30 июня 2016 года – в четвертьфинале Евро лучшей становится Португалия. Несмотря на то, что в этом чемпионате поляки снова открыли счет, а Роберт наконец преодолел груз ответственности, забив гол уже на второй минуте. Это был его первый гол за сборную в 2016 году, первый после семи матчей ожидания. Португальцы сравнивают счет после гола Рената Саншеша на 33-й минуте. В серии пенальти совершил ошибку один из героев турнира в польской сборной, Якуб Блащиковский.

Именно Португалия сыграла в полуфинале с Уэльсом, ослабленным отсутствием Аарона Рэмзи, вышла в финал и стала победителем турнира.

14 августа 2016 года – после прихода Анчелотти «Бавария» завоевала Суперкубок Германии, победив со счетом 2:0 дортмундскую «Боруссию». Это второй Суперкубок Германии в карьере Левандовского, первый в «Баварии».

декабря 2016 года – в матче с «Майнцем» (3:1) Роберт забивает гол со штрафного удара, впервые в составе «Баварии». Он долгое время отрабатывал штрафные, и Карло Анчелотти, отметив это на тренировках, поручил ему исполнять штрафные в игре. Стандартные положения становятся его новой специализацией.

6 декабря 2016 года – снова забивает со штрафного, на этот раз в матче с «Атлетико» в Лиге чемпионов. После этого гола он засовывает мяч под футболку, большой палец в рот и объявляет, что ждет с Анной ребенка.

12 декабря 2016 года – «Кабаре» – такой язвительный комментарий написал Роберт в «Твиттере» после объявления результатов плебисцита «France Football» за 2016 год. Через год после занятия четвертого места в классификации «Золотого мяча» Левандовский опустился на 16-е место, пропустив вперед Джейми Варди, Рияда Махреза и Пьера-Эмерика Обамеянга.

13 декабря 2016 года – после долгих переговоров продлевает контракт с «Баварией» до 2021 года, став наиболее высокооплачиваемым футболистом бундеслиги.

8 апреля 2017 года – «Бавария» легко побеждает «Боруссию» со счетом 4:1 в бундеслиге, Левандовский забивает со штрафного и с пенальти, но этот матч становится началом его проблем: в результате фола вратаря «Боруссии», после которого назначается пенальти, Роберт получает травму плеча. Бьет пенальти, но вскоре после этого уходит с поля. Травма оказывается серьезнее, чем предполагалось изначально, и он пропускает первый четвертьфинал Лиги чемпионов с мадридским «Реалом», «Бавария» выигрывает 2:1, но голов могло быть больше: в отсутствие Левандовского пенальти бьет Артуро Видаль и не забивает.

18 апреля 2017 года – «Бавария» в ответном матче четвертьфинала проигрывает в дополнительное время «Реалу» со счетом 2:4 и выбывает из Лиги чемпионов. Роберт забивает на «Сантьяго Бернабеу», всего в ЛЧ сезона 2016/17 он забил 8 голов.

29 апреля 2017 года – «Бавария» выигрывает 6:0 в матче с «Вольфсбургом» и в пятый раз подряд становится чемпионом Германии. Левандовский снова забивает 30 голов в бундеслиге. Но он испытывает разочарование после сезона: «Бавария» покинула Лигу чемпионов в четвертьфинале, не дошла до финала Кубка Германии, a 30 голов не хватило Роберту для титула лучшего бомбардира. На один гол больше забил Пьер-Эмерик Обамеянг.

5 августа 2017 года – в третий раз в карьере завоевывает Суперкубок Германии, «Бавария» побеждает «Боруссию» после серии пенальти (основное и дополнительное время завершилось с ничейным счетом 2:2), один гол для «Баварии» забивает Роберт.

9 сентября 2017 года – журнал «Шпигель» публикует интервью с Робертом, самое интересное за все время игры в Германии. Поляк, в частности, рассказал в этом интервью о своих проблемах с мотивацией в менее важных матчах «Баварии», о причинах отставания бундеслиги от английской и испанской лиг, рекомендовал «Баварии» бороться за известных футболистов на рынке трансферов. Интервью вызвало противоречивые комментарии, но председатель «Баварии» Ули Хёнесс развеял сомнения: у каждого есть право на свое мнение, наказания для Робертa не будет.

27 сентября 2017 года – «Бавария» проигрывает 0:3 в Париже в групповом этапе Лиги чемпионов команде «Пари Сен-Жермен». На следующий день увольняют Карло Анчелотти. На один матч дольше задержался его ассистент Вилли Саньоль, а затем, до конца сезона – на время поисков нового тренера, – команду возглавил Юпп Хайнкес – тренер, который ушел из «Баварии» в 2013 году, после победы в Лиге чемпионов и завоевания единственной в истории клуба «тройной короны». Возвращение Хайнкесa преобразило «Баварию». Проблемы в бундеслиге ушли в прошлое, чемпион не только быстро наверстал потери, но и добился в турнирной таблице такого значительного преимущества над соперниками, что задолго до конца сезона мог быть уверен в завоевании шестого звания чемпиона подряд. Столь же впечатляющими были результаты Хайнкесa в Лиге чемпионов: с тех пор как он возглавил команду, «Бавария» там только побеждала. К моменту сдачи книги в печать это была серия из семи побед подряд: от группового матча с «Селтиком» из Глазго до выездного матча с «Севильей» в первом четвертьфинальном матче.

5 октября 2017 года – Польша побеждает Армению со счетом 6:1 в отборочном матче чемпионата мира 2018 года в Ереване. Роберт забивает три гола и становится рекордсменом польской сборной по количеству забитых мячей (после матча с Арменией на его счету их было 50). Прежний рекордсмен, Влодзимеж Любаньский, забил 48 голов.

8 октября 2017 года – Польша попадает на чемпионат мира – 2018, победив Черногорию со счетом 4:2. Левандовский забивает в этом матче свой 16-й гол в отборочных этапах и становится лучшим бомбардиром этого турнира. В декабре в жеребьевке групп Польша попадает в группу H с Колумбией, Сенегалом и Японией.

22 ноября 2017 года – после гола, забитого «Андерлехту» из Брюсселя в выигранном со счетом 2:1 матче в Лиге чемпионов, Роберт впервые в карьере достигает показателя 50 голов в течение календарного года.

7 декабря 2017 года – Левандовский занимает 9-е место в опросе «France Football». Ранее в опросе «FIFA The Best» он был на 16-м месте.

1 мая 2018 года – «Бавария» выбывает в полуфинале из Лиги чемпионов после поражения от мадридского «Реала» со счетом 1:2 на своем поле и ответного матча с ничейным счетом 2:2. Роберт заканчивает Лигу чемпионов с огромным разочарованием: он не забивал в пяти весенних матчах подряд (в ответном матче со стамбульским «Бешикташем» в 1/8 финала, в двух матчах с «Севильей» – в четвертьфинале и в полуфинале). За весь сезон он забил пять мячей в еврокубках, меньше, чем в первом сезоне в составе «Боруссии» в Лиге чемпионов. Еще до выхода в полуфинал Лиги чемпионов «Бавария» обеспечила себе титул чемпиона Германии и вышла в финал Кубка Германии (финальный матч с франкфуртским «Айнтрахтом» состоялся уже после сдачи книги в печать). Роберт в третий раз за свою карьеру завоевал титул лучшего бомбардира бундеслиги.