Замысел фрондеров, намеревавшихся устроить своему новому командующему крупный скандал, морально сломить его и уже предвкушавших неминуемый конфуз «заезжего выскочки», полностью провалился, хотя перед встречей с Бонапартом никогда не лезший за словом в карман Ожеро хвастливо обещал своим товарищам: «Вы увидите, как я буду разговаривать с этим мальчишкой!» Не получилось… После первого знакомства со своим начальником дивизионные командиры поняли, что не так-то прост этот «мальчишка», и поспешили занять более лояльную позицию по отношению к нему. Но не все из них сдались так быстро. Дольше всех упорствовал Ожеро. В этой связи Бонапарту пришлось принять по отношению к нему дополнительные меры. Вскоре во время одной из встреч с Ожеро он, видимо, задетый за живое бестактностью этого генерала, резко одернул его. «Генерал, вы выше меня ростом как раз на одну голову, но если вы будете грубить мне, то я немедленно устраню это различие», — ледяным тоном произнес командующий. Онемевший от изумления обитатель парижских трущоб потерял дар речи. Молва об этом инциденте, произошедшем при свидетелях, быстро облетела всю армию. Генералы как-то сразу зауважали своего нового начальника…

Ожеро являлся активным участником знаменитого Итальянского похода Бонапарта 1796—1797 годов. Возглавляемая им дивизия геройски сражалась при Монтенотте, Миллезимо, Лоди, Кастильоне, Арколе и Ла Фаворите, взяла Болонью. Особенно Ожеро отличился в бою при Миллезимо (13 апреля 1796 года), в самом начале Итальянского похода, а затем — в сражениях при Кастильоне (5 августа 1796 года) и Арколе (15—17 ноября 1796 года). При Кастильоне, проявив высокое мужество, он стремительным ударом прорвал центр австрийской позиции и спас положение, которое даже Бонапарт считал уже безнадежным. Выдающуюся отвагу Ожеро проявил и при Арколе. Когда поражаемые шквальным огнем австрийской артиллерии французы дрогнули и начали отступать, он выхватил знамя из рук знаменосца и, бросившись через осыпаемый картечью мост вперед, увлек за собой солдат в последнюю и решительную атаку. Уже торжествовавший победу враг был опрокинут этим стремительным ударом и поспешно отступил. В награду за этот геройский подвиг Бонапарт послал генерала Ожеро с трофейными знаменами в Париж (февраль 1797 года). Он имел также поручение своего командующего доложить правительству Республики о последних победах, одержанных Итальянской армией. Директория встретила Ожеро с большим почетом и подарила ему то самое знамя, с которым он шел в атаку на Аркольский мост. Выполнив свою почетную миссию, Ожеро вернулся в Италию.

Итальянская кампания 1796—1797 годов явилась звездным часом в боевой карьере Ожеро. В ходе ее, командуя дивизией, он проявил выдающийся военный талант и стяжал громкую боевую славу как один из ближайших сподвижников лучшего полководца Республики Наполеона Бонапарта. Апогеем боевого мастерства Ожеро явилось сражение при Кастильоне, где он проявил себя во всем блеске. Наполеон не забыл этого героического подвига и спустя много лет увековечил его в названии герцогского титула Ожеро. Однако победа при Кастильоне стала для ее героя, как говорится, «первым и последним поцелуем славы». Несмотря на то, что боевая карьера Ожеро продолжалась еще около двух десятков лет, после Кастильоне ему так и не удалось больше блеснуть крупным военным талантом (отдельные случаи личного героизма, вроде Арколе, не в счет).

Летом 1797 года положение в Париже сделалось угрожающим, власть Директории заколебалась. Выборы в парламент, проведенные в мае 1797 года, дали большинство голосов в обеих палатах французского парламента (Совет пятисот и Совет старейшин) роялистам и поддерживающим их слоям населения (так называемая «партия Клиши»). А избрание генерала Ш. Пишегрю председателем Совета пятисот (нижняя палата французского парламента) и Ф. Барбэ-Марбуа — председателем Совета старейшин (верхняя палата) явилось открытым вызовом Директории, так как тот и другой были ее непримиримыми врагами.

