Орден активно защищал свои права, и одним из самых наглядных примеров этого были его взаимоотношения с Тевтонским орденом. В 1143 г. папа подчинил немецкий госпиталь в Иерусалиме ордену Святого Иоанна; его решение подтвердил папа Адриан IV. Однако госпитальеры, по-видимому, утратили над ним контроль к 1192 г., когда магистр Гарнье де Напль стал свидетелем принятия королевского указа, касавшегося, вероятно, образования независимого Германского ордена. Госпитальеры уступили часть земель этому ордену, но в дарственной грамоте ничего не говорилось об их юрисдикции. После 1195 г. этот новый орден обладал теми же самыми привилегиями на рынках Акры, что и тамплиеры с госпитальерами. Магистр Жоффруа де Донжон присутствовал на совете в Акре в 1198 г., на котором был образован Тевтонский орден. Для него был принят Устав, в котором были статьи, заимствованные из Устава тамплиеров и Устава госпитальеров, касавшиеся попечения над больными. Однако в 1229 г., движимые, возможно, раздражением из-за той поддержки, которую тевтонские рыцари оказали императору Фридриху II, госпитальеры обратились к папе и потребовали от него передать Тевтонский орден под их юрисдикцию. Папа Григорий IX, который находился в состоянии войны с Фридрихом II, поддержал их требования и повелел патриарху Иерусалимскому озаботиться вопросом передачи рыцарей-тевтонцев под юрисдикцию госпитальеров. К 1231 г. госпитальеры, по-видимому, временно отказались от своих претензий, поскольку намеревались доверить защиту своих сицилийских поместий немецким рыцарям. Однако в 1240 г. к забытому вопросу вернулись вновь, и от тевтонских рыцарей потребовали прислать своих представителей в Рим для защиты своих интересов. В марте 1241 г. папа поддержал Госпиталь; но к тому времени магистр Тевтонского ордена умер, и его представители не имели полномочий принимать окончательное решение. Папа решил, что дело должно быть заслушано вторично, однако его намерение не было реализовано, и к ноябрю госпитальеры совместно с князем Антиохии заключили с Тевтонским орденом соглашение. В 1258 г. между тремя духовно-рыцарскими орденами был заключен договор, и за госпитальерами было оставлено право добиваться юрисдикции над Тевтонским орденом.

Стремление госпитальеров перевести в свою юрисдикцию тевтонских рыцарей не было исключением. Подобная политика была характерна для больших корпораций Средневековья. В большинстве случаев настойчивые попытки ордена расширить круг своих привилегий и встречные обвинения в этом со стороны епископов приводили к необходимости рассмотрения спорных вопросов в арбитражном суде. Сохранившиеся до нашего времени документальные свидетельства дают нам наглядное представление о противостоянии независимого от епископской юрисдикции ордена и епископата Латинской Сирии.

В 1154 г. возник конфликт между Иерусалимской церковью, являвшейся выразителем настроений клира, и независимыми орденами, которые получали все новые и новые привилегии. Его непосредственной причиной могли быть действия папы Анастасия; в свою буллу Christiane fidei religio он внес дополнительные статьи, дававшие Госпиталю формальное право иметь клириков, которые подчинялись только папе, что значительно затруднило возможности епархиального епископа влиять на поставление священников. Однако Гийом Тирский дает другое объяснение, утверждая, что камнем преткновения стали вопросы взимания десятины и приходских прав. Жалобы патриарха, по мнению Гийома, имели много общего с претензиями, которые выдвигали Иоанн Солсберийский, Вальтер Мап и епископы на Третьем Латеранском соборе.

