27 января заместитель наркома обороны командарм 2-го ранга А.Д. Локтионов направил в Комитет обороны докладную записку № 606894/сс, в которой сообщал, что предварительные подсчеты стоимости строительства для 65-го ОСК составляют 27 477 тыс. крон, для 2-го ОСК – 30 308 тыс. латов и для 16-го ОСК – 28 400 тыс. литов. Кроме того, необходимо в советской валюте для проектирования и содержания контрольного аппарата 5 млн руб. (по Эстонии – 1,8 млн руб., по Латвии – 1,8 млн руб., по Литве – 1,4 млн руб.)[505].

В отличие от сухопутных войск у флота возникло больше проблем с размещением в новых местах базирования. Как мы видели, первоначально командование советского Военно-морского флота намеревалось разместить в новых прибалтийских базах большую часть КБФ. Однако выяснилось, что порты Эстонии и Латвии просто не могли вместить такого количества кораблей, поскольку в них отсутствовали оборудованные необходимыми техническими средствами места для стоянок кораблей, не хватало емкостей для хранения топлива и систем для его быстрой подачи на корабли с берега. Также флот не имел на берегу складов и кладовых для хранения предметов довольствия, не нужных ему при выходах в море. Зачастую не было электроэнергии, смазочного масла, котельной и питьевой воды и пара. Даже наиболее развитые порты Таллина и Лиепаи были не в полной мере обеспечены необходимыми техническими средствами. В остальных портах следовало содержать плавучие базы флота. Все это потребовало резко сократить планы базирования кораблей КБФ в Прибалтике.

28 декабря 1939 г. нарком Военно-морского флота (ВМФ) флагман флота 2-го ранга Н.Г. Кузнецов направил председателю Комитета обороны докладную записку № 4465/сс, которой сообщал, что базирующиеся в Таллине и Лиепае корабли не обеспечены электроэнергией и пресной водой с берега. Докладывая о предпринятых мерах, нарком ВМФ сообщал о заключении в Таллине договора на частичное обеспечение кораблей электроэнергией и разработке плана подведения воды к причальной линии. В Лиепае заключен договор о производстве ремонта кораблей вне очереди и предоставлении КБФ сухого дока с 36 часовой готовностью, а также произведен осмотр законсервированной электростанции на территории военного городка, для введения в строй которой были необходимы материалы и электрооборудование. Для навигационного и мелкого аварийного ремонта следует перебросить в Лиепаю несамоходную плавучую мастерскую. Указывая, что порты Таллин и Лиепая в условиях зимы являются главными опорными пунктами КБФ, нарком просил срочно решить этот вопрос[506]. Соответственно уже 5 января 1940 г. было издано постановление Комитета обороны № 15сс «Об обеспечении электроэнергией и пресной водой кораблей Краснознаменного Балтийского Флота, базирующихся на порты Таллин и Либава [Лиепая]», которым НКВТ обязывался заказать монтаж и установку трансформаторов для электропитания кораблей в Лиепае и Таллине, заказать укладку водопровода к причальной линии КБФ в Таллине, а также приступить к переговорам по передаче НКВМФ электростанции и водокачки, расположенных на территории военного городка в Лиепае. Для проведения этих мер НКФ следовало выделить валютный контингент в 300 тыс. руб.[507]. 10 января это постановление было утверждено Политбюро ЦК ВКП(б)[508].

Еще одной проблемой КБФ стал вопрос о текущем ремонте базирующихся в Прибалтике кораблей. 18 ноября 1939 г. нарком ВМФ направил председателю Экономического совета при СНК СССР А.И. Микояну доклад № 3757/с, в котором указывал, что для обеспечения осенне-зимнего судоремонта в Лиепае учебного корабля «Ленинградсовет», 3 подводных лодок «П» и тральщиков «Буй» и «Патрон» необходимо 450 тыс. руб. Для ремонта в Таллине эсминцев «Карл Маркс», «Володарский», «Энгельс», 7 подводных лодок «Щ» (докование) и плавбазы «Полярная Звезда» требуется 1 600 тыс. руб. Для ремонта в Вентспилсе плавбазы «Смольный» и 3 подводных лодок «С» (докование) нужно 190 тыс. руб. Кроме того, необходимо выделить резерв в сумме 1 400 тыс. руб. Выявлена возможность и существует предварительная договоренность о проведении части ремонтных работ на заводах Эстонии и Латвии. Остальные корабли будут ремонтироваться плавучей мастерской «Серп и молот» на сумму 3 600 тыс. руб. Нарком просил выделить необходимые фонды и сообщал, что цены будут уточнены при заключении договоров[509]. Однако в ходе согласования этого предложения сначала был сокращен резерв до 1 млн руб., а затем 20 декабря НКВТ предложил сократить общие расходы по ремонту судов до 2 млн руб.[510]. В итоге, 30 декабря Политбюро ЦК ВКП(б) утвердило изданное 31 декабря постановление Комитета обороны № 460сс «О ремонте в 1940 году кораблей РКВМФ, базирующихся в портах Эстонии и Латвии», согласно которому на эти нужды выделялось 1 200 000 рублей в эстонских кронах и 800 000 рублей в латвийских латах. НКВТ и НКВМФ должны были обеспечить сдачу заказов[511].

В целом КБФ встретился с большими сложностями при проведении перебазирования в новые прибалтийские базы, находившиеся на территориях иностранных государств, которые взяли на себя определенные обязательства по их охране. Однако полностью доверять военному командованию этих стран тоже было нельзя. Поэтому все корабли и части флота были вынуждены постоянно находиться в состоянии повышенной боевой готовности, чтобы обезопасить себя на случай внезапного нападения с моря или воздуха. Подавляющее большинство необходимого для флота горючего, продовольствия и имущества приходилось либо иметь на кораблях, либо перевозить по морской коммуникации Кронштадт – Таллин – Лиепая. Исходя из этого, нарком Военно-морского флота еще 4 октября 1939 г. направил в ЦК ВКП(б) докладную записку № 3074/сс: «В связи с тем, что часть кораблей Краснознаменного Балтийского флота в ближайшие дни должна быть перебазирована на эстонские порты, необходимо установить систематические перевозки из Кронштадта в новые места стоянки и размещения частей и обратно для доставки личного состава, всех видов снабжения, строительных материалов и т. п. Все эти перевозки наиболее целесообразно проводить на специальных транспортах, с военной командой и под флагом вспомогательных судов Военно-Морского флота. Балтийский флот таких судов не имеет, поэтому необходима передача судов из Наркомморфлота. Предлагаемый способ сообщения является наиболее целесообразным и потому, что он не будет подлежать какому бы то ни было контролю и таможенным формальностям и транспорта смогут беспрепятственно проходить любыми фарватерами и в любые районы. Прошу распоряжения о передаче Наркомвоенморфлоту от Наркомморфлота СССР из числа пароходов, находящихся в Балтийском бассейне, пароходов «Луга» и “Балхаш”»[512].