Правое большинство в обеих палатах парламента сразу нанесло удар в наиболее уязвимое место правительства. Оно потребовало, чтобы исполнительная власть отчиталась перед народными представителями о сделанных ею расходах. Парламентариев больше всего интересовало — куда ушли миллионы золотом, поступившие из Италии (от генерала Бонапарта), и почему государственная казна пуста. То были вопросы, на которые Директория даже при всей ее дьявольской изворотливости не могла дать вразумительного ответа. Законодатели не скрывали своего намерения заменить исполнительную власть в стране.

Продажное, погрязшее в коррупции, прогнившее насквозь и ненавидимое всеми правительство Директории теряло одну позицию за другой. Выборы в парламент наглядно это продемонстрировали. В распоряжении Директории оставалась только армия, поддержкой которой еще можно было заручиться, лицемерно апеллируя к лозунгу «Республика в опасности!» Директора, возглавляемые бывшим графом П. Баррасом, хорошо понимали, что штыки сильнее любых конституционных законов, они могут все. Важно лишь одно: чтобы эти самые штыки не повернулись против самих правителей. А в этом твердой уверенности не было.

Баррас долго колебался, к кому обратиться за помощью — к Гошу, Моро или Бонапарту? Это были три наиболее известных полководца Республики, авторитет и популярность которых в армии были очень высоки. Не было никаких сомнений, что армия пойдет за ними. Более других Баррас опасался Бонапарта, несмотря на то, что полтора года назад сам невольно способствовал его возвышению, сыграв решающую роль в его назначении на пост командующего Итальянской армии. Но с Гошем и Моро у него ничего не получилось. Эти военачальники отказались играть роль орудия в руках продажного политикана, замышлявшего государственный переворот. Оставался Бонапарт. Баррас был вынужден обратиться за помощью к нему. В Италию было направлено письмо, в котором Баррас писал, что он и его коллеги «были бы счастливы снова увидеть в своей среде генерала, так прекрасно действовавшего 13 вандемьера». Намек был более чем прозрачен. Бонапарт все понял и в свою очередь направил в адрес Директории послание, в котором, в частности, открытым текстом говорилось: «Если вы боитесь роялистов, обратитесь к Итальянской армии, она в два счета разделается с шуанами, роялистами и англичанами». После такого генеральского ответа все встало на свои места. Сговор Бонапарта с Директорией был согласован. Все намеки и недомолвки были отброшены. Бонапарт согласился оказать Директории военную помощь и обратился с воззванием к своей армии, в котором призвал ее защитить Республику от роялистской угрозы. Верные республиканским принципам генералы Итальянской армии также обратились к своим солдатам с соответствующими воззваниями. Одним из самых решительных и кровожадных было воззвание Ожеро. В своей прокламации он заявлял: «Трепещите, роялисты! До Парижа для нас остался лишь один шаг! Ваши беззакония уже оценены по достоинству и расплата за них — на конце наших штыков!» Однако сам Бонапарт от личного участия в государственном перевороте уклонился. Он менее всего желал компрометировать свою славу полководца полицейской акцией в духе вандемьера, хорошо понимая ее сомнительный, антиконституционный характер. Для этой грязной работы, считал он, найдутся другие. По его приказу в Париж во главе сильного отряда солдат отправился генерал Ожеро. По мнению Бонапарта, этот человек более всего подходил для такой роли. Относительно своего выбора он писал Директории: «Этот генерал решителен и мало способен к рассуждению, что делает из него прекрасное исполнительное орудие». Ослабляя свою армию на несколько тысяч человек, Наполеон Бонапарт ничем не рисковал, так как в результате заключенного 18 апреля 1797 года Леобенского перемирия с австрийцами боевые действия прекратились и велись переговоры о мире.