Поворот советского руководства в религиозной политике и заключение «конкордата» с РПЦ население оценивало в основном положительно, хотя были и отрицательные оценки происходящего. В частности, высказывались мнения, что правительство пошло навстречу церкви «под давлением Англии и США», что совершается ошибка, так как церковь теперь могла «сама начать влиять на государство». Некоторые люди совершенно не понимали, почему произошло изменение политики, и высказывали надежду, что союз государства с церковью будет только во время войны[1024].

Заключительный период войны стал временем заката Обновленческой церкви, которая, как уже отмечалось, была принесена в жертву «конкордату». Следует согласиться с мнением, что советскому руководству стало понятно, что Обновлеченская церковь имела незначительное число сторонников, материальный вклад обновленцев в победу был еще менее значительным в сравнении со вкладом РПЦ[1025]. В 1944–1945 гг. в РПЦ вернулись многие священники и церковные здания обновленцев[1026]. К августу 1944 г. в СССР осталось только 147 обновленческих храмов (большинство из них — в Краснодарском и Ставропольском краях). В Москве из шести храмов остался единственный, в котором служил сам глава обновленцев А. Введенский. После его смерти в 1946 г. Обновленческая церковь окончательно сошла на нет. Также после 1943 г. были ослаблены и со временем исчезли такие сектантские движения, как «Истинно-православные христиане», григориане, иосифляне[1027].

19 мая 1944 г. при СНК СССР был создан Совет по делам религиозных культов, в задачу которому было поставлено «осуществление связи между Правительством СССР и руководителями религиозных объединений: армяно-григорианской, старообрядческой, католической, греческо-католической, лютеранской церквей и мусульманского, иудейского, буддийского, сектантского вероисповеданий». Одним из важнейших шагов Совета по делам религиозных культов стало принятие 19 ноября 1944 г. постановления «О порядке открытия молитвенных зданий религиозных культов», согласно которому молитвенное здание могло было открыто по ходатайству в местные органы власти группы в составе не менее чем двадцати верующих. Местные власти должны были направлять ходатайство в Совет по делам религиозных культов[1028].

В то время как создание Совета по делам религиозных культов должно было служить урегулированию в конструктивном духе взаимоотношений между государством и конфессиями, положение Украинской греко-католической церкви (УГКЦ), после освобождения Красной армией территории Западной Украины, где проживало подавляющее большинство ее приверженцев, стало непрочным. Наличие на территории СССР Униатской церкви с ее 3,5 млн членов, без сомнения, оставалось проблемой для советского руководства потому, что униатство, во-первых, связывалось с проблемой украинского национализма, а во-вторых, рассматривалось как инструмент влияния Ватикана. В то же время ликвидация УГКЦ изначально не была единственным запланированным решением. Советское руководство рассчитывало на то, что удастся «советизировать» эту конфессию, так как к лету 1944 г. митрополит А. Шептицкий обозначил свою лояльность к советской власти. А. Шептицкий, получив чрезвычайные полномочия от папы Пия X, стал почти «патриархом униатов» и пользовался большим уважением среди населения Западной Украины. В сентябре 1944 г. он выступил на Соборе униатского духовенства с речью, в которой провозгласил, что не выступает против коммунизма, а также осудил УПА и ОУН-Б (в то же время это было его личным мнением, которое не разделяло большинство священнослужителей УГКЦ). Советское руководство приняло решение развить сотрудничество с А. Шептицким[1029], который пользовался большим авторитетом среди населения Западной Украины[1030]. Это начинание не удалось воплотить в жизнь, так как 1 ноября 1944 г. А. Шептицкий скончался.

После смерти главы УГКЦ советские органы власти продолжали действовать по отношению к этой конфессии осмотрительно. Немедленного отказа от диалога с ней не последовало. В декабре 1944 г. в Совете по делам религиозных культов был принят представитель УГКЦ архимандрит К. Шептицкий[1031]. Однако скоро стало очевидным, что «униатская проблема» не может игнорироваться в связи с ростом националистических проявлений на Западной Украине[1032] и взятого курса на борьбу с Ватиканом (были опасения, что УГКЦ может полностью перейти в католичество). Поэтому советское руководство приняло решение о ликвидации УГКЦ. В марте 1945 г. был арестован преемник А. Шептицкого митрополит И. Слипый, пять епископов и несколько священников УГКЦ. В апреле 1945 г. внутри УГКЦ была создана инициативная группа священнослужителей, заявивших о разрыве с Ватиканом[1033]. В 1946 г. эта группа осуществила ликвидацию УГКЦ и переход греко-католических приходов в РПЦ.

Непосредственное участие в ликвидации УГКЦ и возвращении ее в лоно православия принимала РПЦ. 19 марта 1945 г. патриарх Алексий издал послание «Пастырям и верующим греко-католической церкви, проживающим на древле-галицкой земле, в западных областях Украинской ССР», в котором он апеллировал к тому, что «сейчас… воссоединена русская земля в древних своих границах» и теперь все православные могли бы «молиться совместно в наших святых храмах едиными устами и единым сердцем». Патриарх призвал униатов порвать «узы с Ватиканом, который ведет… к мраку и духовной гибели» и «вернуться в объятия… родной матери — Русской Православной Церкви». В такой редакции послание патриарха Алексия было санкционировано В. М. Молотовым[1034]. Необходимость борьбы с униатством понималась советскими и партийными органами на местах. В частности, в уже упоминавшихся тезисах отдела пропаганды и агитации Дрогобычского обкома КП(б)У от 15 апреля 1945 г. ставилась задача «вести разговор со священниками греко-католической церкви в направлении идейного и организационного разрыва с римским католицизмом, за очищение греко-католической церкви от католизации, за ее идейное и организационное объединение с православным Востоком»[1035]. Хотя авторы тезисов были наказаны за такие идеи, они всего лишь немного предвосхитили ход событий.