Вечером 11 декабря, когда на вахте стоял старший помощник капитана Крищенко, судно прошло траверз маяка «Анива», оставив его к норду примерно в расстоянии четыре мили, и легло по указанию капитана на новый курс. «Когда ложился на курс от м. Анива, — давал позднее показания Н. Л. Лапшин, — я предупредил обоих помощников, что в случае, если не откроется маяк, или будет плохая видимость, то лягу на (курс) и уйду до утра в залив Анива. Но дрейф я не взял, потому что п/х «Индигирка», как я убедился раньше, будучи в балласте и с большим дифферентом, сильно идет на ветер. Бросать лоты Томсона я не считал необходимым, так как в этом месте считал себя в безопасности. Кроме того, глубина здесь идет довольно ровно, а имея открытый огонь маяка «Камня опасности», тем более был уверен, что смогу его обойти». Поскольку должности третьего и четвертого помощников капитана оставались вакантными, капитан нес вахту с 20.00 до 24.00.

В полночь 12 декабря вахту принял второй помощник капитана Песковский, но капитан Лапшин остался на мостике вместе с ним. Погода ухудшилась настолько, что судно полностью накрыло пургой. Наличие на борту пассажиров требовало особой осторожности и бдительности при судовождении, между тем капитан пошел на риск, желая пройти пролив Лаперуза, невзирая на шторм. Без груза, имея большую парусность, «Индигирка» сильно дрейфовала влево. Больше того, заметив в 1.20 справа по носу огонь маяка, капитан и вахтенный помощник ошибочно приняли его за маяк «Камень опасности» и решили, что находятся правее курса. Позднее судоводителей обвинят, что при неблагоприятных для плавания метеорологических условиях и возможности ошибок в счислении они ни разу не приняли мер к определению местонахождения судна путем промера глубин. Легко сказать… Попробовали бы проверяющие промерить глубины в бушующем море!

Временами пароход шел по шуге. Скорость составляла 8,2–8,3 мили при сильном течении. В 2.15 помощник увидел справа два ярких огня, расположенных таким образом, что моряки приняли их за люковые огни встречного парохода. Тогда же обнаружили впереди белые пятна бурунов, и капитан отдал распоряжение: «Право на борт!» Когда же поворот на ветер не удался, он дал команду «Лево на борт!», и судно, подхваченное ветром, быстро покатилось влево. «Дать задний ход я считал невыгодным, так как машина не могла бы отработать назад из-за близости белых пятен. Кроме того, судно, будучи совершенно пустым и имея большой дифферент на корму, а также ветер и течение справа, получило бы при заднем ходе только большой дрейф». Примерно через пять минут после того, как открылись признаки берега, судно получило удар подводной частью левого борта у трюма № 2 о банку, после чего машине была дана команда «стоп». Гребной винт от удара о камни заклинился, и машина вышла из строя. В днище судна раздался страшный грохот, похожий на взрыв глубинной бомбы, на борту погас свет, и в полной темноте среди пассажиров возникла паника. «Индигирку» накренило, течением ее вынесло на мелководье в 800 м от берега в районе Хамаонисибецу. Судно начало быстро крениться на правый борт, но не затонуло. Капитан немедленно послал мерить воду и запустить все помпы.

Пароход наскочил на скалу Морской Лев, находящуюся в 1500 м от побережья у поселка Саруфуцу в округе Соя на острове Хоккайдо. Получив пробоину, судно до двадцати минут находилось на плаву, затем сдрейфовало около одной мили на зюйд-вест, получило ряд сильных ударов правым бортом о подводные камни и начало быстро крениться. Рулевая, штурманская и радиорубка сорвались и ушли в море. Вода сорвала с кормового трюма доски и брезент, которыми он был закрыт. При крене 70 градусов сильными накатами волн была смыта группа пассажиров, находившихся на верхней палубе. Каждая волна уносила за борт десятки кричавших от ужаса людей. Многие от страха лишались рассудка, цеплялись друг за друга и гибли в пучине. Огромная пробоина образовалась в носовой части — как раз том месте, где располагался трюм № 1 с заключенными. Лапшин отдал распоряжение вывести всех людей из трюмов, но стрелок у трюма открыл стрельбу по выходящим. Позднее сказали, что он застрелился. В трюме № 4 бывшие заключенные загородили вход на трап и начали грабить пассажиров.

В 2.50 «Индигирка» окончательно легла на грунт правым бортом, углубившись в воду на 9 метров и возвышаясь над уровнем моря на 4 метра. В момент первого удара о подводные камни по радио был передан сигнал SOS, но никаких судов вблизи не оказалось, и немедленной помощи никто оказать не мог. Желая спасти судно и людей, капитан хотел выброситься ближе к берегу, но машина ходу не дала: как позднее обнаружилось, винт заклинило в рулевой раме. Радисту было дано распоряжение о повторном сигнале SOS. На него ответили пароход «Маныч», японская станция и какой-то японский пароход. В панике капитан не успел взять карту и журнал, так как пробраться в рубку при таком большом крене было невозможно.

Из-за густого снега нельзя было разглядеть ничего вокруг. Матросы все же смогли отвязать и спустить на воду шлюпку. Одним из первых в нее спрыгнул начальник охраны. Тут отпустили концы, и шлюпка скрылась… После этого судно легло на правый борт, и вода не доходила до комингса трюмов на фут — полтора, но оставшиеся там люди не могли выбраться наружу: их разбивало зыбью о борт. Впоследствии все же удалось отловить и вытащить на борт несколько человек. Пассажиры, охваченные паникой, при отсутствии каких-либо спасательных принадлежностей, бросились из трюмов на палубу, метались там и падали за борт при усилении крена.

В спущенную на воду шлюпку правого борта уселись восемь членов команды, причем четверо — самовольно, и два пассажира. Они перерезали фалини, и шлюпка отошла от борта. Из них остались живы лишь пятеро: четверо из команды и один пассажир. С трудом выбравшись на сушу, они заметили огонь в домишке, стоявшем прямо на берегу, туда и постучали. Таким образом рыбак Дзин Гэнъитиро стал первым, кто узнал об этой аварии. При виде продрогших иностранцев он понял, что в море произошла какая-то авария, и разбудил своего младшего брата Дзина Гэндзо, который жил по соседству. Правда, тот совсем по-другому истолковал появление чужеземцев, решив, что это советские войска высадились на остров, и быстро облачился в форму матроса спасательной службы. Реакцию японца можно понять: после конфликта на Халхин-Голе японо-советские отношения серьезно осложнились.

Начальник полицейского участка в г. Вакканай полицейский инспектор Такэиси Исаму, получив сообщение об аварии от Дзина Гэндзо, приказал судам «Сосуй-мару» (25 тонн) из спасательного отряда «Кита-Нихон» и «Саньё-мару» (2100 тонн) заняться спасательными работами. На борт зафрахтованного армией судна «Сосуй-мару» поднялся и майор инженерно-строительных войск Танабэ Риити, начальник отделения штаба по строительству оборонных сооружений в округе Соя. Он узнал по телефону от местного отделения губернского управления в Соя, что советское судно потерпело аварию в море в районе Хамаонисибецу и поселка Саруфуцу и просит о помощи. «Сосуй-мару» вышло из порта Вакканай к месту аварии, но из-за сильного шторма не смогло обогнуть мыс Соя и вынуждено было, вернувшись в Вакканай, дожидаться хорошей погоды.