Ожеро прибыл в Париж, когда положение Директории было уже критическим. В ее составе произошел раскол. Из 5 директоров двое (Бартелеми и Карно) находились в оппозиции. Всем заправляло большинство — трое других директоров (Баррас, Ребель и Ларевельер-Лепо), образовавшие своего рода «триумвират». По Парижу ходили слухи об угрозе, якобы высказанной генералом Пишегрю в разговоре с одним из членов Директории: «Вам Люксембургский дворец — это не Бастилия; я сяду на лошадь, и через четверть часа все будет кончено». Прибывший в Париж Ожеро был сразу же принят Директорией. На встрече с ее членами он без каких-либо обиняков хладнокровно заявил: «Я прибыл, чтобы убить роялистов». «Какой отъявленный разбойник», — только и смог произнести Л. Карно, пораженный таким откровенным цинизмом генерала.

Но Бонапарт не только помог Директории военной силой в лице свирепого Ожеро и его солдат, он вооружил ее еще и политически. Как раз незадолго до этого его войсками в Вероне среди прочих трофеев был захвачен портфель роялистского эмиссара графа д’Антрега, содержавший, кроме других бумаг, неопровержимые доказательства измены генерала Ш. Пишегрю, его тайной связи с роялистами-эмигрантами. Эти документы Бонапарт передал Директории.

После того как в руках Барраса и его сообщников оказались эти убийственные для Пишегрю документы, неожиданно придавшие замышляемой ими антиконституционной акции вполне законный характер, они решили действовать, нанеся по своим политическим противникам упреждающий удар. Было объявлено, что государственный переворот направлен в защиту Республики. До кровопролития дело, правда, не дошло. Переворот был совершен бескровно. 18 фрюктидора (4 сентября) 1797 года 10 тыс. солдат Ожеро, назначенного Директорией командующим войсками парижского гарнизона, окружили дворец Тюильри, где заседали обе палаты французского парламента и, не встречая никакого сопротивления, заняли дворец, а затем произвели «чистку» депутатского корпуса. Отдельные выжрики народных представителей о «праве закона», «верховенстве конституции», «неприкосновенности народных избранников» и т. п. остались гласом вопиющего в пустыне. Тогда один из офицеров Ожеро, имя которого в истории не сохранилось, произнес знаменитую фразу: «Закон? Это — сабля!» Ожеро действовал так жестко и решительно, что с угрозой роялистского выступления было покончено практически в один день. «Триумвират» был в восторге, объявив его «Спасителем Отечества».

Большинство неугодных Директории депутатов во главе с Пишегрю были арестованы. Во многих департаментах Франции, от которых эти депутаты избирались, результаты майских выборов аннулировались и назначались новые выборы. При этом предусматривались все необходимые меры, чтобы на новых выборах прошли только лояльные к Директории кандидаты. Одновременно была проведена кардинальная чистка государственного аппарата, судейского корпуса и др., закрыты многие газеты. Даже из состава Директории были выведены два ее члена — оппозиционеры Карно и Бартелеми. Изгнанию из армии подвергся ряд генералов, заподозренных в связях с Карно.

На первый взгляд, казалось, успех Директории, осуществившей государственный переворот при поддержке армии, был полным и безраздельным — власть она удержала, политический противник был разгромлен, обстановка стабилизировалась… Но это была лишь видимость. Вскоре выяснилась вся эфемерность одержанной победы. Насилие над конституцией и законодательной властью, разгон парламента, осуществленный при помощи военной силы, обернулись для Директории дальнейшей дискредитацией ее режима в глазах основной массы французского народа. Ее положение стало еще более неустойчивым. Хотя власть «триумвирата» удержалась благодаря штыкам солдат Ожеро, присланных Бонапартом для «спасения Республики», но уже на следующий день после переворота оба этих генерала вызвали наибольшее раздражение Барраса. Дело в том, что безграмотный, недальновидный, неискушенный в политике солдафон Ожеро принял за чистую монету, что он действительно «Спаситель Отечества» и что он в самом деле крайне необходим Республике. В этой связи он на полном серьезе заявил о своем праве войти в состав Директории. Баррас усмотрел в этом демарше незадачливого генерала руку Бонапарта и поспешил избавиться от своего «спасителя». 23 сентября 1797 года Ожеро был назначен главнокомандующим Рейнско-Мозельской и Самбро-Мааской армиями, т. е. всеми французскими войсками на Рейне, заменив на этом посту только что внезапно умершего генерала Л. Гоша. Но вскоре Директории стало ясно, что «шапка не по Сеньке». Под предлогом того, что война закончилась, «Спаситель Отечества» лишился своей должности. Затем его отправили на границу с Испанией командовать 10-й дивизией, штаб которой находился в Перпиньяне. Весной 1799 года Ожеро был избран в Совет пятисот, где примкнул к более близкому ему по духу левому крылу (бывшие якобинцы) и играл довольно видную роль в работе нижней палаты парламента. Правда, эта роль в основном ограничивалась представительскими функциями.

Осенью того же года во Францию из Египта вернулся Наполеон Бонапарт. Рано утром 24 вандемьера (16 октября) 1799 года он прибыл в Париж и сразу же явился в Директорию. Его сопровождали генерал Л. Бертье и двое знаменитых ученых, прибывших вместе с ним из Египта, — Монж и Бертолле. Этот поспешный визит в столь ранний час и после утомительного путешествия говорит о том, насколько неуверенно чувствовал себя тогда генерал, самовольно бросивший свою армию в Египте, по существу, дезертировавший с фронта, а потому подлежащий немедленному аресту и преданию суду военного трибунала.

Через 2 дня Бонапарт снова явился в Директорию, теперь уже с официальным визитом. Никаких мер по отношению к нему со стороны Директории не было принято, несмотря на явный факт его дезертирства со своего поста. В то же время никто не сомневался в истинных намерениях честолюбивого полководца — захватить власть в стране. Сразу же в его особняк на улице Шартерен потянулись многочисленные визитеры — министры, генералы, политические деятели и даже некоторые члены Директории. Идея государственного переворота давно уже витала в Париже, теперь она была преподнесена Бонапарту в готовом виде. Оставалось лишь ее реализовать. Все хотели перемен, всем осточертела ненавистная Директория. В заговоре против Директории участвовали даже некоторые из ее членов (Сийес и Роже-Дюко). Ожеро же тем временем пытался организовать в Совете пятисот противодействие планам Бонапарта. Но у него ничего не получилось. После того как накануне переворота Бонапарт был назначен командующим войсками парижского гарнизона, Ожеро понял, что может окончательно проиграть и поспешил примкнуть к своему бывшему начальнику. Выжидавший несколько дней и издали наблюдавший за развитием событий, он вечером 18 брюмера наконец вышел из своего укрытия и помчался в Тюильри, к Бонапарту. Найдя его, генерал широко раскрыл свои могучие объятия и бросился ему навстречу. «Как, генерал, вы не полагаетесь на вашего маленького Ожеро?!» — трагическим тоном воскликнул он. Бретер и авантюрист по натуре, мечтавший сам сыграть ва-банк, убедившись, что успех на стороне Бонапарта, поспешил, пока не поздно, примазаться к победителю. Весь его вид в этот момент выражал крайнее смущение и досаду. Всем своим обликом он как бы давал понять — как же так, ведь он всей душой предан своему генералу, а тот хочет обойтись без него! Невыносимо обидно, что с ним так поступают! Это не по-товарищески…