В целом органы ГПУ и военная разведка СССР уже с середины 20-х годов заняли доминирующее положение над Коминтерном. Чего стоят такие резолюции «штаба мировой революции», как обращение от 1929 года к ГПУ с просьбой разобраться с провокаторами в руководстве компартии Польши. Правда, долгое время такое сотрудничество было двухсторонним, и из ГПУ и Разведупра в 20-х годах тоже шла важная коминтерновскому руководству добытая спецслужбами секретная информация. Так, начальник ИНО ГПУ Трилиссер направил в ОМС Коминтерна служебную записку о проникновении, по сведениям агентуры ИНО, в Лейпцигское отделение компартии Германии тайного агента и провокатора полиции. Позднее разведка НКВД предупреждает Исполком Коминтерна, что английская контрразведка МИ-5 завербовала видного члена компартии Англии Драйберга, а в помещении ЦК КПА контрразведчики установили микрофоны. Из рассекреченных в конце ХХ века по истечении пятидесятилетнего срока секретности архивных документов МИ-5 нам сейчас известно, что эта спецслужба в 30-х годах действительно нашпиговала окружение генсека КПА Гарри Поллита своими информаторами. В 1926 году разведка ГПУ сообщала Коминтерну, что в Турции начальник тайной полиции Худан-Бей имеет некоего ценного агента из лазов (отуреченных грузин-мусульман) в самой верхушке турецкой компартии и глава здешней компартии Мамед Оранди обложен провокаторами и слежкой людей Худан-Бея. В 30-х годах такие встречные сообщения для Коминтерна с Лубянки становятся все реже.

Кроме ОМС, под контролем Лубянки оказались и такие специфические структуры Коминтерна, как комиссия нелегальной работы (связь с находящимися на нелегальном положении компартиями за рубежом, ее до своей смерти в 1935 году возглавлял литовский коммунист Мицкявичус), бюджетная комиссия Коминтерна (распределение денег из советского бюджета зарубежным коммунистам), военная секция Коминтерна.

Военную секцию возглавлял известный в Коминтерне финн Туури Лехен, один из красных финнов нашей Гражданской войны, позднее агент ИНО ГПУ, работавший под чекистской кличкой Альфред в ряде стран Европы, начальник штаба интербригады на войне в Испании. Его росту в Коминтерне помимо боевой биографии способствовала женитьба на дочери генсека финской компартии Отто Куусинена, занимавшего все 20 – 30-е годы ключевые посты в руководстве Коминтерна, хотя боевиком красный финн Лехен был действительно опытным и деятельным. Он заведовал в Коминтерне боевой подготовкой личного состава и написал множество оставшихся в архивах коминтерновских инструкций о том, кого отбирать и каким боевым дисциплинам учить. Вместе с Лехеном (Альфредом) обычно записки по боевой подготовке и отбору коминтерновских кадров на диверсионную работу подписывали такие специалисты по террору из коминтерновских руководителей и сотрудников советских спецслужб одновременно, как поляк Сверчевский (Вальтер), венгр Фрид (Дезидерий), немец Цайссер (Вернер) или бывший начальник внешней разведки ГПУ Трилиссер, работавший в Исполкоме Коминтерна под конспиративной фамилией Москвин.

ОМС, нелегальная комиссия и военная секция внутри Коминтерна с начала 20-х годов становятся важнейшими структурами этой организации. Нелегальной работе придается все больше значения, как и сбору через иностранных коммунистов нужных СССР разведывательных данных. Зачастую Абрамов-Миров, Мицкявичюс или Лехен негласно встречаются в Москве с представителями нелегальных и боевых структур национальных компартий, обсуждая с ними узкоспециальные вопросы без извещения официальных руководителей этих партий. Так, напрямую и с привлечением специалистов из ИНО ГПУ и Разведупра обсуждали с лидерами боевой организации болгарской БКП детали восстания в Болгарии в 1923 году. Из стенограмм этих бесед, кстати говоря, видно: у нелегального бюро БКП были свои тайные агенты не только в болгарской Полиции безопасности и армии, но и среди македонских террористов группировки ВМРО и даже в среде эвакуированных в Болгарию белогвардейцев Врангеля, информацию от которых через Коминтерн болгарские товарищи поставляли в ГПУ.

