В 1847 году Николай I насильственно подчинил Преображенский богаделенный дом гражданским властям (с 1853 года — Императорскому человеколюбивому обществу). Деревянные жилые постройки и больничные палаты были частично сломаны, а оставшиеся закрыты. В марте 1854 года у федосеевцев отобрали Успенскую соборную часовню на мужской половине и передали единоверцам, а в 1866 году вся мужская половина была передана Никольскому единоверческому монастырю. С тех пор центром московских федосеевцев неизменно остаётся Крестовоздвиженская часовня на бывшей женской половине (остальные шесть моленных на женской половине отобраны в 1920-х годах). Главных руководителей кладбища репрессировали одного за другим: настоятеля Семена Кузьмина сослали в Полтавский монастырь, наставников Георгия Гавриловича — в Вятку, Андрея Ефимовича — в Харьков, попечителей Ф.А Гучкова — в Петрозаводск, К.Е. Егорова — в Пензу.

3 октября 1883 года был издан закон, предоставлявший некоторые права старообрядцам в их религиозной жизни. С 15 по 18 августа 1883 года на Преображенском кладбище состоялся съезд 180 наставников. К концу XIX века в Москве действовало около 17 федосеевских (в основном домовых) моленных, из них на кладбище — семь (в них состояло более 200 певцов и певиц). В главной соборной моленной кладбища служба совершалась повседневно.

После дарования свободы вероисповедания в 1905 году жизнь федосеевской общины вновь оживилась. 1 августа 1905 года на Преображенском кладбище был слышен первый разрешённый колокольный звон. В 1912 году состоялась закладка больничного корпуса (архитектор Л.Р. Кекушев), который вскоре был выстроен крупным подрядчиком, членом общины М.М. Малышевым за полцены (по смете цена строительства определялась в 70 тысяч рублей).

После 1917 года единоверческий монастырь распался, и в 1922 году его храмы попали в руки обновленцев. Не найдя средств на их содержание, они оставили за собой западный Никольский придел Успенского храма, а центральную его часть продали староверам поморского согласия, изгнанным из своего исторического храма в Токмаковом переулке.

В 1934 году НКВД арестовал наставника федосеевской общины, но перед самым арестом тот успел тайно благословить своего преемника. Девять лет (до 1943 года) духовный отец федосеевской Преображенской общины действовал подпольно.

С момента основания Преображенской федосеевской общины в ней с необыкновенной точностью исполнялся богослужебный устав. Никакие упущения в совершении служб не допускались. Так же строго соблюдался и временной порядок богослужений. О всенощных бдениях здесь всегда держались понятия в самом строгом, буквальном смысле слова — это богослужение, которое продолжается всю ночь и заканчивается утром. Сообразно с этим и всенощная служба начиналась не ранее 11 вечера, а заканчивалась часов в 5 или 6 утра. Всеми признавалось, что даже знаменитые староафонские монастыри не исполняют службу с такой точностью, как старообрядцы Преображенского кладбища. Однако в 1910-х годах стал допускаться для заказных всенощных иной порядок, а именно: начало их приходилось на восемь часов вечера. Ныне же всенощные совершаются полностью вечером.

Утратив к настоящему времени всякое экономическое значение, Преображенское кладбище по-прежнему продолжает играть важную роль в духовной жизни федосеевского и поморского согласий. Сегодня на Преображенском кладбище зарегистрированы три церковные общины. На территории бывшего «женского двора» находится община федосеевского согласия, а на территории бывшего «мужского двора» — община Древлеправославной Поморской церкви и община Московской патриархии, которые молятся в бывшей соборной Успенской часовне, разделённой на две части. С середины 1990-х годов властями было начато поэтапное возвращение некоторых построек федосеевской общине.

Одновременно с Преображенским было основано в Москве Рогожское кладбище. Как и Преображенское кладбище, эта земля также была отведена для погребения умерших во время чумы 1771 года московских старообрядцев, но только приемлющих священство, когда были закрыты прежние места старообрядческих погребений. Новое место представляло собой поле, находившееся справа от Владимирской дороги. С тех пор за Рогожской заставой стали хоронить священников, попечителей и прихожан московских старообрядческих общин поповцев. С разрешения императрицы Екатерины II здесь были выстроены один за другим два старообрядческих храма (летний и зимний), богаделенный дом, и постепенно образовался целый поселок, огороженный высоким забором. Население его составляли старообрядцы, приемлющие священство, среди которых было немало богатых промышленников и купцов. Богослужение в рогожских храмах совершалось священниками, перешедшими в старообрядчество из господствующей церкви.

В царствования Екатерины II и Александра I власти проявляли равнодушие к религиозной жизни старообрядчества. До 1823 года в некоторых правительственных учреждениях (в Московской духовной консистории, канцеляриях Министерства внутренних дел и московского генерал-губернатора) не было официальных сведений о Рогожском кладбище, существовавшем уже полстолетия, хотя о нём, разумеется, всем было известно.

Со времени восшествия на престол Николая I для старообрядцев вновь наступили тяжёлые времена. В ноябре 1827 года императорским указом было строго воспрещено принимать для службы в храм Рогожского кладбища новых священников, а с 1834 года священникам из других мест было запрещено не только служить, но даже появляться на Рогожском кладбище. Этими и многими другими запрещениями (переезжать с места на место, ремонтировать храмовые постройки и пр.) правительство стремилось к полной ликвидации старообрядчества. Репрессии побудили старообрядцев искать возможность учредить архиерейскую кафедру за границей. Большую часть расходов по поискам святителя взяли на себя прихожане Рогожского кладбища купцы Рахмановы. После учреждения в 1846 году белокриницкой иерархии преемник митрополита Амвросия, митрополит Кирилл, поставил в 1853 году во Владимир архиепископа Антония, который впоследствии стал первым архиепископом Московским и всея России и с 1862 года имел резиденцию на Рогожском кладбище.

К старообрядческой иерархии русское правительство отнеслось крайне враждебно. Гонения на старообрядчество, в частности правительственное распоряжение, по которому старообрядцам с 1855 года запрещалось записываться в купеческое сословие (что влекло за собой выполнение рекрутчины и лишение сословных привилегий), вынуждали некоторых старообрядцев изменять старой вере и переходить в единоверие.

В 1854 году в единоверие перешёл кладбищенский священник Пётр Русанов. В скором времени за ним последовали некоторые из прихожан во главе с Сапелкиным, Аласиным и др. Воспользовавшись этим, власти насильно, «без всякой церемонии» отобрали у старообрядцев Никольский храм, а 23 сентября 1855 года митрополит Московский Филарет (Дроздов) «освятил» его как единоверческую церковь под тем предлогом, что отступники якобы имеют право на часть кладбища. Отступившие в единоверие слали донос за доносом о том, что на кладбище водворились и тайно служат попы «австрийского поставления». По настоянию Филарета казённый смотритель кладбища совсем запретил старообрядцам совершать в часовнях богослужение. Хотя это запрещение было вскоре отменено, 7 июля 1856 года из-за домогательств Филарета правительство запечатало алтари летнего и зимнего храмов Рогожского кладбища. Никакие хлопоты старообрядцев не помогали. Более того, и после официального удостоверения ложности доносов особой комиссией в 1880 году алтари по настоянию обер-прокурора Синода К.П. Победоносцева оставались запечатанными. Они были распечатаны лишь после императорского указа от 17 апреля 1905 года «Об укреплении начал веротерпимости».