Наряду с береговой обороной началась подготовка к строительству военно-морской базы в Палдиски. 14 ноября 1939 г. Политбюро ЦК ВКП(б) утвердило изданное 15 ноября постановление Комитета обороны № 417сс «О строительстве базы и береговой обороны на Балтийском море», которое предусматривало:

«а) Установить следующий порядок работ по проектированию и строительству базы в Палдиски:

1) Разрешить Наркомфину СССР производить в 1939 и 1940 гг. финансирование работ Наркомстроя по строительству базы Палдиски без утверждения проектов и смет, по единичным расценкам, составленным Наркомстроем и согласованным с НКВМФ’ом.

2) Выделить Наркомстрою в 1939 году из резервного фонда СНК СССР для производства подготовительных и проектно-изыскательских работ по строительству базы в Палдиски – 25 млн рублей, из них:

на оборотные средства – 20 млн рублей

на производство подготовительных работ – 5 млн рублей.

б) Предложить НКВТ закупить для НКВМФ’а на строительство береговой обороны два плавучих крана:

1) Один грузоподъемностью 350 тонн, со сроком поставки в 1-м квартале 1942 года и

2) Один грузоподъемностью 175 тонн, со сроком поставки в 1-м квартале 1941 года»[522]. Соответственно, 18 ноября нарком ВМФ издал приказ № 0039/пр, в котором был утвержден порядок проектирования и строительства военно-морской базы в Палдиски. Срок окончания ее сооружения был определен на конец 1942 г. Оперативно-тактическое задание на строительство базы следовало выдать НКСтрою к 15 декабря 1939 г.[523].

20 декабря 1939 г. нарком ВМФ направил председателю СНК СССР докладную записку № 4280/сс, в которой указал, что 15 декабря в соответствии с постановлением Комитета обороны № 417сс от 15 ноября было утверждено и выдано НКСтрою тактико-техническое задание на строительство военно-морской базы в Палдиски. Предполагалось, что полностью база будет готова к 1 января 1943 г., а ориентировочная стоимость ее сооружения оценивалась в 502 млн руб. Нарком просил выделить на 1940 г. кредиты НКСтрою в 120 млн руб. для подготовки фронта работ и проведения подготовительного строительства, чтобы к концу года можно было бы принять 13 тыс. рабочих и ИТР[524]. После ряда согласований[525] Политбюро ЦК ВКП(б) 25 февраля 1940 г. утвердило изданное в тот же день постановление Комитета обороны № 90сс «О строительстве военно-морской базы в Палдиски», согласно которому для этого из резервного фонда СНК СССР выделялось дополнительно 120 млн руб., НКВМФ следовало сформировать сверх штата и в период с 1 апреля по 1 июня 1940 г. передать НКСтрою 6 строительных батальонов по 1 200 человек каждый. НКСтрою разрешалось в месячный срок привлечь 3 000 вольнонаемных строителей и ИТР, организовать завоз из СССР отсутствующих в Эстонии стройматериалов и обеспечить снабжение советских строителей питанием и товарами широкого потребления. Через НКВТ следовало привлекать местных подрядчиков на подготовительные и жилищно-строительные работы, организовать аренду помещений, оборудования, транспорта и плавучих средств, приобретать местные стройматериалы, а также передавать мелкие ремонтные работы и заказы на местные заводы. К 1 апреля 1940 г. НКСтрою следовало представить на утверждение смету валютных расходов, а до ее утверждения выделялось 2 млн эстонских крон[526].

Кроме того, еще 20 декабря 1939 г. нарком ВМФ направил председателю Экономического совета при СНК СССР А.И. Микояну докладную записку № 4325/сс, в которой со ссылкой на постановление Комитета обороны № 417сс от 15 ноября 1939 г. предлагал привлечь эстонских подрядчиков для строительства не военных объектов и заготовки стройматериалов, а также просил выделить 7 795 тыс. крон[527]. 4 января 1940 г. Политбюро ЦК ВКП(б) утвердило изданное в тот же день постановление ЦК ВКП(б) и СНК СССР № 25-11сс «О передаче части работ Народным Комиссариатом Военно-Морского Флота в Эстонии местным подрядчикам», согласно которому их разрешалось привлекать на необоронительное строительство и заготовку стройматериалов, для чего наркомату ВМФ выделялось 7,5 млн. крон[528]. 16 января нарком ВМФ направил в ЦК ВКП(б) и СНК СССР докладную записку № 175/сс, в которой со ссылкой на постановление Комитета обороны № 417сс от 15 ноября 1939 г. просил об утверждении базирования КБФ в портах Латвии и использовании местных рабочих для строительных работ и заготовки стройматериалов, для чего следовало выделить 7,2 млн латов[529]. 7 февраля 1940 г. Политбюро ЦК ВКП(б) утвердило изданное 8 февраля постановление Комитета обороны № 175сс «О передаче НКВМФ части строительных работ в Латвии местным подрядчикам», согласно которому их разрешалось привлекать на необоронительное строительство и заготовку стройматериалов, для чего наркомату ВМФ выделялось 7,2 млн латов[530].

9–10 февраля в ходе заседания смешанной советско-эстонской комиссии советская сторона поставила вопрос об ускорении эвакуации местного населения из районов намеченного оборонительного строительства для КБФ в Палдиски и на полуострове Пакри. Эстонская сторона выразила готовность эвакуировать до 40 % населения из Палдиски к 1 июня и с Пакри к 1 августа 1940 г., но предложила, чтобы «по мере выстройки базы в Палдиски и других баз на островах туда будут оттянуты части вооруженных сил СССР из районов временного их расположения»[531]. 19 февраля совещание заместителей наркома иностранных дел СССР приняло решение поручить советским полпредам в Эстонии, Латвии и Литве оказать необходимое содействие торгпредам в заключении договоров на аренду земельных участков и строений и проследить за подписанием их в установленные СНК СССР сроки. Следовало добиться от латвийского и литовского правительств сходных, льготных цен на арендуемые участки и строения, а также разрешения на расквартирование семей начальствующего состава в прилегающих к военным городкам поселениям. В Эстонии следовало добиться отмены монопольных цен, фактически устанавливаемых министерством хозяйства при заключении сделок на снабжение расквартированных там советских войск. Кроме того, советские полпреды в Прибалтике должны были форсировать подписание соглашений о порядке перехода границы воинскими частями, командами и отдельными военнослужащими[532]. Тем временем 6 февраля командир 65-го ОСК передал эстонской стороне «официальный запрос на предмет отчуждения земельных участков, на которых должно производиться строительство военных объектов в 1940 году». В ответ 22 февраля военное министерство Эстонии заявило о желательности начинать строительство в районе Палдиски и на островах Сааремаа и Хийумаа, а не в районах временного расквартирования корпуса (Хаапсалу, Клоога, Лихула, Куузику и Кехтна). 26 февраля эти разногласия стали предметом обсуждения в смешанной советско-эстонской комиссии, которая приняла решение «передать вопрос об отчуждении земельных участков под строительство военных городков в районе Гапсаль [Хаапсалу] на разрешение дипломатическим путем между обоими правительствами»[533].