Как повествует сказание, написанное бывшей насельницей старообрядческого скита Сёмженские кельи девицей Натальей, этот скит был основан на реке Сёмже, правом притоке Мезени, ещё в 20-х годах XVIII века выходцами из нижегородских керженских скитов инокинями Ефимьей и Павлой и выходцами из Игнатьевского скита старцем Иоаникием и инокинями Ириньей и Дорофеей.

Как и другие северные старообрядческие обители, Сёмженские кельи находились в труднодоступном месте. «В летнее время кельи были почти недоступны. По реке, из-за её мелководья, сюда нельзя было добраться, а путь через болота, по бездорожью, был не всем известен и доступен; поэтому мезенские крестьяне приезжали и приходили в кельи молиться обычно зимой на Рождество, в Богоявление и Великий пост, и некоторые из них проживали здесь по нескольку дней»[164].

В скиту хранилась особо почитаемая мезенскими крестьянами святыня — икона Казанской Божией Матери, принесённая инокинями Ефимьей и Павлой из Нижнего Новгорода. Она почиталась чудотворной, и в честь неё ежегодно 22 октября отмечался храмовой праздник скита, для чего стекалось множество паломников.

В конце XIX века жители Сёмженского скита не занимались хлебопашеством, а жили за счёт ловли рыбы и пожертвований от своих мезенских и нижегородских единоверцев. В хозяйстве имели лишь одну лошадь, для которой заготавливали сено вблизи скита.

Насельники Сёмженских келий, боясь преследования со стороны властей, обычно выдавали себя за прихожан новообрядческой церкви, объясняя своё поселение в далёком глухом скиту желанием «удалиться от суеты мирской для спокойствия и успокоения». Однако, несмотря на то что местные власти нередко покрывали их, об этом стало известно властям губернским.

В 1897 году по указу Архангельской духовной консистории кельи были у старообрядцев отобраны и вместе со всем имуществом переданы господствующей церкви. Само поселение было переименовано в выселок Сёмженский. Желая окончательно истребить ростки «раскола» в здешних местах, власти разрешили поселиться в качестве сторожа при бывших кельях мезенскому крестьянину П.В. Филатову, который оказался тайным приверженцем поповского согласия. Вскоре влияние этого согласия, благодаря проповеди Филатова, распространилось на местных жителей, и сюда даже был направлен священник (Г.Я. Ситников).

Духовенство господствующей церкви пыталось бороться с распространением «поповщины австрийского толка» среди местного населения, устраивая беседы и диспуты, однако они не достигали должного результата. Тогда власти стали действовать иными способами. В 1903 году постановлением мезенского уездного исправника было решено возбудить судебное преследование в отношении старообрядцев и выселить их из скита. На место выселенных скитников-старообрядцев были присланы монахини из новообрядческой Ущельской женской общины. Часть старообрядцев (в том числе П. Филатов и Г. Ситников) переселились в село Сёмжа, где организовали общину, ставшую духовным центром поповцев на Мезени. «В результате активной пропагандистской деятельности предводителей старообрядцев австрийского толка австрийские общины на Мезени переманивали к себе как православных, так и беспоповцев. Так, койденский наставник поморцев лишился почти всей своей паствы. В Кимже, где беспоповцы имели свой молитвенный дом, 49 дворов придерживалось старообрядчества австрийского толка и только 6 — поморского толка. В селе Сёмжа все староверы перешли в Белокриницкую церковь»[165].

После выхода Манифеста о веротерпимости в 1905 году старообрядцы пытались вернуть Сёмженские кельи, но безуспешно. Зато в 1907 году было получено официальное разрешение от губернских властей на строительство в Сёмже старообрядческого храма. Строительство было начато и закончено в следующем, 1908 году. С ходатайствами о строительстве храмов обращались к властям и старообрядцы деревень Верхний Березник и Койда. Храм в Койде был построен и освящён в 1913 году. В 1914 году власти дали разрешение на постройку в селе Кимжа деревянной часовни во имя явления иконы Смоленской Божией Матери. Часовня была построена уже в следующем году.

В 1912 году в выселке Сёмженском, считавшемся с 1908 года подворьем новообрядческого Ущельского монастыря, был выстроен взамен старого, обветшавшего дома новый с церковью во имя иконы Казанской Божией Матери. Церковь была освящена в 1914 году. Несмотря на закрытие в 1920 году Ущельского монастыря, бывшие монахини этого монастыря продолжали жить в выселке ещё в 30-х годах прошлого века, и лишь в начале 1940-х годов выселок Сёмженский прекратил своё существование.

В 50 верстах от Архангельска, в Сюземской волости возник Амбурский скит староверов-филипповцев. Основан он был в труднодоступном месте, где ранее находилось языческое капище, еще до 1730 года семейством Хвиюзовых. До скита можно было добраться по узкой двухкилометровой тропе, проложенной по болоту деревянными плахами, скреплёнными между собой цепями. Около 1795 года здесь была построена часовня. В 49 келиях проживало 7 иноков и 67 инокинь. В основном это были крестьяне и мещане Архангельска, Архангельского и Пинежского уездов. Вначале в Амбурском были основаны мужской и женский скиты, а уже в XIX веке скит стал преимущественно женским.

«Авторитет скита признавался по всему Поморью. В разное время проживали: Хвиюзовы, Корельские, Мамоновы. На Пинеге был старинный женский скит филипповского согласия, разорённый в первой половине XIX века монахами Красногорского монастыря. Скитницы сохранили иконы и книги, перешли к своим сторонникам в Кудьму, а затем в Амбурское, где построили молельню. Женский Амбурский скит славился на всё Поморье строгими порядками. В женском скиту не прижилась переписка книг. Поэтому имел небольшую библиотеку в начале XX века из 78 древних книг: два рукописных Евангелия в дорогих окладах, рукописный служебник из Соловецкого монастыря, Апостол — первая печатная книга Ивана Фёдорова»[166]. В 1822 году из Амбурского скита вышел старшина скита Лаврентий Кыркалов, который вместе с Осипом Жучковым стал распространять «новый закон», составленный на основе уставов Соловецкого монастыря и Выговского общежительства.

После разгрома духовного центра староверов-поморцев на Выге в середине XIX века была предпринята попытка создать такой центр в Амбурском. Однако в силу ряда причин такая попытка не увенчалась успехом. В XIX–XX веках Амбурский скит становится центром федосеевского и филипповского согласий в Архангельском уезде.

Во второй половине XIX века староверы Архангельской губернии оказались под сильным давлением местных властей. «Основной удар власти наносили по существующим скитам. Применялись административные и карательные меры: в скитах запрещали строить новые здания, рубить лес и ремонтировать обветшавшие постройки, запечатывались и разрушались часовни, арестовывались и высылались наставники. Большой вред принёс Кудьмозерский единоверческий приход, образованный в 1887 году из “вернувшихся” из раскола в официальную церковь… Грех единоверия нанёс огромный урон старинным старообрядческим центрам. Многие старообрядцы вынуждены были покидать скиты и селиться в близлежащих деревнях. В конце XIX–XX веке большинство скитов в уезде распались или были закрыты. При этом число старообрядцев в уезде не уменьшалось, а увеличивалось»[167].