В тяжелые октябрьские дни 1941 года Генштаб был эвакуирован из Москвы. Б.М. Шапошников с частью его состава налаживал в тылу запасный пункт управления. В Москве в распоряжении Верховного Главнокомандующего оставалась небольшая оперативная группа. Трудно переоценить то колоссальное напряжение воли, ума, всех способностей, которые проявили Борис Михайлович и его воспитанники в эти тяжелые для страны месяцы. К началу контрнаступления под Москвой Генеральный штаб, несмотря на весьма сложную обстановку, выполнил возложенные на него задачи.

В годы суровых испытаний, выпавших на долю Советского государства, Б.М. Шапошников оправдал оказанное ему доверие. Он отдал Родине все свои знания и опыт, накопленные более чем за сорок лет военной службы, внес большой вклад в достижение победы над врагом. Именно в этот период его деятельности завершается превращение Генерального штаба в подлинный мозг Советских Вооруженных Сил.

Напряженная работа в Генеральном штабе, часто без отдыха, не могла не сказаться на здоровье Бориса Михайловича: оно резко ухудшилось. Болезнь обострялась, и в мае 1942 года Борис Михайлович обратился в Государственный Комитет Обороны (ГКО) с просьбой перевести его на другой участок работы. Просьба была удовлетворена. ГКО возложил на него, как на заместителя Народного комиссара обороны, обязанность: в меру своих сил оказывать содействие коллективам профессоров и преподавателей Высшей военной академии и Военной академии имени М.В. Фрунзе, руководить работой по составлению истории Великой Отечественной войны. Ему было поручено также организовать пересмотр старых и руководство разработкой новых боевых уставов и наставлений Красной Армии, обобщив в них боевой опыт войны. ГКО обязывал Б.М. Шапошникова посвящать работе не более пяти-шести часов в сутки. И на этом посту Б.М. Шапошников оставался верен себе. Работал много. Комиссия, которую он возглавлял, в короткий срок рассмотрела проекты нового Боевого устава пехоты, Полевого устава, боевых уставов родов войск.

По предложению Б.М. Шапошникова в Генеральном штабе в 1942 году был создан специальный отдел, который обобщал опыт войны и заботился о том, чтобы он полнее использовался в войсках. Этот отдел был развернут в управление. Совместно с Военно-историческим отделом Генерального штаба это управление заложило основу научной разработки истории Великой Отечественной войны.

В сентябре 1942 года Борис Михайлович рассмотрел подготовленные Военно-историческим отделом материалы, обобщавшие зимние наступательные операции, проведенные Красной Армией в 1941 году. Он сделал обстоятельные замечания и рекомендовал более глубоко исследовать боевые действия зимой, сделать четкие выводы и выработать практические рекомендации для войск. Б.М. Шапошников обратил внимание Военно-исторического отдела на необходимость освещения боевых действий Красной Армии с начала войны и до середины октября 1941 года. За этот период, указывал он, много оперативных и иных документов не сохранилось — они были уничтожены отходившими частями и штабами, между тем этот период насыщен большим числом примеров героических действий наших войск при отходе из окружения под ударами превосходящих сил противника. История не может пройти мимо этих примеров массового героизма советских воинов.

Под редакцией Бориса Михайловича в это время опубликован ряд сборников, в которых освещены важнейшие операции Великой Отечественной войны. Под его же непосредственным руководством и при прямом участии был создан трехтомный труд о битве под Москвой. Это была, по существу, первая монография по истории Великой Отечественной войны.

Кроме капитальных работ Военно-исторического отдела и Управления по использованию опыта войны Б.М.Шапошников просматривал различные статьи и предложения, которые ему присылали на консультацию партийные и правительственные органы. Он знакомился с работой военных архивных учреждений, давал ценные советы о сборе и порядке хранения документальных материалов.

В октябре 1942 года Борису Михайловичу было поручено возглавить редакцию по подготовке Краткого курса истории войн и военного искусства. (Напомним, что работа над этой книгой началась раньше.) В состав авторов были включены опытные работники Военно-исторического отдела Генерального штаба. К середине марта 1943 года рукопись Краткого курса истории войн и военного искусства была закончена и представлена Б.М. Шапошникову. Изучив ее, Борис Михайлович в мае того же года высказал свои замечания, советы. Он считал, что осветить многогранные проблемы и опыт военной истории в одной книге, видимо, невозможно.

С 25 июня 1943 года по 26 марта 1945 года Б.М. Шапошников является начальником Высшей военной академии (ныне Военная академия Генерального штаба). И здесь, будучи уже тяжело больным, он не прекращал большой организационной и военно-теоретической работы, заботливо воспитывал офицеров и генералов, способных к оперативной работе в штабах и командованию крупными соединениями и объединениями войск. В жесткие сроки академия подготовила не одну сотню высококвалифицированных генштабистов и военачальников, проявивших высокие боевые и моральные качества на фронтах Великой Отечественной войны.

Борис Михайлович страстно любил жизнь. Он был неутомимым тружеником. Без работы на благо Родины он не мыслил своего существования. Буквально за несколько часов до смерти, почувствовав временное улучшение, он строил планы дальнейшего развертывания работы по обобщению опыта Великой Отечественной войны и внедрению его в практику подготовки войск.

Жизнь, полководческая деятельность и военно-теоретическое наследие Маршала Советского Союза Б.М. Шапошникова — яркие страницы советской военной истории, которые учат верности делу Коммунистической партии и самоотверженности в служении социалистической Родине.

Военно-теоретическая работа Б.М. Шапошникова, тесно связанная с его практической деятельностью, охватывала большой круг проблем. Заслуживают внимания его взгляды на характер Второй мировой войны, на задачи дальнейшего укрепления Советских Вооруженных Сил, его суждения о роли и значении органов стратегического и оперативного руководства в мирное и военное время. Большую ценность представляют его высказывания и о методике подготовки штабов и командных кадров.

Научный интерес и ценность публикуемых воспоминаний и фрагментов из труда «Мозг армии» Б.М. Шапошникова бесспорны. Они помогут читателю лучше понять обстановку, в которой начиналось обобщение опыта Гражданской войны, познакомят с первыми военно-теоретическими исследованиями, появившимися после военной реформы 1924–1925 годов.

Следует, конечно, иметь в виду, что со времени опубликования работ Б.М. Шапошникова минуло много лет. За это время прошла Вторая мировая война, в военной технике и военном искусстве произошли крупные изменения, появилось мощное ракетно-ядерное оружие, в корне изменившее взгляды на ведение военных действий. Многие проблемы, волновавшие военные кадры в двадцатые и тридцатые годы, сейчас разрешены и представляют только исторический интерес. Но вместе с тем и ныне ряд положений, выдвинутых Б.М. Шапошниковым, не потерял своего практического значения. К ним следует отнести многие проблемы оперативного искусства и стратегии, взгляды на роль и организационную структуру Верховного Командования, разработанную им методику боевой и оперативной подготовки и многое другое. Главное же, что будет интересно и ценно в публикуемых трудах для современного читателя, особенно военного, — это знакомство с творческой и пытливой мыслью Б.М. Шапошникова, с его организаторской и военно-теоретической деятельностью, неотделимой от истории побед Советских Вооруженных Сил.