На «Ильиче» спасенных доставили на родину. 26 декабря 1939 г. пароход прошел остров Аскольд, где его встретил небольшой ледокол «Казак Поярков». С него на борт «Ильича» перешли несколько командиров НКВД и около пятидесяти солдат. Пассажиров «Индигирки» загнали в трюм, поставили часовых. К причалу Владивостока судно встало в полночь. У сходивших на берег не было ни документов, ни денег. Как вспоминали очевидцы, ущерб потерпевшим так и не возместили. Не было им и доверия со стороны НКВД: подозревали, что японцы могли завербовать кое-кого из спасенных в шпионы. Ходили слухи, что дети, которых спасли, вскоре все умерли: сказались переохлаждение и нервное напряжение.

15 января 1940 г. арестовали Н. Л. Лапшина и В. Л. Песковского, а 13 февраля — Т. М. Крищенко и И. П. Копичинского. Лапшин и Копичинский признали себя виновными полностью, Песковский и Крищенко — частично. Дело рассматривал военный прокурор. Причиной катастрофы назвали непрофессионализм капитана Лапшина, ранее работавшего в совершенно ином навигационном районе. Согласно протоколу, незнание района плавания капитаном Лапшиным подтверждается тем, что он вышел в рейс в ненавигационный период с двумя штурманами, причем, когда старший штурман ушел с судна до выхода в рейс, Лапшин возложил его обязанности не на второго помощника Песковского, а на третьего помощника Крищенко, вчерашнего матроса, только что закончившего краткосрочные курсы штурманов малого плавания. Кроме того, не открыв поворотный маяк «Анива», то есть не зная точку поворота, не определив изобату, капитан проложил курс на пролив. Наконец, при ограниченной видимости и проходящих зарядах снежной пурги он допустил, что увиденные всполохи огня — это маяк Камня Опасности. В итоге Лапшина приговорили к высшей мере наказания, Копичинский и Песковский получили по 10 лет исправительно-трудовых лагерей и Крищенко — пять лет.

Безусловно, в причинах крупнейшей на Дальнем Востоке аварии нужно винить сталинский режим. Но и на членах экипажа «Индигирки» лежит вина за гибель огромного числа пассажиров: они попросту сбежали с судна, оставив на нем гибнущих людей. Из экипажа погибли четверо — те, кто в панике первыми покинули судно. Никаких официальных сообщений о гибели «Индигирки» не последовало ни в СССР, ни в Японии: судно принадлежало Советскому Союзу, который воспринимался в Японии как враждебная страна. Японцы передали советским властям прах всех погибших. Остается только догадываться о том, что было дальше. Вероятней всего, прах захоронили в братской могиле на Морском кладбище Владивостока, но никаких свидетельств этого пока не найдено.

Епископ Сергий оказался достойным преемником владыки Николая. В совершенстве овладев японским языком, он провел и первую реорганизацию православной миссии. Среди японцев русские находили немало настоящих друзей, искренне им помогавших. Много их было среди православных японцев. Особую роль играл протоирей Токийского собора о. Семен Мий. Н. П. Матвеев так вспоминал о нем: «В настоящее время пребывающие здесь русские эмигранты хорошо познакомились со страною, освоились с языком и могут, — по крайней мере, большинство из них, — обходиться своими средствами в разных случаях жизни. Не то, конечно, было в начале пребывания здесь… Они не могли вести никаких дел, даже самых маленьких, без посредников, причем платить за услуги большинство эмигрантов, по бедности, не могло. И вот, с самых первых шагов в Ниппоне, им шли на помощь друзья-ниппонцы, среди которых сразу же выделился С. С. Мии, который неизменно шел на помощь эмигрантам». Русские эмигранты обращались через митрополита Сергия к верховным иерархам с ходатайством дать японскому священнику сан епископа. Отец Мии отказался от этого предложения по причине возраста: ему уже было около 80 лет.

Огромный урон имуществу Японской православной миссии нанесло знаменитое землетрясение 1 сентября 1923 г. От Вознесенского собора остались одни стены, а колокольня переломилась пополам и упала. Оба здания миссии вместе с библиотекой, находившейся рядом, сгорели. Отец Сергий не отчаялся и собрал экстренный Собор, на котором было решено сдать в аренду участок земли со зданием семинарии и женским духовным училищем. Земельный участок в Мацуяме, на котором стояла Свято-Николаевская церковь, был продан за 15 тысяч иен. В этом городе православных не было, и церковь, построенную в 1906 г. в память умерших там военнопленных, перевезли в Токио и установили в ограде собора. Тогда же отстроили и архиерейский дом. Весной 1925 г. Министерство иностранных дел Японии выделило на восстановление миссии 15 тысяч иен, на которые отремонтировали библиотеку, где разместили сохранившиеся 3000 книг. Восстановительные работы начались в конце 1920-х гг. Руководил ими японский мастер Синъитиро Окада. Он стремился доподлинно следовать плану архитектора Щурупова, тем не менее внес некоторые коррективы в проект: несколько изменил купол, колокольню и часть интерьера.

Поскольку религиозная литература из Советской России перестала поступать, архиепископ Сергий развернул большую издательскую деятельность, в частности, с ноября 1925 г. стал выпускать журнал на японском языке «Акебоно» (Заря). Собирая пожертвования, он объехал всю Японию, посетил Корею и Маньчжурию. В 1928 г. указом Московской патриархии Сергий был награжден бриллиантовым крестом для ношения на клобуке, а через три года был возведен в сан митрополита.

В мае 1928 г., приехав в Харбин, священник выслушал много упреков в том, что продолжает общаться с Москвой, несмотря на те гонения, которым подвергается православная церковь в Советской России. Тогда же священнослужитель сделал доклад о положении православной церкви в Японии. «Японская православная церковь, — подчеркивал он, — является не одной из епархий православной церкви русской, но совершенно самостоятельной церковью, чисто японской религиозной организацией, подчиняющейся юрисдикции японского министерства народного просвещения, по департаменту религиозных дел, и в нем зарегистрированной». Уезжая из Маньчжурии, архиепископ Сергий уговорил главу Корейской духовной миссии архимандрита Феодосия переехать в Японию и стать ему помощником. Феодосий был одним из самых высокообразованных богословов, его перу принадлежало много интересных работ. К глубокому огорчению архиепископа Сергия, Феодосий заболел крупозным воспалением легких и скончался в Токио 23 января 1933 г.

Русская православная миссия продолжала сохранять в Японии прочное положение. Церковно-общественный журнал «Хлеб Небесный», выходивший в Харбине, привел факты о русском присутствии в Японии. К 1927 г. Молитвенный дом с русским священником имелся в Кобе, семь — восемь русских домов в Нагасаки обслуживались православной церковью г. Осака, в самой Осаке, а также в Сендае, Саппоро, Отсуду, Кусиро находилось от одного до шести русских домов, в Хакодате — семь — восемь домов, в Токио русские жили в 20 домах.