После повторного двухгодичного командования Ленинградским военным округом Б.М. Шапошников весной 1937 года выдвинут на должность начальника Генерального штаба Красной Армии (до весны 1937 года Генштаб возглавлял А.И. Егоров). Заместителем начальника Генштаба был назначен К.А. Мерецков.

Совет Народных Комиссаров СССР 13 марта 1938 года принял постановление об образовании Главного Военного совета (до этого существовал Военный совет при наркоме обороны). В составе Главного Военного совета находился начальник Генерального штаба Б.М. Шапошников. Он получил возможность непосредственно влиять на принятие важнейших решений по вопросам военного строительства. В работе Главного Военного совета участие принимал И.В. Сталин, входивший в его состав. Члены Главного Военного совета прислушивались к предложениям Б.М. Шапошникова, высоко оценивали его глубоко научный и деловой подход к сложным проблемам, связанным с дальнейшим укреплением военной мощи нашего государства.

Б.М. Шапошников считал, что без слаженной и четкой работы штабов всех степеней не может быть достигнуто успешное руководство подготовкой войск в мирное время и управление боем в период войны. По мнению Бориса Михайловича, необходимо было повысить внимание командного состава всех степеней к организации штабной службы, внедрить в их сознание мысль о том, что штаб в целом, его начальник и военный комиссар, так же как и командир и комиссар соединения, части, несут полную и персональную ответственность за организацию и исход боя. В качестве практических мер он предложил, чтобы все приказы подписывались вместе с соответствующими командирами, комиссарами и начальниками штабов и чтобы они несли ответственность за содержание и исполнение приказов. Начальник штаба, отмечал Борис Михайлович, должен чувствовать себя первым заместителем командира как в мирное, так и в военное время, его службу следует приравнять к строевой со всеми вытекающими из этого преимуществами.

Важно отметить, что по инициативе Б.М. Шапошникова Главный Военный совет рассмотрел и утвердил предложенные Борисом Михайловичем мероприятия по реорганизации оперативно-штабной службы и узаконил эти мероприятия специальным постановлением.

Служба в Генеральном штабе чрезвычайно ответственна и напряженна. Она требует от его работников, и особенно от руководителя, таких качеств, как отличное знание военного дела, широкая эрудиция, огромное трудолюбие и высокое чувство ответственности. Б.М. Шапошников обладал всеми этими качествами. Опыт оперативно-штабной работы в годы Первой мировой и Гражданской войн, практика командования войсками трех военных округов, детальное знание структуры и функций центрального военного аппарата и, наконец, высокий деловой авторитет у руководителей Коммунистической партии и советского правительства позволили Борису Михайловичу сделать Генеральный штаб подлинным центром планирования боевой и оперативной подготовки Красной Армии. Для работы в Генеральном штабе Б.М. Шапошников подобрал лучших из числа окончивших военные академии, зарекомендовавших себя способными, грамотными и инициативными начальниками в войсках. Несмотря на относительную малочисленность работников Генштаба, он успешно справлялся со своими нелегкими задачами. Предложения и планы, исходившие из Генерального штаба, отличались реальностью, дальновидностью и всесторонней обоснованностью.

Большое влияние на формирование качеств работников Генерального штаба оказывал и личный пример Б.М. Шапошникова. Его вежливость в отношениях с подчиненными, скромность и большой такт во взаимоотношениях с ответственными работниками центральных и главных управлений Наркомата обороны, дисциплинированность и предельная исполнительность при решении задач, поставленных партией и правительством, — все это воспитывало у работавших вместе с ним людей чувство ответственности, исполнительность и высокую культуру личного поведения. В безупречном, инициативном и своевременном выполнении заданий партии и правительства по укреплению обороноспособности страны видел он свою главную обязанность и смысл существования Генерального штаба. Все это, вместе взятое, создавало тот непередаваемый словами дух сплоченности, который отличал все коллективы, руководимые Б.М. Шапошниковым.

Борис Михайлович принимал участие в работе советской военной делегации на переговорах с военными делегациями Франции и Англии. Эти переговоры проходили в августе 1939 года. Их участники обсуждали вопросы координации действий армий трех государств — Советского Союза, Англии, Франции — в случае возникновения агрессии в Европе. Представители английских и французских армий, излагая на переговорах планы своих стран, ограничивались общими, нередко очень туманными рассуждениями. Их планы фактически не были рассчитаны на военное сотрудничество с СССР.

Что касается плана советской военной делегации, то он был тщательно продуман, четок, обстоятельно аргументирован. По поручению советского правительства этот план участникам переговоров представил Б.М. Шапошников. Он изложил три варианта возможных совместных действий Красной Армии и вооруженных сил Англии и Франции в случае, если в Европе начнутся агрессивные действия против стран — участниц переговоров.

Начальник Генерального штаба РККА заявил на переговорах, что на своей западной границе Советский Союз может выставить против агрессоров 120 пехотных и 16 кавалерийских дивизий, 5 тысяч тяжелых гаубиц и пушек, 9—10 тысяч танков, 5–5,5 тысячи боевых самолетов[7].

В первом варианте действий, предложенном на переговорах Б.М. Шапошниковым, указывалось, что если агрессор нападет на Англию и Францию, то Советский Союз для совместного отражения агрессии выставит армию, равную 70 процентам тех сил, которые выставят против того же агрессора Англия и Франция. Этот вариант предусматривал и совместные действия союзных военно-морских флотов против агрессора в Балтийском, Баренцевом и Норвежском морях.

Во втором варианте указывалось, что если агрессор нападет на Польшу и Румынию — союзников Англии и Франции, то Советский Союз выставит против агрессора армию, равную тем вооруженным силам, которые выставят Англия и Франция, вместе взятые. Участие Советского Союза в войне против фашистской Германии обусловливалось немедленным объявлением Англией и Францией войны Германии. Предусматривались также действия советского Черноморского флота, направленные на то, чтобы воспретить проход вражеских кораблей через проливы в Черное море.

Наконец, третий вариант предусматривал совместные действия против агрессора в том случае, если с территории Финляндии, Эстонии и Латвии агрессор нанесет свои удары по Советскому Союзу. В этом случае Англия, Франция и связанная с ними договорами Польша должны были немедленно вступить в войну против агрессора, выставить 70 процентов тех вооруженных сил, которые выставит Советский Союз.

Все три варианта, предложенные Советским Союзом, характеризовались детальной разработкой, обоснованностью, смелостью замыслов, служили образцом четкого военного планирования и позволяли надеяться на успешность отражения агрессии фашистской Германии.