1836 и 1837 годы были особенно тревожны и горестны как для киновии, так и для староверия в целом. На Выге начались притеснения, а в Петербурге повелением Николая I духовное завещание И.Ф. Долгова было объявлено не имеющим силы, и всё имущество завещателя должно было перейти от киновии к «наследникам по закону», то есть к родственникам. Суд в 1839 году признал единственной наследницей внучку сестры И.Ф. Долгова — Наталию Кузьминичну Галашевскую, которая душой и сердцем была предана киновии, часто бывала на Лексе и много занималась там благотворительной деятельностью. В 1841 году Галашевская нотариальным актом продала дом подворья (набережная Фонтанки, 24) прихожанину храма, купцу Дмитрию Назаровичу Пиккиеву. Несмотря на смену юридических владельцев, богослужения продолжались здесь непрерывно. Долговская моленная оставалась главной моленной города, вмещая по большим праздникам до пятисот человек.

Однако в 1854 году в храм нагрянула полиция и под предлогом того, что производится незаконный ремонт, опечатала его, а вскоре затем все иконы, книги и утварь были вывезены и сложены в подвале Александро-Невской лавры. При закрытии было изъято 504(!) иконы старинного письма в серебряных, украшенных драгоценными камнями окладах. Когда примерно через год Д.Н. Пиккиеву удалось доказать, что всё имущество закрытого храма принадлежит ему лично, оно было ему возвращено, но очень многого, самого ценного недосчитались. Всё уцелевшее было устроено в небольшом высоком помещении рядом с бывшим храмом, и владельцу разрешено было иметь тут домашнюю моленную для своей семьи и родственников.

К сожалению, охладевшие к старой вере внуки Д.Н. Пиккиева по его кончине почувствовали себя собственниками принадлежавшего общине здания, и общественное управление, ещё продолжавшее сохраняться, стало всё труднее и труднее осуществлять, а под конец — и вовсе невозможно.

Волковское кладбище в Санкт-Петербурге послужило местом упокоения многих столичных староверов-беспоповцев. Волковская богадельня возникла в 1777 году по почину старообрядцев федосеевского согласия, получивших на Чёрной речке вблизи кладбища господствующей церкви место для погребения. Уполномоченные петербургских федосеевцев — купцы Дмитрий Воробьёв и Пётр Волков — основали в этом году кладбище и построили деревянный молитвенный дом. В 1784 году на средства, собранные путём пожертвований, старообрядцы возвели каменный молитвенный дом и при нём каменное здание под богадельню для призрения престарелых и увечных старообрядцев. В 1807 году, с разрешения правительства, кладбище было расширено и были сооружены каменные здания для призрения лиц женского пола. Так постепенно, на добровольные пожертвования создавалась Волковская богадельня. Управлялась она самими старообрядцами через выбранных ими лиц. Самоуправление существовало с 1777 по 1847 год.

В 1847 году мужская богадельня вместе с моленной была отобрана властями, а женская осталась у федосеевцев, хотя и была обращена в обыкновенную городскую богадельню и в неё допущен был, вместе со старообрядцами, приём на призрение и лиц, принадлежавших к господствующей церкви. Тогда же одна из молелен была обращена в синодальную церковь. Несмотря на такие ограничения в своих правах, староверы не переставали жертвовать на содержание и обновление богадельни, видя в ней свою святыню, а Волково кладбище продолжало оставаться главным духовным центром федосеевцев во всём северо-западном крае.

В 1866 году купцы старообрядцы Владимир Долгов, Ефим и Фёдор Егорьевы и Василий Глотов с высочайшего разрешения возвели на свой счёт в одном из зданий богадельни третий этаж с куполом. Эта постройка значительно увеличила количество кроватей для призреваемых и была названа «Александровским отделением». Весь этот период удавалось сохранить часть богадельни под фактическим надзором староверцев, а также сохранялась и моленная при богадельне.

Сама моленная, именовавшаяся «собором», размещалась на первом этаже и имела четырёхъярусный иконостас из красного дерева с древними образами в серебряных ризах. Всенощная в храме длилась с 10 вечера до 6 утра. В хоре пели «белички» — женщины, давшие обет безбрачия. На втором этаже молились другие беспоповцы.

В 1907 году старообрядцы федосеевского согласия организовались в общину, которая была зарегистрирована 8 февраля Санкт-Петербургским губернским правлением. В доме 3 по набережной реки Волковки в 1917–1934 годах действовали мужская Успенская и женская Спасо-Преображенская моленные (после 1929 года осталась одна общая) петроградских федосеевцев. До самого 1917 года староверы пытались вернуть контроль над богадельней, но безуспешно. Община существовала до 1934 года, когда была закрыта по распоряжению властей. Это была последняя общественная моленная староверов города на Неве. С её закрытием молиться больше было негде. После окончания Великой Отечественной войны, когда произошла смена курса государства в отношении церкви, староверы неоднократно обращались к властям с просьбой о возвращении их исторической святыни, но неизменно получали отказ. К стыду современных городских властей, нужно сказать, что эта история продолжается и поныне, а в настоящее время в здании Волковской богадельни находится кожно-венерологический диспансер — «на месте святе мерзость запустения»…

Наряду с продолжавшими свою деятельность прежними духовными центрами старообрядчества во второй половине XX века появляется ещё один крупный духовный центр в Ленинграде (с 1991 года — Санкт-Петербург) — Рыбацкое. Название этого петербургского района известно староверам не только в России и в ближнем зарубежье, но и за океаном — в далёкой Америке. Здесь в 1961 году вынуждены были обосноваться ленинградские староверы-поморцы, изгнанные властями из своей моленной, находившейся в центре города на Коломенской улице, 12. Рыбацкое находилось тогда за чертой города и лишь в 1963 году стало одним из его районов.

Староверы жили в Рыбацкой слободе ещё с петровских времен, но лишь во второй половине XX века здесь появляется крупный духовный центр. В конце 80-х — начале 90-х годов XX века в Рыбацком усилиями Невской старообрядческой поморской общины было построено здание духовно-благотворительного центра «Невская Обитель». В здании «Невской Обители» расположились: малый храм, трапезная, крестильня, кельи для служения треб, оранжерея, столярная мастерская, подсобные помещения. Здесь работают воскресная школа, книжница (библиотека), архив, издательство церковного календаря, проводятся ежегодные слёты молодежи. С 2000 года при «Невской Обители» стали функционировать духовные курсы для обучения церковных служителей.

В 1993 году мэрией Санкт-Петербурга Невской поморской старообрядческой общине было передано здание бывшей федосеевской моленной (Коломенская улица, 12), а в 2004 году — здание бывшего поморского Знаменского храма (Тверская улица, 8). В настоящее время община объединяет все беспоповские согласия Северной столицы, являясь одной из крупнейших старообрядческих общин в стране.

В мае 2006 года в храме Знамения в Рыбацком, принадлежащем Невской старообрядческой поморской общине, прошёл Третий Всероссийский Собор Древлеправославной Поморской Церкви, в работе которого приняли участие 153 человека. Среди участников Собора были как полномочные представители от 72 российских общин, так и представители зарубежных центров Древлеправославной Поморской Церкви (Литвы, Латвии, Беларуси, Украины и Казахстана).