Экономические трудности, которые переживала страна, требовали повышения доходов казны и мер по сокращению расходов. К числу последних относилось сокращение норм довольствия гарнизона в Нанкине, что послужило причиной мятежа. В 1560 году разъяренные бунтовщики вытащили министра доходов из его кабинета и убили, а обнаженное тело повесили в качестве мишени для стрел. Налоговые поступления снижались из-за того, что большое количество возделываемой земли вывели из государственного реестра, а вновь осваиваемые земли не регистрировались. Как бы то ни было, экономика страны развивалась, а государство переживало трудности. Международная торговля, которая могла служить богатым источником налоговых поступлений, оставалась под запретом. Причиной этого запрета был страх перед иностранными шпионами и опасными союзами с влиятельными силами за рубежом. В результате восточное побережье страны на протяжении тысячи миль к югу от Нанкина жило контрабандой и пиратством.

Евнухи и коррумпированные чиновники портовых городов в большинстве своем нарушали запрет на международную торговлю, а богатые семьи снаряжали флотилии численностью в сотни судов, и начиная с 40-х годов XV века с Японией шла оживленная торговля. Из Японии также прибывали отряды бандитов, которые грабили прибрежные города даже к северу от Нанкина. Пиратство процветало и среди китайцев, и нередко торговцы совмещали легальное ремесло с пиратством и контрабандой. Стихийные бедствия, обрушившиеся на этот регион, вызвали поток беженцев, многие из которых присоединялись к пиратам. Бандиты захватывали даже укрепленные города и осмеливались отходить от побережья на большое расстояние. Имперские войска, отправленные против пиратов, время от времени добивались успеха — одна из карательных экспедиций привезла девятнадцать сотен голов. Однако в целом правительство не контролировало ситуацию вплоть до конца 60-х годов XVI века, когда большая правительственная армия постепенно уничтожила пиратов, а через несколько лет побережье официально открыли для морской торговли.

В годы затворничества, последовавшие за неудачной попыткой покушения на его жизнь, император, давно увлекавшийся алхимией и даосизмом, все свои решения принимал на основе пророчеств. Один из методов предсказания заключался в следующем: два медиума держали короткие лучи предмета в виде буквы Т, а длинный луч с торчащим из него острым стержнем помещался над блюдом с песком и чертил ответы на вопросы, которые записывались золотыми чернилами на темно-синей бумаге, а затем сжигались, чтобы дым мог подняться к даосскому божеству, которому они были адресованы. Главный даосский советник императора, некто Дао Чжун-Вэн, прописал императору пилюли, усиливающие сексуальное влечение и состоявшие преимущественно из красного свинца и белого мышьяка. Император уже не мог обойтись без пилюль и постепенно отравлял свой организм. Для достижения бессмертия Дао также рекомендовал сексуальные отношения с девственницами и в 1552 году отобрал для этой цели восемьсот девушек в возрасте от восьми до четырнадцати лет, а в 1555 году к ним добавились еще сто восемьдесят девственниц. Однако ничто не могло остановить действие эликсиров, разрушавших организм императора. Он страдал от бессонницы и резких перепадов настроения, мгновенно переходя от депрессии к ярости. С 1564 года евнухи клали персики — символ долголетия — в его постель, утверждая, что это дары бессмертных. Разум Ши-цзуна слабел, и когда состояние императора ухудшилось, его переселили из Дворца вечной жизни в Запретный город, где он и умер около полудня 23 января 1567 года. Так завершилось сорокачетырехлетнее правление, запомнившееся скорее странностями, чем достижениями.

Старший сын Ши-цзуна, которому исполнилось двадцать девять лет, взошел на трон под именем Му-цзун и девизом Лун-чян. Возможно, он был умственно отсталым, поскольку отличался неаккуратностью, плаксивостью и нерешительностью. В период своего правления, длившегося пять с половиной лет, он практически не вмешивался в управление страной, но государственный аппарат под началом компетентных министров был настолько эффективен, что империя наслаждалась спокойствием и процветанием.

В 1573 престол унаследовал его сын, император Шэнь-цзун (эпоха его правления получила девиз Ан-ли). Это был девятилетний мальчик, умный и преждевременно повзрослевший; влияние его матери, исповедовавшей буддизм, проявилось в том, что он ни разу не утвердил смертный приговор. Однако его правление отмечено усиливающимися противоречиями между монархом и чиновниками. В результате Шэнь-цзун превратился в настоящего затворника, нелюдимого и тучного, а правительство империи состояло из тех, кто сумел победить в бесконечной борьбе за власть.

Самым известным из этих людей был Чжан Чу-чжень. В первые десять лет он единолично создал эффективную систему управления по всей стране и установил строгий финансовый контроль, сочетавший экономию расходов и тщательный учет доходов. Например, несмотря на то что прошлые экономические трудности оставили страну без государственных резервов, Чжан Чу-чжень сумел накопить в хранилищах Пекина такое количество зерна, что его хватило на девять лет, а запасы серебра в казне составили несколько сотен тысяч фунтов; даже провинции не испытывали недостатка в средствах. Чжан Чу-чжень умер в 1582 году, и ни один из его преемников не мог похвастаться такими успехами.

В 1596 году в провинции были отправлены представители евнухов, чтобы наблюдать за сбором налогов с промышленного производства, торговли и добычи полезных ископаемых, что вызвало широкую волну возмущения среди чиновников на местах, особенно с учетом того, что евнухи часто набирали себе штат из бандитов и авантюристов. На этот раз ареной идеологической борьбы стало не только правительство, но и местные органы власти: ученые из академии Хань-линь вступили в противоборство с так называемой партией Дунлинь. Собственно, это была не партия, а просто группа лиц, исповедовавшая строгое следование принципам конфуцианства.

Именно эти принципы заставили их противиться желанию императора назначить престолонаследником сына любимой наложницы, который был младше сына императрицы. В этом ожесточенном споре победили строгие последователи Конфуция, что свидетельствовало об ограниченности власти императора. Сторонники партии Дунлинь — в 1603 году они основали академию с тем же названием — также принимали активное участие в инспектировании государственных служащих, которых в случае выявления нарушений безжалостно увольняли. Противоречия между сторонниками партии Дунлинь и ее противниками вылились в падение престижа государственной службы, которая тем не менее оставалась единственной — торговля считалась низменным занятием — областью деятельности для представителей высшего класса общества.

Даже все писатели этой эпохи состояли на государственной службе. Те, кто не обладал творческими способностями, просто предавались праздности, выставляя напоказ свое богатство. Большая часть этого богатства не вкладывалась в дело, а тратилась на дорогие редкости вроде слоновьих бивней или рогов носорога, а также на посуду из драгоценных металлов, которую затем закапывали в землю как клад. Сельское дворянство окружало свои паланкины огромным эскортом из слуг, а люди, купившие титул за деньги, ставили у своих домов флагштоки. Предметом зависти стали не достижения, а статус.