На случай, если бы не удался план с шахтами, решено было трупы сжечь или похоронить в глинистых ямах, наполненных водой, предварительно обезобразив тела до неузнаваемости серной кислотой. Вернувшись наконец в город уже в восемь часов вечера того же дня, члены команды начали добывать все для этого необходимое: керосин, серную кислоту. Телеги с лошадьми были взяты из местной тюрьмы.

Комендант рассчитывал выехать в одиннадцать часов вечера, но инцидент с падением задержал команду, и, собрав все необходимое, они отправились к месту, где были спрятаны трупы, только в половине первого в ночь с 17-го на 18 июля.

Чтобы изолировать шахту (первую, старательскую) на время операции, в деревне Коптяки объявили, что в лесу якобы скрываются чехи, и поэтому его будут обыскивать, и приказали, чтобы никто ни под каким видом из деревни не выезжал. А если бы жители ослушались, то каждого, кто оказался в районе оцепления, расстреляли бы на месте.

Наступил рассвет 18 июля. У членов команды возникла мысль часть трупов похоронить тут же, у шахты. Они стали копать яму и почти уже выкопали ее, когда к Ермакову вдруг подъехал один его знакомый крестьянин, и оказалось, что он мог видеть яму. Пришлось отказаться от этой затеи, а трупы вывезти к глубоким шахтам. Так как телеги оказались непрочными и буквально разваливались на части, комендант отправился в город за машинами. Для этой цели был выделен грузовик и две легковые машины (одна для чекистов). В итоге в путь смогли отправиться только в девять часов вечера.

Процессия пересекла линию железной дороги и через некоторое время остановилась. Останки императорской семьи перегрузили на грузовик. Ехали с трудом, вымащивая опасные места шпалами, и все-таки застряли несколько раз. А около половины пятого утра 19 числа машина застряла окончательно. Не оставалось ничего другого, как, не доезжая до шахт, хоронить или жечь трупы. Последнее обещал взять на себя один малознакомый коменданту «товарищ», но он уехал, не исполнив обещанного.

Тела цесаревича Алексея и Александры Федоровны решили сжечь, но по ошибке вместо последней с Алексеем сожгли горничную Демидову. Останки похоронили тут же, под костром и снова развели огонь, что совершенно скрыло следы захоронения.

К семи часам утра закончили копать общую могилу. Трупы сложили в яму, облив серной кислотой как для неузнаваемости, так и для того, чтобы предотвратить смрад от разложения (яма была не слишком глубокой). Забросав останки императорской семьи землей и хворостом, сверху наложили шпалы и несколько раз проехали туда-сюда грузовиком – следов «захоронения» и здесь не осталось. Тайна была сохранена, этого места погребения белые отыскать не смогли.

Сообщение о расстреле всех членов царской семьи поступило в адрес секретаря Совнаркома Н. П. Горбунова для Я. М. Свердлова 17 июля 1918 года. Центральные советские газеты сообщили об этом 19 июля. Воспроизведем его полностью: «18-го июля состоялось первое заседание Президиума ЦИК 5-го созыва. Председательствовал тов. Свердлов. Присутствовали члены Президиума: Аванесов, Сосновский, Теодорович, Владимирский, Максимов, Смидович, Розенгольц, Митрофанов и Розин.

Председатель товарищ Свердлов оглашает только что полученное по прямому проводу сообщение от Областного Уральского Совета о расстреле бывшего царя Николая Романова.

В последние дни столице Красного Урала Екатеринбургу серьезно угрожала опасность приближения чехословацких банд. В то же время был раскрыт новый заговор контрреволюционеров, имевший целью вырвать из рук Советской власти коронованного палача. Ввиду этого Президиум Уральского Областного Совета постановил расстрелять Николая Романова, что и было приведено в исполнение 16 июля.

Жена и сын Николая Романова отправлены в надежное место. Документы о раскрытом заговоре высланы в Москву со специальным курьером.

Сделав это сообщение, товарищ Свердлов напоминает историю перевода Николая Романова из Тобольска в Екатеринбург после раскрытия такой же организации белогвардейцев, подготавливавшей побег Николая Романова. В последнее время предполагалось предать бывшего царя суду за все его преступления против народа, и только события последнего времени помешали осуществлению этого.

Президиум ЦИК, обсудив все обстоятельства, заставившие Уральский Областной Совет принять решение о расстреле Николая Романова, постановил: Всероссийский ЦИК, в лице своего Президиума, признает решение Уральского Областного Совета правильным».

Из рассказов современников произошедшей трагедии мы узнаем, что мало кто из населения России тех лет, поглощенного идеей всеобщего равенства и братства и грядущего «светлого будущего» для всех и каждого, сожалел о гибели императора (тем более что официальное сообщение об этом событии лгало о судьбе его наследника и императрицы и замалчивало судьбу его дочерей).

«В день печатания известия я был два раза на улице, ездил в трамвае и нигде не видел малейшего проблеска жалости или сострадания. Известие читалось громко, с усмешками, издевательствами и самыми безжалостными комментариями… Какое-то бессмысленное очерствение, какая-то похвальба кровожадностью. Самые отвратительные выражения – «давно бы так», «ну-ка поцарствуй еще», «крышка Николашке», «эх брат Романов, доплясался» – слышались кругом, от самой юной молодежи, а старшие отворачивались, безучастно молчали». Эти воспоминания ясно демонстрируют настроения, царившие тогда в народных массах.

Кроме семьи бывшего императора, в Екатеринбурге были уничтожены все члены дома Романовых, по различным причинам оставшиеся в России после революции, за исключением великого князя Николая Константиновича, умершего в 1918 году в Ташкенте от воспаления легких, и двух детей его сына Александра Искандера – Натальи Андросовой (1917–1999) и Кирилла Андросова (1915–1992), живших в Москве.

25 июля 1918 года, через восемь дней после расстрела царской семьи, Екатеринбург заняли части армии Колчака и отряды белочехов. В доме Ипатьева расположился штаб генерала Гайды, командующего Сибирской армией, начались поиски исчезнувшей царской семьи.

Военные власти белых образовали следственную комиссию, которая произвела осмотр шахты заброшенного рудника вблизи деревни Коптяки. 30 июля для расследования обстоятельств гибели царской семьи постановлением Екатеринбургского окружного суда был назначен следователь по важнейшим делам А. П. Наметкин. С 12 августа 1918 года расследование было поручено вести члену Екатеринбургского окружного суда И. А. Сергееву, который осмотрел дом Ипатьева, в том числе и полуподвальную комнату, где была расстреляна царская семья, собрал и описал вещественные доказательства, найденные в «доме особого назначения» и на руднике.

Почти одновременно с Наметкиным к расследованию дела об убийстве бывшего российского императора подключился начальник уголовного розыска города Екатеринбурга надворный статский советник капитан Александр Федорович Кирста. Кирста был назначен начальником уголовного розыска Екатеринбурга после ухода оттуда большевистских частей. Он должен был обеспечить розыскные мероприятия по поиску доказательств убийства царской семьи в Ипатьевском доме.