Однако единой точки зрения по ряду вопросов оперативного применения ВВС в войне, особенно по вопросам борьбы за господство в воздухе, среди руководящего состава еще не было. Некоторые участники совещания, преувеличивая весьма ограниченный боевой опыт войны в Испании и свой личный опыт, недооценивали действия ВВС фашистской Германии по быстрому разгрому польской и французской авиации, достигнутому главным образом путем внезапных массированных ударов по аэродромам.

Различное толкование вопросов оперативного применения ВВС в войне сказалось в какой-то степени и на организационной структуре ВВС. Был сделан вывод, не оправдавший себя в Великой Отечественной войне, о необходимости деления авиации на армейскую, специально предназначенную для взаимодействия с войсками армий, и фронтовую, действующую по плану фронта. Этот вывод был сделан на основе боевого опыта, полученного в боях у р. Халхин-Гол (май – сентябрь 1939 г.) и в конфликте с Финляндией (30 ноября 1939 г. – 13 марта 1940 г.). Применительно к подобным малым войнам деление авиации на армейскую и фронтовую было вполне обоснованным. Однако в большой войне с сильным противником, где требовалось массирование усилий и централизация управления всех участвующих в операции сил авиации, такая организационная структура была неприемлема. Таким образом, в предвоенные годы в советском оперативном искусстве в основном правильно рассматривались вопросы оперативного применения ВВС в наступательных и оборонительных операциях. Многие положения теории оперативного искусства ВВС были проверены на крупных учениях и маневрах, проводившихся в предвоенные годы. Наряду с этим в нашей военной теории были и слабо разработанные аспекты. Недостаточно разработаны были проблемы отражения внезапного нападения противника, ведения совместных действий ВВС с сухопутными войсками при стратегической обороне, приведения войск и авиации в повышенную и полную боевую готовность.

С большой интенсивностью накануне войны проводилась боевая подготовка частей и соединений дальнебомбардировочной авиации. Только в первой половине июня 1941 года экипажи налетали 8614 часов, из них 1032 часа ночью, а 679 часов было затрачено на высотную подготовку. За это время было произведено 1400 маршрутных полетов, 1839 бомбометаний на полигонах и 1560 воздушных стрельб. Дальнебомбардировочная авиация имела и небольшой боевой опыт, полученный при участии в советско-финляндском конфликте. В январе-марте 1940 года она совершила 2129 боевых самолето-вылетов по железнодорожным узлам, станциям, военным заводам и портам. Мартовский (1940 г.) пленум ЦК ВКП(б) и специальное совещание руководящих командных и политических работников (апрель 1940 г.) потребовали перестроить боевую подготовку войск в соответствии с новым опытом, полученным в ходе боевых действий в Испании, у реки Халхин-Гол и на Карельском перешейке. В связи с этим в учебе авиаторов особое внимание обращалось на глубокое усвоение характера современных боевых действий, воспитание готовности к борьбе с сильным противником. В соответствии с требованиями мартовского пленума Центрального Комитета партии Наркомат обороны принял срочные меры по расширению сети летных военных учебных заведений, совершенствованию руководства ими и улучшению учебной и воспитательной работы.

Многие авиационные школы формировались на базе объединенных школ Гражданского воздушного флота, аэроклубов и школ Осоавиахима СССР. В 1940 году, помимо летных школ центрального подчинения, создаются дополнительно окружные школы пилотов, в которых к середине октября обучалось 4274 человека. 24 августа 1940 года приказом наркома обороны СССР начальнику Главного управления ВВС Красной Армии были подчинены авиационные академии, училища и школы. Еще ранее отдел ВУЗ ВВС был преобразован в Управление, объединившее руководство авиационными учебными заведениями. 17 мая 1941 года нарком обороны СССР принял решение о подчинении авиационных училищ, школ и курсов военным советам округов по всем вопросам, кроме учебно-методических. Для руководства их деятельностью в штат управлений ВВС восьми военных округов вводились отделы военно-учебных заведений во главе с помощниками командующих ВВС округов по вузам, а в ряде других округов – должности инспекторов по вузам. В декабре 1940 года по постановлению ЦК ВКП(б) и СНК СССР нарком обороны издал приказ «Об изменении порядка прохождения службы младшим и старшим начальствующим составом в ВВС Красной Армии». Приказ увеличивал срок службы солдатам и сержантам в ВВС до четырех лет, пилоты и стрелки-бомбардиры после окончания школы получали звание сержанта и продолжали срочную службу; с весны 1941 года весь летный состав до командира звена включительно, не прослуживший в армии четырех лет, переводился на казарменное положение. Такой порядок прохождения службы был вызван новой системой подготовки кадров, которая была утверждена наркомом обороны СССР 3 марта 1941 года в соответствии с постановлением ЦК ВКП(б) и CHK СССР

от 25 февраля 1941 года «О реорганизации авиационных сил Красной Армии». По новому положению командир, штурман, начальник связи эскадрильи должны были обучаться в двухгодичных военных училищах, а сержанты-пилоты и стрелки-бомбардиры – в специальных годичных школах. Изменилась и система комплектования училищ и школ. С 1938 года они пополнялись исключительно за счет добровольных наборов пилотов, прошедших первоначальное летное обучение в аэроклубах Осоавиахима СССР. В предвоенные годы аэроклубы являлись основным источником пополнения военных школ курсантами. Только в 1938–1940 годах они направили в летные вузы более 24 тыс. человек. Однако в условиях быстрого увеличения сети училищ и школ такой принцип комплектования уже не обеспечивал необходимого набора курсантов. С декабря 1940 года комплектование летных школ осуществлялось за счет отбора курсантов из числа призывавшихся в армию, а также набора младших командиров и красноармейцев срочной службы. Однако попытка комплектовать военные авиационные школы первоначального обучения младшим командным составом всех родов войск не оправдала себя, так как уровень технических знаний не всегда соответствовал требуемому. Поэтому 19 июня 1941 года ЦК ВКП (б) и СНК СССР приняли решение в дальнейшем направлять туда лишь авиамехаников. Для увеличения численности этих специалистов предусматривалось в 1941 году создать 25 школ с переменным составом в 35 тыс. человек. По решению Советского правительства от 6 ноября 1940 года в системе наркоматов просвещения союзных республик было создано 20 специальных школ, обязанных ежегодно направлять в летные военно-учебные заведения не менее 1600 человек. В спецшколы принимались ученики, окончившие семилетку с хорошими и отличными оценками. В течение трех лет они наряду с программой средней школы изучали авиационные дисциплины, а летом в аэроклубах проходили летную практику. Одновременно в соответствии с Постановлением СНК СССР от 5 ноября 1940 года в 47 учебных эскадрильях ГВФ была организована подготовка пилотов на самолете У-2. К 1 октября 1941 года учебные эскадрильи закончили 9910 человек, из которых 7756 были направлены в школы ВВС. Кроме того, в военные школы пилотов принималась молодежь, прошедшая обучение на самолете У-2 в аэроклубах Осоавиахима СССР и во вновь создаваемых на базе аэроклубов 30 военных авиационных школах первоначального обучения. Большое внимание уделялось улучшению организации учебного процесса. Так, в 1941 году вводились новые учебные планы и программы для всех типов учебных заведений и школ. 8 апреля 1941 года был утвержден новый курс летной подготовки (КУЛП) военных авиационных школ первоначального обучения. По указанию ЦК ВКП (б)