Абакумова обвинили в том, что он заболел трофейной болезнью. Рюмин заявил, что Абакумов присвоил огромное количество трофейного имущества и проявляет комчванство и нескромность в быту. На своем допросе некий полковник МГБ Чернов привел факты нецелевого использования денежных средств, предназначенных на оперативные нужды при Абакумове.

Абакумов хранил на специально созданных складах, якобы для оперативных нужд, большие материальные ценности, в основном трофейные, укрыв их от официального учета. Тащил с этих складов все, что хотел. По подтвержденным данным, для личного пользования с этих складов Абакумовым было взято более тысячи метров шерстяных и шелковых тканей, несколько гарнитуров мебели, столовых и чайных сервизов, ковров, изделий из саксонского фарфора. За период с 1944 по 1948 год Абакумов похитил ценностей более чем на 600 тысяч рублей.

Накануне ареста Абакумов как раз развелся с прежней женой и женился на новой, а следователи по его уголовному делу составили список его любовниц, отдельно вычленив евреек, что немудрено: «культурное» общество послевоенной Москвы во многом состояло из евреев. Абакумов имел две квартиры в Москве, в одной из которых — 120-метровой, украшенной дубовыми панелями, красным деревом, старинной мебелью, бесчисленными коврами, — жила его жена, в другой — в Колпачном переулке, дом 11, — он сам со своей любовницей. Оставив имевшуюся у него 5-комнатную квартиру брошенной жене, он приказал оборудовать себе новую, в 300 квадратных метров. МГБ на это потратило 800 тысяч рублей и выселило из отводимых под квартиру Абакумова помещений 16 семей числом 48 человек. В течение шести месяцев на переоборудовании дома в Колпачном переулке работали более 200 рабочих, архитектор Рыбацкий и инженер Филатов. При этом часть высококачественных материалов доставлялась из неизвестных, пока что неустановленных источников.

Квартиры ломились от столовых и спальных гарнитуров, невиданных в тогдашней Москве заграничных холодильников… В квартире было 13 радиоприемников и радиол, много столового серебра, большое количество дорогих художественных ваз, фарфоровой и хрустальной посуды, различных галантерейных товаров, большое количество золотых изделий, 1260 метров различных тканей, 16 мужских и 7 женских часов (8 золотых), 100 пар обуви, чемодан подтяжек, 65 пар запонок… а также большой ящик с корнями женьшеня.

После ареста Абакумов на допросе пояснил следователю Мокичеву, что те огромные массы ткани, которые найдены были в квартире при обыске, в этом нет ничего зазорного — в квартирах и на госдачах министров все делается только за казенный счет и, мол, ткань была нужна для обивки. В последующем очень скоро расследование в направлении финансовых махинаций Абакумова, по словам Столярова, было свернуто.

Абакумов имел по существу в своем личном распоряжении гараж МГБ со многими десятками легковых автомобилей. По указанию Абакумова для его личных нужд начальник секретариата министра полковник Чернов присвоил около 500 тысяч рублей из средств, предназначавшихся на оперативные нужды. Боясь ответственности за это преступление, Абакумов в марте 1950 года приказал уничтожить бухгалтерскую отчетность 1-го отделения Управления делами министерства, которое ведает хозяйственным обслуживанием руководящего состава.

Дойдя до обвинительного заключения по делу Абакумова, Берия обнаружил на нем сталинскую правку. Вместо первоначальной формулировки: «Действуя как подрывники, Абакумов и его соучастники Леонов и Комаров игнорировали указания ЦК КПСС о расследовании связей (вписано Сталиным — спрятать от следственных властей неоднократные уловки) с иностранной разведкой врага народа Кузнецова и участников его изменнической группы, орудовавшей в партийном и советском аппарате (вписано Сталиным — в Ленинграде). Были и другие мелкие правки вождя. Абакумов также обвинялся в попытках организации убийства Маленкова.

Следователи по делу Абакумова раскопали и такой интересный факт из его жизни. Дело известной актрисы Татьяны Окуневской, которая встретилась с Абакумовым на одном из приемов. Министр выпил лишнего и принялся приставать к красотке. Но Окуневская наглости терпеть не могла и отвесила незадачливому кавалеру пощечину. Абакумов затаил злобу. В 1948 году Окуневская была арестована. Ее обвинили в антисоветской пропаганде. Больше года она провела в тюрьме. После череды допросов Татьяну Кирилловну привели к Абакумову. Тот снова попытался приласкать актрису, но получил вторую пощечину. Сразу после этой выходки Окуневской дали 10 лет и отправили в лагерь в Казахстан… В тюрьме Абакумов держался упорно, не признавая себя виновным.

Лишь 22 февраля 1952 года расследование дела Абакумова и его сотрудников было возложено на органы безопасности, он был переведен из тюрьмы «Матросская Тишина» в Лефортовскую тюрьму. То есть получается, что вначале Абакумов страдал только за воровство? Однако, согласно другой информации, после событий конца 1952 года Абакумова оставили в покое до марта 1953 года, переведя в камеру номер 77 Бутырской тюрьмы.

Когда Берия тщательно изучил дело Абакумова, он понял, что на него практически ничего не было. «И зачем тогда человека держали два года в СИЗО? За что его арестовали? Этингер? — думал Лаврентий — Так это Рюмин его довел до смерти. Следил за членами Политбюро, копил компромат? Так это было по необходимости проводить следственные мероприятия по делу ленинградцев».

Берия вполне осознавал, что Абакумов создал государственный орган, который имел мощный аппарат для наблюдения с разветвленной, всюду проникающей сетью сотрудников и агентов; свою армию (войска МГБ); свой суд (Особое совещание); свои места заключения (внутренние тюрьмы и особые лагеря) и зависимую от него систему прокуратуры и трибуналов войск МВД и даже милицию. Именно этой прокуратуре и этим трибуналам была по положению поднадзорна и подсудна основная часть дел, расследуемых МГБ…

После раздумий Лаврентий Павлович позвонил секретарю-ординатору и попросил доставить комиссара государственной безопасности 2-го ранга, генерал-полковника Виктора Абакумова (с удивлением Берия обнаружил, что никто не удосужился лишить Абакумова его званий) к 5 часам вечера. До этого он все же решил посмотреть, как сейчас выглядит Абакумов. Он приехал в СИЗО, где тот содержался, и посмотрел в глазок камеры. На стуле сгорбившись сидел Абакумов. Берия его сразу и не узнал, до того он имел изможденный вид. Страшно похудевший Абакумов поднял глаза, увидел, что в глазок кто-то смотрит, и сразу же их отвел.

Сейчас, дожидаясь прибытия Абакумова, Берия задумчиво прохаживался по кабинету. И вот наконец привели Абакумова. Узник, прихрамывая, вошел в кабинет. Осунувшийся, хрупкий, усохший Абакумов шаркающей походкой вошел в кабинет. В изможденном, совсем седом, помятом человеке совершенно невозможно было узнать красавца Абакумова. Бывший министр еле стоял на ногах, не мог долго ходить. Лицо его украшали многочисленные, но уже выцветающие синяки, слившиеся в одно мутное фиолетово-желтое пятно. Бывшее ранее лощеным лицо стало узким и нервическим. Жидкие пегие волосы были растрепаны и засалены, на подбородке пробивалась трехдневная щетина, одно ухо было окровавлено. На опухших губах запеклась коричневая корка. Через прорехи изодранного кителя там и сям проглядывала исцарапанная и грязная кожа.