В том же 1923 году в Москву прибыл руководитель нелегального бюро итальянской компартии ИКП Фортикьяри (в Коминтерне и в советских спецслужбах проходил под партийной кличкой в ИКП Мартини), отвечавший за подпольную работу, партийную разведку, оружие, поддельные паспорта, террор против новой фашистской власти Муссолини. Сохранились в архивах Коминтерна стенограммы этих бесед с Фортикьяри лидеров секретных коминтерновских структур Пятницкого и Мицкявичюса с привлечением главы ИНО ГПУ Трилиссера. В них бравый «товарищ Мартини» даже ставил вопрос о своем выходе для конспирации из ЦК ИКП и о том, чтобы его тайной группе работать напрямую с ОМС и с нелегальной комиссией Коминтерна, минуя собственный итальянский ЦК. На это, судя по коминтерновским архивным документам, ему добро не дали, посоветовав заодно не увлекаться актами индивидуального террора против лидеров фашистов и свернуть попытки внедрить кого-то из коммунистов в ряды спецслужбы режима Муссолини ОВРА, порекомендовав взамен попытаться подкупить кого-то из действующих чинов тайной полиции.

В Коминтерне существовал еще один засекреченный даже от многих аппаратчиков этой структуры отдел, носивший название «специального отдела». Он вел работу по проверке собственных кадров в Коминтерне и в руководстве зарубежных компартий, а также отвечал за поиск в заграничных компартиях засланных шпионов и провокаторов спецслужб капиталистических государств. Этот отдел плотно взаимодействовал с ГПУ – НКВД, но уже больше не с разведкой ИНО, а с отделом контрразведки КРО Артузова и со Спецотделом Бокия, который занимался схожими вопросами собственной безопасности внутри ГПУ. Возглавлял этот «спецотдел» Коминтерна, с 1932 года для конспирации названный уже отделом кадров Коминтерна, польский коммунист Краевский, в 1937 году по делу о «врагах народа» в Коминтерне он также арестован и вскоре расстрелян. До своего ареста Краевский составлял для НКВД «объективки» на тех сотрудников Коминтерна, кто уже попал в сферу внимания советской госбезопасности или уже был ею арестован, а после расстрела самого Краевского это продолжали делать его наследники в коминтерновском отделе кадров.

Из этого выросла следующая миссия Коминтерна в его взаимодействии с советскими спецслужбами – подбор кадров для работы советской разведки за границей, которые иногда прямо переходили в ряды ИНО НКВД или Разведупра Красной армии, а могли и оставаться при этом параллельно и сотрудниками Коминтерна. Со временем эта задача подбора кадров в сложных взаимоотношениях Коминтерна и советских спецслужб становилась ведущей, а к концу 30-х годов Коминтерн уже заметно напоминал агентство по подбору таких специфических кадров для советских спецслужб.

Многие деятели Коминтерна после работы в его аппарате по рекомендации начальства прямо забирались для работы ИНО НКВД или Разведупром Генштаба РККА. Так в военную разведку Разведупра перешла Айно Куусинен, жена Отто Куусинена, бывшая в Китае одной из связных с группой Зорге, в годы репрессий ее арестуют прямо в ночь под Новый, 1938 год и увезут в «Архипелаг ГУЛАГ», после выхода из которого Айно Куусинен опишет взаимодействие Коминтерна и советских спецслужб в своих мемуарах «Господь низвергает Своих ангелов».

Также репрессирован был известный польский коммунист Бронислав Бортновский, перешедший из аппарата Коминтерна в советскую военную разведку (в разведке Разведупра РККА он известен по слегка измененной фамилии Борковский или как Бронек), а в середине 30-х по приказу партии вновь вернувшийся в аппарат Коминтерна. В репрессии его расстреляли по тому же делу об антисоветской группе внутри Коминтерна.