Каждому стрельцу было задано пять вопросов. Три касались намерений, с которыми они шли в Москву («Хотели ли и Немецкую слободу разорить и иноземцев, а на Москве бояр побить хотели ли?»; «Царевну Софью Алексеевну к себе во управительство имать хотели ли и по какой ведомости, по присылке ли от ней или по письму? И если бы царевна не пошла, кому бы у них быть во управлении?»). Остальные вопросы носили более или менее частный характер: царя интересовало, как бунтовщики поступили бы с солдатами Преображенского и Семеновского полков; как они намеревались поступить с самим царем, вернувшимся из-за моря: «Иметь ли его себе государем, или им жить было самовольно… или какой вор в начальники им был выбран?»

Помимо стрельцов к следствию были привлечены царевны Софья и Марфа Алексеевны, а также приближенные к ним лица, которые, по мнению Петра, выполняли роль посредников в сношениях царевны Софьи со стрельцами. Окружение царевен подвергалось таким же пыткам, как и стрельцы. Однако надежды царя добыть прямые улики против Софьи не оправдались.

Царь питал иллюзорную надежду добиться признания у самой Софьи. Она тоже не избежала допроса, правда, без применения пыток. В роли следователя выступал сам Петр, который не встречался с сестрой с 1689 года. Петр устроил для Софьи очную ставку, взяв с собой на допрос пятисотенного Артемия Маслова и стрельца Василия Игнатьева. По их показаниям, главари бунта получили письмо от Софьи. Однако царевна все обвинения в свой адрес отклонила, чем вызвала острое раздражение брата. Царевну Марфу Алексеевну тоже допрашивал Петр, но и она решительно отвергла все обвинения.

Еще не было завершено следствие, а уже 30 сентября начались казни стрельцов. Перед казнью им был объявлен указ с перечислением их вин: «В расспросе и с пыток все сказали, что было притить к Москве, и на Москве, учиняя бунт, бояр побить и Немецкую слободу разорить, и немцев побить, и чернь возмутить всеми четыре полки ведали и умышляли». Столица превратилась как бы в огромный эшафот, к которому свозили обреченных. Стрельцов вешали не только на специально сооруженных виселицах, но и на бревнах, вставленных в бойницы стен Белого города. Современник событий И.А. Желябужский записал: «По обе стороны сквозь зубцы городовых стен просунуты были бревна, и концы тех бревен загвожены были изнутри Белого города, а другие концы тех бревен выпущены были за город, и на тех концах вешаны были стрельцы». В октябре было совершено шесть массовых казней, причем 17 октября стрельцов не вешали, а отрубали им головы. В казнях участвовал и царь, он отрубил головы пяти стрельцам и принуждал это делать бояр. Не обладавшие необходимой сноровкой бояре действовали неумело и лишь усиливали мучения казненных.

В общей сложности в конце сентября — октябре было казнено 799 стрельцов. Более половины из них казнили без следствия. Жизнь была сохранена лишь молодым стрельцам в возрасте от четырнадцати до двадцати лет.

Надлежит отметить, что Петр принуждал участвовать в казнях и Лефорта, а также еще одного иностранца, командира Преображенского полка Блюмберга. Оба, однако, отказались, заявив, что в их странах не принято частным лицам выступать в роли палачей. Лефорту удалось смягчить гнев своего августейшего приятеля и в отношении Софьи. Петр намеревался круто расправиться и с ней, однако Лефорт убедил царя, что ему не следует проливать кровь своих родственников, ибо этот его поступок вызовет осуждение как внутри страны, так и за ее пределами.

Чем занимался Франц Яковлевич в эти насыщенные драматизмом дни?

В его обязанности входило и участие в суде над стрельцами, и ведение дипломатических переговоров, и устроение многочисленных обедов, на которых неизменно присутствовал Петр. Но более всего Лефорта, надо полагать, заботило завершение строительства его дворца.

Согласно повелению Петра, дворец Лефорта должен был быть готов ко времени возвращения Великого посольства в Россию. Но поскольку посольство прибыло в Москву ранее намечавшегося срока, закончить работы не успели: во дворце велась внутренняя отделка помещений. К началу 1699 года часть покоев была готова к заселению, обставлена необходимой мебелью, зеркалами, картинами и всем прочим. 27 января 1699 года Франц Яковлевич отправил в Женеву послание с кратким описанием покоев дворца:

«Прежде всего упомяну о большой зале, по отзывам многих превосходно меблированной; другие четыре комнаты убраны не менее прекрасно, но в разном виде. Одна из них оклеена вызолоченной кожею и снабжена дорогими шкапами; во второй помещены весьма редкие китайские изделия; третья обита желтою шелковою тканью (камкою) и в ней кровать в три локтя вышины с пунцовыми занавесами; четвертая увешана, по желанию его царского величества, сверху донизу морскими картинами и убрана, начиная от потолка, моделями галер и кораблей.

Есть еще десять комнат, из которых четыре ждут своего богатого убранства. Кругом здания на галереях будет поставлено до десяти малого размера пушек (в 1/2 и в 1/4 фунта пороха) и три батареи; одна из них, в тридцать орудий большого калибра, находится на противоположном берегу реки (Яузы) и обращена фронтоном к дому. До пятидесяти пушек поставятся еще вдоль прудов».

Артиллерия предназначалась для стрельбы во время торжественных празднеств. Первое из таких празднеств было связано с новосельем. Оно состоялось в январе 1699 года.

Более обстоятельные сведения об убранстве дворца можно извлечь из описи имущества Лефорта, составленной после его кончины по распоряжению Ф.А. Головина. Опись подтверждает слова Франца Яковлевича о превосходной меблировке комнат. В них в общей сложности находилось около семидесяти зеркал, множество разнообразной серебряной посуды: блюд, тарелок, блюдец, кружек, чашек, стаканов, кубков.

Комнаты были обставлены дорогой мебелью: кроватями, стульями, столами, диванами, креслами, подсвечниками. В описи было названо общее количество «морских картин», развешанных в одной из комнат, — тридцать одна картина в черных рамах, «да повешаны каторга, да четыре корабля».

Перечислены в описи постельные принадлежности, а также предметы туалета: одеяла, рукомойники, лохани. Отметим отсутствие в описи ножей и вилок, из чего следует, что гости пользовались во время угощений перстами.

Франц Яковлевич, по-видимому, был большим модником. В его гардеробе насчитывалось свыше сорока кафтанов разного цвета и покроя, изготовленных из разных материй, но почему-то небольшое количество штанов — всего пять.

Часть имущества, числившаяся за Лефортом, была передана после его смерти двору царевича Алексея Петровича: 50 стульев и кресел, две скатерти, 24 салфетки, 18 стремянных кубков. Кое-что перепало Меншикову: два кафтана суконные, два камзола, три китайских ковра, две китайские парчи, персона государя.

Вдова покойного получила два сорока соболей, соболье одеяло, 70 персидских овчин, 12 блюдечек, а также золотые вещи: запонки, чарки, стаканчики, золотую цепь, подаренную Лефорту Голландскими Штатами.

Из всего имущества, которым пользовался Франц Яковлевич, наиболее дорогим считалась серебряная посуда.