На Третьем Латеранском соборе были представители от государств крестоносцев. Их возглавил Гийом Тирский, один из самых последовательных критиков орденов, и опыт иерархов Латинского Востока, полученный в результате общения с орденскими братьями, должно быть, дополнил опыт европейских епископов. Хотя условия в Латинской Сирии отличались от таковых на Западе, та же самая проблема – реакция клириков на привилегии госпитальеров – порождала трудности во взаимоотношениях двух общественных институтов, от которых в большой степени зависел вопрос выживания латинских поселений. Госпитальерам и епископату приходилось сосуществовать, и на низовом уровне их отношения были вполне мирными. Зачастую расхождения между ними объяснялись взаимным непониманием и расхождениями в толковании того или иного вопроса; и в интересах обеих сторон было интерпретировать его в наиболее оптимистическом свете. Именно это характеризовало их взаимоотношения в Латинской Сирии.

Духовно-рыцарские ордена были представителями папства в Латинской Сирии. Высказывалось мнение, что Рим намеревался при их помощи добиться консолидации церкви вокруг единого центра. Это были своего рода каналы, по которым папские субвенции поступали в Святую землю, а в Европу поступала в обратном направлении информация о происходивших там событиях. Папы также часто использовали их в качестве посредников при решении внутренних проблем Латинской Сирии. По мере того как ослабевала светская власть на Святой земле, власть орденов только укреплялась. Папы никогда не шли против их интересов, но явно поощряли их действия. Это благосклонное расположение Святого престола влияло на взаимоотношения госпитальеров с епископатом Латинской Сирии. После 1154 г. иерусалимский патриарх вряд ли имел на них большее влияние, чем обычный митрополит. Гийом Тирский сообщал, что, когда они невероятно разбогатели, папа освободил их от «твердой властной руки Господина Патриарха». И Герхох Рейхербергский еще ранее и более убедительно писал об этом. В 1256 г. папа Александр IV, выдвинув кандидатуру патриарха в качестве апостолического легата при госпитальерах, призвал их соблюдать его наставления и распоряжения, «несмотря на данные Святым престолом вам и вашим слугам, как всему ордену, так и его отдельным представителям, обещания не налагать на орден интердикт и не отлучать от церкви».

Добрые отношения между епископатом и Госпиталем были необходимы для благополучного существования небольших франкских поселений, и вначале епископы оказывали всевозможную помощь ордену. Первый латинский патриарх Антиохии передал им несколько участков земли в городе поблизости от Госпиталя для строительства конюшен. Первые епископы Рафании подарили несколько сельских хозяйств (casalia) в своем диоцезе. В 1112 г. король Балдуин I утвердил за орденом право владеть своей недвижимостью в присутствии патриарха и каноников Иерусалима, датировав законодательный акт днем восшествия на престол патриарха. В 1118 г. архиепископ Апамеи утвердил все пожалования, сделанные ордену графом Триполи и его вассалами. Замок и сеньория Маргат были переданы ордену в 1186 г. по настоянию патриарха Антиохийского и епископа Валении. В начале XIII в. патриарх отдал на хранение в антиохийский Госпиталь свои драгоценности. Епископ Тортосы занял у ордена 1500 сарацинских безантов в 1215 г., патриарх Иерусалима – 150 унций золота в 1256 г.

Орден осуществлял патронаж над церквями на Востоке с самого начала своего существования. Священник-госпитальер уже в 1134 г., вероятно, мог иметь свой приход. Вначале епископы не имели ничего против этого. В 1115 г. епископ Триполи передал Госпиталю приходскую церковь, а также еще несколько церквей, для которых орден мог поставлять своих священников при условии, что они будут находиться в его подчинении. В 1134 г. патриарх Антиохийский передал магистру приходскую церковь. В 1141 г. патриарх Иерусалимский одобрил передачу земельных участков в Эммаусе в дар ордену. Храм Гроба Господня получал половину десятины с этих земель, но «братья Госпиталя забирали себе все прочие доходы для содержания церквей и часовен, в которых они имеют право совершать евхаристию и проводить венчания, обряды очищения, совершать исповеди и устраивать визитации; к тому же эти церкви могут иметь баптистерии и кладбища». В 1143 г. патриарх Иерусалима передал ордену церковь и землю в местности Акелдама, «где предавали земле тела скончавшихся пилигримов». Монастырь Святого Георгия в Бетгибелине перешел в руки госпитальеров к 1173 г.; и в 1186 г. они приобрели женский монастырь Святой Девы Марии дю Фер и мужские монастыри Мон-Парлье и Святого Георгия. В 1200 г. епископ Акры передал ордену кладбище, расположенное у стен города, и дал разрешение возвести часовню, где можно было проводить богослужение в любое время.

Епископы в латинских поселениях вначале добровольно освобождали Госпиталь от уплаты десятины. Высказывалось мнение, что госпитальеры до 1135 г. не пользовались привилегией, освобождавшей их от власти епископата. Однако частные пожертвования епископов и мирян в виде передачи им десятины совсем не означали, что орден полностью освобождается от ее уплаты. Это была просто передача собственности от дарителя; часть десятины продолжала ему уплачиваться. Поэтому госпитальеры не могли воспользоваться в полной мере этой привилегией в Латинской Сирии, где у них были небольшие земельные владения. Для того чтобы орден мог пользоваться своими правами, теми же, что и в Европе, требовалось получить разрешительную грамоту от епископа. Так, в 1112 г., еще до опубликования буллы Pie postulation voluntatis, патриарх Иерусалимский освободил орден от уплаты ему десятины во всем патриархате; и архиерископ Кесарийский в том же году последовал его примеру. В 1115 г. епископ Триполи освободил орден от выплаты десятины, так же поступили епископы Рафании в начале столетия, а в 1125 г. – епископ Назарета.

Однако начиная с 1130-х гг. епископы начинают уже не столь явно проявлять свою щедрость, и документы, касающиеся привилегий в вопросе уплаты десятины, свидетельствуют, что все предоставленные льготы были следствием сделок. В 1135 г. епископ Акры освободил братьев от уплаты десятины, выставив условием прекращение ими строительства, которое они вели поблизости от его кафедрального собора. К 1150 г. в Назарете была учреждена архиепископская кафедра, и потребовалось новое соглашение об уплате десятины, из которого была исключена кафедра Тиверии, из юрисдикции которой братьям не позволили выйти. В 1181 г. архиепископ Керака в Моаве пришел к соглашению с магистром об уплате десятины в своем диоцезе. Орден освобождался от ее уплаты в обмен на выплату ренты в 40 безантов в год. В 1203 г. госпитальеры согласились платить епископу Лимасола 120 сарацинских безантов в год взамен десятины; в конце 1220-х гг. они безуспешно пытались избавиться от взятого на себя обязательства. В 1226 г. командор Антиохии дал согласие архиепископу Мамисты выплачивать десятину с земель, обрабатываемых его крестьянами; вероятно, орден не имел в данной области своих земель. Вопрос десятины был явно предметом споров. В 1277 г. епископ Триполи отказался от своего права на десятину с земель в окрестностях Триполи в обмен на ежегодную выплату Госпиталем 60 золотых безантов. Епископы и госпитальеры должны были со временем пересматривать свои соглашения в связи с изменявшимися обстоятельствами. Сохранившаяся документация свидетельствует, что окончательные договоренности были результатом трудных переговоров. Все происходило привычным образом; орден предпринимал попытку добиться новой привилегии или расширить действие старой, епископат выдвигал свои возражения, и компромисс часто достигался при помощи арбитража.