царит безвкусица: аляповатые киоты и иконостасы в стиле модерн, подобного же рода светильники, скамьи».

— В ряде таких храмов при входе по-прежнему висят светские объявления, не имеющие отношения к богослужениям, по-прежнему отсутствует святоотеческая литература и в то же время — обилие современной, далеко не православной, а иногда и инославной литературы, свидетельствующее о соответствующей настроенности духовенства прихода.

Он отмечал, что выпускается множество книг под грифом «По благословению Святейшего Патриарха Алексия II», притом что многие из этих книг он даже в глаза не видел. В итоге со временем будет создана особая форма церковной цензуры и книги станут получать гриф Издательского Совета Патриархии.

Чем больше восстанавливалась Православная Церковь, тем агрессивнее становились по отношению к ней многие средства массовой информации. Святейший остерегал:

— Ряд священнослужителей жалуются на то, что их телевизионные интервью обрезают и делают из них бессмыслицу. Учитывая антицерковную настроенность ряда средств массовой информации, старающихся, как и ранее, только негативно представлять с экранов телевизоров нашу Церковь, не советую давать никаких интервью, которые, несмотря на благие побуждения, могут послужить во вред Церкви. Немалым соблазном служит и то, что, когда священнослужителей приглашают освящать банки, биржи, рестораны, всё это стараются показать на экранах телевизоров, и у людей нецерковных создаётся впечатление, что Церковь только и занимается освящением банков и бирж.

Предстоятель Русской Православной Церкви заявлял о недопустимости любых проявлений религиозного либерализма, способного «привести к трагическим последствиям — к расколу, разделению Церкви, угасанию церковного православного сознания и гибели». Точно так же он критиковал излишний церковный консерватизм, одним из проявлений которого в своё время стала борьба против ИНН на фоне общего апокалиптического предсказательства.

— По поводу принятия или неприятия ИНН ранее было дано обоснованное и авторитетное разъяснение Богословской комиссии и Священного Синода, — говорил Предстоятель на очередном Епархиальном собрании Москвы. — Но некоторые силы, которые