Госпитальеры разрешали участвовать в богослужении отлученным от церкви прихожанам; братья также могли соборовать их перед смертью и погребать. Во время интердикта они не запрещали в своих церквах колокольный звон. При поставлении священников к своей церкви, имевшей право патронажа, они не представляли и не сообщали об их назначении епископату. Они не платили положенные им десятины. Гийом Тирский справедливо заметил, что жалобы на все эти действия были характерны для всей Римско-католической церкви, но на Востоке существовали особые причины для недовольства, поскольку госпитальеры, видимо, все более ожесточаясь, едва ли не открыто оскорбляли патриарха Фульхерия Ангулемского. Они расширили пристройками свой госпиталь с намерением возвести даже более грандиозное сооружение, чем находившийся поблизости храм Гроба Господня. Когда патриарх проповедовал в храме, они столь громко звонили в колокола, что присутствовавшие на службе не могли услышать его речь. Фульхерий обратился к горожанам, но госпитальеры не обратили ни малейшего внимания на его жалобы. И однажды, ворвавшись в храм, выпустили тучу стрел, избрав в качестве мишени пещеру. Все они были собраны прихожанами и затем вывешены на Крестном пути. Булла папы Анастасия стала последней каплей, переполнившей чашу терпения; и Гийом Тирский, и Герхох Райхерсбергский сочли, что она полностью освободила госпитальеров от патриаршей власти. Гийом добавил, что многие монастыри и госпитали, следуя примеру ордена, также стали независимыми от епископской власти, что нанесло большой урон Иерусалимской кафедре. Патриарх, видя, что он не может воспользоваться правами, которые считал своими, решил обратиться непосредственно к папе. Несмотря на преклонный возраст, он отправился в Италию весной 1155 г. в сопровождении архиепископов Тира и Кесарии, епископов Акры, Сидона, Лидды, Севастии и Тиверии. Можно сказать, что это была внушительная свита.

Но, вероятно, она была не столь влиятельной. После тяжелого путешествия через охваченую войной Южную Италию посольство Фульхерия прибыло в Рим, но к тому времени новый папа Адриан IV отбыл в Ферентино. Когда наконец они прибыли к папскому двору, их ждало жестокое разочарование. Адриан IV холодно встретил патриарха и его епископов и открыто встал на сторону госпитальеров. Фульхерий прилагал все усилия, забрасывал папу просьбами и добивался поддержки кардиналов. Однако Адриан IV выехал из Ферентино в Беневенто, и патриарх, увидев, что его дело безнадежно, вернулся на Святую землю. Трудно объяснить подобный прием. Адриану IV явно не нравился не ограниченный ничем выход духовно-рыцарских орденов из-под власти епископата, и он предпринимал шаги по его ограничению. Но его тревожил вопрос взаимоотношений с западным миром и норманнами. И возможно, у него не было времени или желания выслушивать подобного рода жалобы, даже если к нему приходили с ними важные церковные деятели. Высказывалось мнение, что целью патриаршего визита была отмена буллы 1154 г. Этого папство принять не могло; и Адриан IV продлил действие буллы в январе 1155 г. для магистра Раймонда дю Пюи, который по делам ордена мог быть в Италии в то же самое время, что и патриарх. Гийом Тирский сообщал о серьезных обвинениях во взяточничестве, и не только до него одного дошли эти слухи. Герхох Райхерсбергский писал, что Адриан IV получил 3 тысячи марок из чистого серебра в обмен на то, чтобы орден был подотчетен только Святому престолу. Это сложно принять за действительный факт. Все, что известно о характере Адриана IV, говорит против этого. Но то, что подобного рода слухи распространялись по всему христианскому миру, говорит о симпатии западного клира к патриарху.

Что бы ни происходило при папском дворе, церковь на Востоке и Госпиталь были вынуждены сосуществовать. После большого диспута в 1154–1155 гг. отношения вернулись в прежнее русло. И возможно, именно после своего возвращения патриарх Фульхерий помог решить земельный спор между госпитальерами и канониками храма Гроба Господня. Тем не менее автономия ордена продолжала быть источником раздражения для последующих патриархов. Когда Жильбер д’Эссайи в 1170 г. отказался от должности магистра, патриарх Амори де Несле заявил о своем праве подвергнуть его отлучению, но против этого выступили братья ордена Святого Иоанна. В 1200 г. папа Иннокентий III издал буллу Cum dilecti filii. Папа адресовал ее патриархам Антиохии и Иерусалима, своим викарным епископам и клирикам. Он велел им любую жалобу на госпитальеров направлять ему в Рим, но строго запретил отлучать братьев. Причины издания буллы неизвестны. Вероятно, папа, услышав требования обоих патриархов вернуть им их законные права, решил противостоять этому.