Министерство иностранных дел проинструктировало консулов, находящихся в верховьях реки Янцзы выше Ханькоу, чтобы они начали эвакуацию японских граждан по своему усмотрению, если ситуации изменится к худшему.

Японские жители в районе реки Янцзы охранялись силами контр-адмирала Уматаро [Танимото], командующего 11-й флотилией канонерских лодок, состоящей из флагманской канонерской лодки «Яеяма»[26], канонерских лодок «Ходзу», «Футами» и «Котака» в Ханькоу, [канонерских лодок «Катада», «Сумида» и [эсминца] «Кури» в Шанхае, [эсминцев] «Цуга» в Нанкине, «Хасу» в Уху, [канонерских лодок] «Атами» в Цзюцзяне, «Сэта» в Чанша, «Тоба» в Ичане, «Хира» в Чунцине и подразделения Шанхайского особого десантного отряда флота численностью 292 человека, дислоцированного в Ханькоу.

На 1 июля в Китае проживали около 30 000 японских граждан, в том числе японцев, корейцев и уроженцев Формозы, из которых 26 600 жило в Шанхае и 1700 в Ханькоу. Ввиду нарастания напряженности по всему Китаю и расширения конфликта в Северном Китае 28 июля Генеральный штаб Флота выпустил следующую директиву командующему Третьим флотом:

Эвакуация японских граждан с верховьев реки Янцзы началась 1 августа. 4 августа было получено разрешение центральных властей на их дальнейшую эвакуацию. 9 августа они достигли Шанхая на борту японских кораблей. В Ханькоу между генеральным консульством и флотом произошло расхождение во мнениях относительно эвакуации. В конце концов, спор пришлось разрешить центральным властям[27]. 6 августа было получено разрешение на эвакуацию из Ханькоу в Шанхай. Около 1000 граждан Японии, жаждавших эвакуации, 7 августа отправились в Шанхай на борту японских кораблей. Сопровождаемые по суше армейским подразделением и эскортируемые кораблями 11-го дивизиона канонерских лодок, они благополучно завершили свое путешествие. Жители Уху, Даэ, Цзюцзяня и Нанкина, расположенных в нижнем течении Янцзы, также были эвакуированы и благополучно добрались до Шанхая 9 августа. Однако пароход «Гакуё Мару», который покинул Нанкин 13 августа, имея на борту дипломатический персонал из района Ханькоу, военного и морского атташе, а также незначительное количество японских гражданских лиц из Нанкина, был вынужден вернуться в Нанкин из окрестностей Чэнцзяна, так как китайцы закрыли проход по реке. В конце концов, они достигли Циндао на особо тщательно охраняемом поезде. Японские жители Шанхая ввиду возросшей опасности приняли решение отправить на родину женщин и детей. Таким образом 20 000 жителей из 30 000 успешно вернулись домой около 19 августа.

Японские граждане в Южном Китае находились под защитой 5-й флотилии эсминцев под командованием вице-адмирала Окума Масакути. Эскадра состояла из флагманского [.легкого крейсера] «Юбари», [эсминца] «Асагао», 16-го дивизиона эсминцев (без «Асагао»), базировавшихся на Мавэй[28], 13-го дивизиона эсминцев (исключая «Санаэ») в Сватоу и [эсминца] «Санаэ», стоявшего в Кантоне[29]. Эскадра была назначена охранять 12 000 японцев – жителей Фучжоу, Амой, Сватоу и Кантона. В начале Северокитайского инцидента 16-й дивизион эсминцев был отправлен на север. Ему на смену в распоряжение вице-адмирала Окума были отправлены 5-й дивизион эсминцев из Мако[30] и 29-й дивизион эсминцев из Японии.

Так как положение в Южном Китае 12 августа резко ухудшилось, в тот же день начали эвакуацию жителей Сватоу. После столкновения в Шанхае, 15 августа начали эвакуироваться жители Кантона, а 17 августа жители Фучжоу – последние по приказу министра иностранных дел. Все они благополучно достигли Формозы. Эвакуация японских граждан из Амой, которая по ряду причин задерживалась, была завершена во второй половине августа, когда шанхайская операция находилась в полном разгаре.

С определением 27 июля правительственного курса на отправку войск в Северный Китай высшее командование флота выпустило следующие приказы.