Со временем качество управления постепенно ухудшалось, и весомый вклад в этот процесс внес сам император, отказывавшийся сотрудничать с чиновниками. Так, например, он постоянно игнорировал просьбы утвердить новые назначения и отставки: в 1604 году министерство, занимавшееся подбором государственных служащих, докладывало, что более половины должностей мировых судей остаются свободными; такая же ситуация сложилась в министерствах Пекина и Нанкина. Император почти не появлялся при дворе; нередко чиновники целыми группами становились на колени у дворца и громкими криками пытались привлечь внимание правителя; из оставшихся без ответа докладных записок вырастали целые горы. Внимания удостаивались только ведомства, занимавшиеся сбором налогов, — император постоянно искал способы пополнения личной казны, приобретя репутацию самого алчного правителя в истории Китая.

Период его правления был отмечен несколькими восстаниями внутри страны, а также приграничными войнами с монголами и бирманцами, которые, впрочем, не представляли особой угрозы для власти. Более серьезные последствия имело возвращение европейцев. В конце 60-х годов XVI века португальцам было пожаловано право торговли в Макао, где китайская таможня взимала с них пошлины; вокруг города построили стену, и за нее запрещалось выходить чужеземцам. В 1578 году португальцам разрешили закупать китайские товары в Кантоне, куда вслед за этим переехала таможня. Иностранцы были обязаны подчиняться строгим правилам: жить только в указанных районах и закупать товары не более одного раза в год. Нарушителей ждала конфискация товара и имущества.

Тем временем пример Португалии заставил обратить внимание на Дальний Восток и испанцев. В 1750 году они отправили экспедицию для колонизации Манилы, где уже давно жили китайцы. Возникшие трения вынудили Испанию задуматься о вторжении в Китай, но затем король Филипп II отказался от этой идеи. Как бы то ни было, полномасштабная война разгорелась на Филиппинах, и в 1603 году объединенные испано-филиппинские силы изгнали китайцев с архипелага; в этой войне погибли почти двадцать тысяч человек.

Подозрительность, с которой китайцы относились к Западу после этих событий, удалось несколько ослабить одному выдающемуся европейцу. Это был итальянский иезуит Маттео Риччи, построивший первую христианскую церковь в нескольких милях от Кантона и в 1602 году обосновавшийся в Пекине. Переняв китайские обычаи и проявив безграничное терпение, он установил дружеские отношения с представителями правящего класса, причем не в последнюю очередь благодаря тому, что распространял научные знания Запада — он сам был выдающимся математиком — и переводил на китайский язык труды Евклида и других ученых по гидравлике и астрономии. Он обратил в христианство нескольких аристократов, но его миссионерская деятельность наталкивалась на серьезное сопротивление: высшие слои общества стремились к индивидуальному совершенствованию, а низшие погрязли в суевериях и верили в идолов, так что ни тех ни других не интересовала чужеземная религия. Более того, считалось, что прерогатива слышать веления Неба принадлежит одному императору. В 1610 году, вскоре после смерти Риччи, христианская церковь в Китае впервые подверглась гонениям, хотя и не очень сильным.

Вторая половина правления Шэнь-цзуна отмечена несколькими военными кампаниями. Одна экспедиция была направлена против непокорного племени мяо на южной границе провинции Сычуань. Восстание не утихало все 90-е годы XVI века, и для его подавления имперской армии пришлось прибегнуть к психологической войне, в которой применялись информационные бюллетени и листовки. Второй поход имел своей целью далекий северный Ордос, где армия взбунтовалась из-за задержки жалования. Мятежники укрылись в городе и оказывали ожесточенное сопротивление осаждавшим его императорским войскам, пока вокруг всего города не был вырыт ров длиной три мили и глубиной до девяти футов. В этот ров осыпались оборонительные стены, и вождь мятежников, монгол по национальности, совершил самоубийство — сжег себя заживо.

Велись военные действия и против японцев, которые в 1592 году вторглись на территорию Кореи, — конечной их целью был Китай. Китайцы контратаковали, в свою очередь нацелившись на Японию. В результате семилетней войны на суше и на море ни одной из сторон не удалось реализовать свои планы — удача сопутствовала то китайским, то японским войскам, и все закончилось тем, что японцы отступили из Кореи, оставив лишь небольшой гарнизон в одном корейском городе. Любопытный эпизод во время одного из многочисленных перемирий в этой войне иллюстрирует убеждение китайцев в том, что их император является Сыном Неба и, следовательно, повелителем всех народов, а остальные государства должны быть его вассалами. Китайцы предложили пожаловать японскому полководцу титул царя Японии, если тот согласится вывести войска, но когда китайские послы прибыли в лагерь противника с императорским патентом и шелковым халатом для церемонии, японский военачальник гневно отверг саму мысль о том, что он станет вассалом, выплачивающим дань китайскому императору. На протяжении многих веков китайцы верили во всемирный характер своей империи и доминирующее влияние, исходящее из ее столицы.

Еще одной военной кампании было суждено сыграть решающую роль в падении династии и бросить тень на ближайшее будущее страны. Племенной союз монголов и тунгусов (общее название — чжурчжэни), в XII веке основавший на обломках Северной Сун империю Цзинь, был вытеснен сыном Чингисхана далеко на северо-восток. Там к ним присоединились свежие силы за счет мигрантов на запад из их родных земель на севере Кореи, и они стали называться маньчжурами. Их армия была составлена из отрядов, которые назывались «знаменами». В 1583 году под руководством одного из вождей, некого Нурхаци, которому в то время было двадцать четыре года, маньчжуры начали создавать империю, которая вскоре объединила всю Маньчжурию и проживавшие в ней монгольские племена. Поначалу они довольствовались торговлей с Китаем, добившись монополии на поставку жемчуга, соболя и женьшеня, и выплачивали китайской империи дань. Однако Нурхаци неприязненно относился к Китаю и стремился избавить свой народ от вассальной зависимости от соседа. После нескольких удачных стычек с китайскими войсками он опубликовал список претензий — так называемые «семь жалоб» — к Китаю, потребовав отдать часть территории и ежегодно выплачивать дары в виде золота, серебра и шелка.

Эти требования заставили Китай предпринять карательную акцию. В 1619 году 100-тысячная армия, в составе которой было крупное подразделение корейских стрелков, вооруженных мушкетами, вторглась в Маньчжурию. Ее командующий совершил ошибку, разделив свое войско на четыре колонны, тогда как маньчжуры, армия которых была вполовину меньше китайской, при каждом столкновении с противником собирали силы в единый кулак. В результате маньчжуры в течение одной недели одержали серию блестящих побед. Только в одной битве китайцы потеряли 25 тысяч человек убитыми, а после другого поражения китайский главнокомандующий покончил жизнь самоубийством, подорвав себя при помощи пороха.

Результатом энергичного отпора со стороны маньчжуров стало массовое дезертирство из китайской армии. Кроме того, для компенсации затрат на неудачную кампанию правительство повысило налоги — даже несмотря на то, что император наконец согласился расстаться с запасами серебра, за которые он упорно держался. Здоровье его резко ухудшилось, и летом 1620 года он умер. Шэнь-цзун правил китайской империей сорок семь лет.