Александр I дал задание начальнику воинской полиции выяснить истинные причины визита француза. С момента появления Нарбонна в ставке тот был буквально окружен агентами контрразведки, которые выступали в роли камердинеров, кучеров и лакеев. Благодаря «неусыпному» наблюдению за Нарбонном и его свитой было установлено, что дипломат прибыл с целью выяснить численность, состав и боевой дух русской армии, однако из-за деятельности контрразведчиков эта миссия провалилась.

Результаты работы Высшей военной полиции зависели от качества завербованной агентуры. Агенты контрразведки вербовались как из числа военнослужащих русской армии, так и из гражданских лиц. На оставленных русской армией территориях контрразведкой создавались агентурные группы, занимавшиеся добыванием военных сведений и помощью партизанам. Основную массу таких агентов составляли торговцы и ремесленники из местных евреев, которые не вызывали подозрений у иностранных солдат. Их деятельностью были охвачены районы Могилева, Полоцка, Белостока и Риги, так что армия Бонапарта и ее тылы постоянно находились под наблюдением работников Высшей полиции.

При вербовке агентуры особое внимание уделялось оплате услуг агентов. Рекомендации М.Б. Барклая-де-Толли на этот счет были следующими: «В жаловании и плате лазутчикам, должно быть принято правилом, не давать им ни слишком мало, ни слишком много; ибо в первом случае могут они сделаться двусторонними или неприятельскими шпионами; а во втором, обогатясь слишком скоро, отстать неожиданно в самое нужное время, …а за важные сведения должно платить щедро».

Кроме выявления и задержания шпионов, контрразведчики должны были захватывать «языков», допрашивать пленных и перехватывать французскую корреспонденцию. Несмотря на либеральность российского законодательства, задержанных в 1812 году наполеоновских разведчиков в большинстве своем контрразведчики расстреливали. Сурово они обращались и с расхитителями военного имущества. Отчасти поэтому за все время войны не было ни одного крупного коррупционного скандала, связанного с расхищением материальной части русских войск. После окончания войны с Наполеоном обстановка в западных районах была тревожной, поэтому в 1815 году на базе упраздненной Высшей военной полиции 1-й Западной армии было создано отделение Высшей военно-секретной полиции с центром в Варшаве. В обязанности этой структуры входило ведение разведки и внешней контрразведки в Австрии и Пруссии, сбор военной и политической информации об этих странах, «содержание агентов во многих городах за границею и в Королевстве Польском». В ее компетенцию входили также военная контрразведка в армии, политический сыск, а также борьба с контрабандистами, фальшивомонетчиками и религиозными сектами.

Высшая военно-секретная полиция имела разветвленную сеть резидентур. Для выполнения отдельных поручений привлекались армейские и жандармские офицеры, фельдъегеря, гражданские чиновники. Командиры воинских частей, расквартированных в западных губерниях Российской империи, также имели свою агентуру, выполнявшую задания Высшей военно-секретной полиции. Круг интересов Высшей военно-секретной полиции виден из инструкции «О предметах наблюдения для тайной полиции в армии», действующей летом 1821 года во 2-й Южной армии:«…Не существует ли между некоторыми офицерами особой сходки, под названием клуба, ложи и прочего? Вообще, какой дух в полках и нет ли суждений о делах политических и правительства?…Какие учебные заведения в полковых, ротных или эскадронных штабах; учреждены ли ланкастерские школы, какие в оных таблицы: печатания или писанные и если писаные, то не имеют ли правил непозволительных?»

В целом работа Высшей военно-секретной полиции была эффективной, однако она не смогла предотвратить антироссийские выступления, в частности Польское восстание 1830 года великому князю Константину Павловичу, едва избежав гибели, с большим трудом удалось отступить из Польши и отвести русские войска в пределы Российской империи. Очевидно, это обстоятельство и привело к упразднению Высшей военно-секретной полиции в 1831 году. Высшую военно-секретную полицию заменило Разведочное отделение Главного управления Генерального штаба, основным направлением деятельности которого стала организация наблюдения за сотрудниками иностранных дипломатических миссий, а также российскими гражданами, подозреваемыми в шпионаже. Серьезным недостатком этой структуры, как и ее предшественницы, было то, что она не имела массовой агентуры среди личного состава армии.

В последнее десятилетие существования Российской империи власти, по существу, блокировали активность Департамента полиции и военной контрразведки. Николай II запретил ведение агентурной работы в армии и на флоте, считая достаточным общий надзор командного состава. Он полагал, что офицерский корпус имеет иммунитет от любой антиправительственной пропаганды и способен защитить рядовых и унтер-офицеров от влияния смутьянов. Устанавливать оперативное наблюдение за офицерами разрешалось лишь в исключительных случаях с разрешения генерал-квартирмейстера. Таким образом, в Российской армии фактически не было военной контрразведки в современном ее понимании, что и послужило в дальнейшем одной из причин развала страны и захвата власти большевиками.

Волнения в армии, наиболее яркими проявлениями которых стали вооруженные восстания на крейсере «Очаков» и броненосце «Потемкин», заставили Николая II пойти на уступки и разрешить деятельность жандармов в армии. 15 сентября 1906 г. П.А. Столыпин распорядился учредить в воинских частях внутреннюю агентуру. Однако еще до этого распоряжения Стольпшна для пресечения революционной пропаганды в частях жандармы привлекали в качестве осведомителей солдат.

Выявлением политических противников режима в армии занимался Департамент полиции, сотрудники которого в своих донесениях часто указывали на невозможность выявления агитаторов в местах, находящихся «в исключительном ведении военного командования», то есть в казармах и военных лагерях. Большинство офицеров Российской армии негативно относились к деятельности жандармов и не оказывали им помощи. Сведения о работе антиправительственных групп и организаций среди солдат и матросов охранка получала по-разному. Наиболее ценной считалась информация, полученная от осведомителей, внедренных в эти организации. Особенно активно полиция внедряла агентов в эсеровские военные группы. Доносы провокаторов позволили довольно быстро подавить выступление матросов в Кронштадте в 1906 году. Попытки эсеров поднять восстание солдат и матросов в Севастополе в сентябре 1907 года также были подавлены по информации провокатора, предупредившего жандармов. Секретные агенты в эсеровских организациях помогли командованию подготовиться и к подавлению восстания в Свеаборге.

Однако руководство Департамента полиции сдерживало своих сотрудников от активных действий в воинских частях и, по существу, запрещало вербовать осведомителей из числа «нижних воинских чинов». Это следует из Циркуляра Департамента полиции о работе в армии от 13 марта 1913 г.: «В течение последних лет противоправительственные партии с особой энергией направили свою деятельность на пропаганду революционных идей и внесение смуты и недовольства среди воинских частей.

Чинам Корпуса Жандармов, стражам Государственного порядка и борцам с его врагами надлежит особо верно следить за проявлениями указанной преступной деятельности и рука об руку с войсковым начальством принимать все дозволенные законом меры к ее прекращению в самом зачатии.