Система управления в Кубанском войске включала следующие элементы. Формально высшим должностным лицом в крае являлся, после восстановления в 1905 году наместничества на Кавказе, императорский наместник, который одновременно был и главнокомандующим Кавказским военным округом, и наказным атаманом Кавказских казачьих войск. Вся высшая гражданская и военная власть на территории войска принадлежала начальнику Кубанской области, совмещавшему свою должность с должностью наказного атамана Кубанского казачьего войска.

Органами гражданского управления являлись областное правление с административными, судебными, финансовыми, хозяйственными и прочими подразделениями и правления семи отделов области. В систему военного управления входили войсковой штаб со всеми подразделениями и отделы войска. Наказной атаман назначал атаманов отделов области, которые сосредотачивали в своих руках функции управления как по военной, так и по гражданской части на территориях своих отделов. Они возглавляли существовавшие в каждом отделе правления, имевшие собственную структуру и штаты, и контролировали местное управление [44]. Органы местного казачьего самоуправления (станичные сходы, станичные правления во главе со станичными атаманами) осуществляли свою деятельность в соответствии с нормами «Положения об общественном управлении станиц казачьих войск» 1891 года.

В Терском войске система управления была следующей. Юридически всей полнотой власти на Кавказе обладал императорский наместник, возглавлявший высшее управление и Терского, и Кубанского войска и являвшийся одновременно войсковым наказным атаманом Кавказских казачьих войск. Непосредственно во главе войска находился наказной атаман, совмещавший свою должность с должностью начальника Терской области. Он осуществлял высшие властные функции и в военной, и в гражданской областях, обладал всеми юридическими правами губернатора. Кроме этого, он также был наделен особыми властными полномочиями в отношении населения Терского казачьего войска и местной охранной стражи. В его непосредственном подчинении находились областное управление (правление), канцелярия начальника области, войсковой штаб. Военное и гражданское управление в отделах войска осуществляли назначаемые начальником области и наказным атаманом атаманы отделов, а в национальных округах – начальники округов. Последние при этом получали властные полномочия и все юридические права уездных исправников. Отделы и округа были разделены на административные полицейские участки, во главе которых стояли назначенные начальники участков. Они выполняли функции, аналогичные функциям приставов и частично земских начальников. Но в отличие от последних судебная сфера находилась вне их компетенции. На местах, в станицах и хуторах войска, вся административная деятельность осуществлялась в соответствии с «Положением об общественном управлении станиц казачьих войск» 1891 года [45].

В Оренбургском войске в 1857 году разделялись военная и гражданская власть. Изменялась и структура управления войском, которая теперь представляла собой вертикаль: наказной атаман – войсковой штаб – начальники управлений и собственно управления трех военных отделов. С 1865 года должность наказного атамана была объединена с должностью Оренбургского генерал-губернатора. В 1881 году, после упразднения Оренбургского генерал-губернаторства и Оренбургского военного округа, высшее военное управление войском передается командованию Казанским военным округом, при штабе которого создается специальное казачье отделение. Вопросы гражданского управления в войске были отнесены непосредственно в ведение Главного управления казачьих войск. Через три года, в 1884 г., вышло специальное положение об управлении казачьими отделами войска [46].

Местное самоуправление в войске функционировало на основе «Положения об общественном самоуправлении в казачьих войсках» 1891 года. Причем в предварявшем его «Мнении Государственного Совета» было особо оговорено, что все дела по общественному управлению станиц Оренбургского казачьего войска, находившиеся до этого в ведении губернских правлений Оренбургской и Томской губерний, уездных исправников и уездных начальников этих губерний, передавались в войсковое хозяйственное правление и атаманам отделов Оренбургского казачьего войска [47].

В целом сложившийся порядок высшего и местного управления в войске просуществовал вплоть до 1917 года.

К началу ХХ века высшие органы управления Уральским войском состояли из назначавшегося наказного атамана и войскового хозяйственного правления (управления). Его председателем являлся сам атаман. При этом и атаман, и войсковое правление находились в непосредственном подчинении генерал-губернатора Уральской области [48]. Во главе каждого из трех отделов войска стояли назначавшиеся наказным атаманом атаманы отделов и отдельские управления. На местах, в станицах и поселках, атаманы и члены правлений избирались непосредственно казаками на сходах. Станичные и поселковые атаманы в военном отношении подчинялись атаманам отделов, а в гражданском – уездным начальникам [49].

Иногда наиболее важные вопросы внутренней жизни войска выносились на съезды выборных от станичных обществ, официально называвшиеся войсковыми съездами. Но они созывались весьма редко и проходили сугубо формально по заранее разработанным сценариям. Органы местного казачьего самоуправления работали по нормам «Положения». При этом учитывались законодательные установки, «Мнения Государственного Совета» о том, что Военным советом юридические нормы «Положения» в Уральском казачьем войске могут применяться с теми изменениями, какие потребуются по его местным условиям[5][50].

Во главе Сибирского войска находился войсковой наказной атаман, пост которого одновременно занимал генерал-губернатор Степного края и командующий войсками Омского военного округа [51]. Непосредственно в войске управление осуществляло войсковое хозяйственное правление. Местное самоуправление функционировало в соответствии с «Положением» 1891 года. В предварявшем его «Мнении» указывалось, что все вопросы, связанные с общественным управлением станиц Сибирского казачьего войска, передавались из компетенции областных правлений Акмолинской и Семипалатинской областей, уездных исправников и уездных начальников в войсковое хозяйственное правление и ведение атаманов отделов войска [52]. Станичные атаманы и члены станичных правлений избирались на сходах казаков.

Порядок военного и гражданского управления Забайкальским войском был следующим. В плане военного управления с 1906 года оно включается в состав Иркутского генерал-губернаторства и подчиняется командующему войсками Забайкальской области, который одновременно являлся и войсковым наказным атаманом Забайкальского казачьего войска. Но с упразднением в 1908 году должности командующего войсками Забайкальской области пост войскового наказного атамана передается военному губернатору Забайкальской области и командующему войсками Иркутского военного округа. В его подчинении находился войсковой штаб, а также атаманы и правления отделов. В плане гражданского управления войсковому наказному атаману подчинялось войсковое хозяйственное правление [53]. Местное казачье самоуправление строилось на принципах, изложенных в «Положении» 1891 года, с учетом «Мнения Государственного Совета» о том, что Военному совету предоставлялось право применять данное «Положение» к Забайкальскому казачьему войску с изменениями в соответствии с местными условиями [54].