Позиции Ирины (и следовательно, позиции ее брата при дворе) были весьма сильными, и это вызвало негодование и зависть бояр, которые видели в ней верную помощницу Бориса Годунова. Последние неудачи Бориса только усугубляли ситуацию, и бояре стремились использовать зыбкое положение Годунова, чтобы окончательно избавиться от него.

В 1587 году был организован боярский заговор против Ирины. Заговорщики во главе с Дионисием, московским митрополитом и князем Шуйским, хотели, чтобы царь Федор оставил Ирину, которая не в состоянии подарить ему наследника. Они явились во дворец и подали Федору прошение, «чтобы он, государь, чадородия ради второй брак принял, а первую свою царицу отпустил во иноческий чин». По словам историков, «прошение равнозначно было соборному приговору: его подписали регент князь Иван Шуйский и другие члены Боярской думы, митрополит Дионисий, епископы и вожди посада – гости и торговые люди. Чины требовали пострижения Ирины Годуновой, а следовательно, и удаления Бориса. Выступление земщины носило внушительный характер». Однако Федор оказался категорически от того, чтобы разойтись с Годуновой. Они принял решительные меры против сторонников заговора. 13 октября 1586 года митрополит Дионисий был лишен сана, пострижен в монахи и сослан в Хутынский монастырь в Новгороде, крутицкого архиепископа Варлаама Пушкина заточили в новгородский Антониев монастырь, Василий Шуйский сослан в Буйгород.

Русские писатели XVII в. старались не упоминать о бесплодии благочестивой Ирины Годуновой и угрозе развода. Однако и в их произведениях можно найти намеки на сложившуюся в те времена ситуацию. Московский дьяк Иван Тимофеев в весьма туманных выражениях повествует о том, что Борис силой постригал в монастырь знатных девиц – дочерей первых после царя бояр, потому что опасался, что в одной из них Федор найдет замену Ирине: «…яко да не понудится некими царь принята едину от них второбрачием в жену неплодства ради сестры его». Иван Тимофеев не назвал имен «неких» лиц, понуждавших Федора ко «второбрачию». Умолчал он и о том, существовала ли угроза «понуждения» царя к разводу или «некие» лица привели ее в исполнение.

7 января 1598 года государь Федор Иванович умер, не оставив после себя завещания. В ходе избирательной борьбы на Земском соборе выстраивались разнообразные версии относительно его последней воли. Официальная версия Годуновых, по утверждению историков, была такой: «Как значилось в утвержденной грамоте ранней редакции, Федор „учинил“ после себя на троне жену Ирину, а Борису „приказал“ царство и свою душу в придачу. Окончательная редакция той же грамоты гласила, что царь оставил „на государствах“ супругу, а патриарха Иова и Бориса Годунова назначил своими душеприказчиками. Наиболее достоверные источники повествуют, что патриарх тщетно напоминал Федору о необходимости назвать имя преемника. Царь по обыкновению отмалчивался и ссылался на волю Божью. Будущее жены его тревожило больше, чем будущее трона. По словам очевидцев, Федор наказал Ирине „принять иноческий образ“ и закончить жизнь в монастыре».

После смерти царя бояре, страшась бедствий междуцарствия, решили присягнуть Ирине, тем самым они одновременно собирались и помешать вступлению на трон Бориса Годунова. По словам историков, «преданный Борису Иов разослал по всем епархиям приказ целовать крест царице. Обнародованный в церквах пространный текст присяги вызвал общее недоумение. Подданных заставили принести клятву на верность патриарху Иову и православной вере, царице Ирине, правителю Борису и его детям. Под видом присяги церкви и царице правитель фактически потребовал присяги себе и своему наследнику (…) Испокон веку в православных церквах пели „многие лета царям и митрополитам“. Патриарх Иов не постеснялся нарушить традицию и ввел богослужение в честь вдовы Федора. Летописцы сочли такое новшество неслыханным. „Первое богомолие (было) за нее, государыню, – записал один из них, – а преж того ни за которых цариц и великих княгинь Бога не молили ни в охтеньях, ни в многолетье“. Иов старался утвердить взгляд на Ирину как на законную носительницу самодержавной власти. Но ревнители благочестия, и среди них дьяк Иван Тимофеев, заклеймили его старания как „бесстыдство“ и „нападение на святую церковь“».

Впрочем, самостоятельное правление царицы продлилось недолго. Уже через неделю после смерти мужа Ирина объявила о решении постричься. В день ее отречения в Кремле собралась толпа. Как стало известно позже из официальных источников, люди, преисполнившись верноподданническими чувствами, слезно просили царицу остаться на троне. Подобный настрой народа внушал беспокойство властям. Голландец Исаак Масса отмечал, что отречение Ирины носило вынужденный характер: «Простой народ, всегда в этой стране готовый к волнению, во множестве столпился около Кремля, шумел и вызывал царицу». «Дабы избежать великого несчастья и возмущения», Ирина вышла на крыльцо и объявила о намерении постричься. Австриец Михаил Шиль свидетельствует, что выступавший после сестры Борис в свою очередь заявил, что берет на себя управление государством, а князья и бояре будут ему помощниками.

На 9-й день после смерти Федора царица удалилась в Новодевичий монастырь и постриглась там, приняв имя инокини Александры. Таким образом она освободила брату дорогу к трону. «С погребения не ходя во свои царские хоромы, повеле себя отвести простым обычаем в пречестный монастырь еже зовется Новый девич монастырь», где ее постригли и нарекли «во иноцех имя ей Александра, и пребываша она в келий своей от пострижения до преставления своего, окроме церкви божий нигде не хождаше».

Перед тем как избрать нового царя, шествие просителей от населения отправилось к Новодевичьему монастырю, где находился Борис, сопровождавший Ирину. Толпа убеждала Годунова принять корону, он же отказывался. Перед выборами «Ирина вела агитацию за брата среди духовенства, бояр, купечества, простого люда». Историки говорят о наличии свидетельств о том, что Годуновы прибегали к подкупу знати. Так, по словам шведского дипломата и историка П. Петрея, Ирина «хорошо помнила, что куда подается большинство, туда потянутся и остальные… Большими подарками она тайно склонила полковников и капитанов, чтобы они уговорили подчиненных себе воинов подавать голоса в пользу брата».

21 февраля 1598 года Ирина благословила брата на царство. 27 февраля 1598 года Земский собор избрал Годунова царем.

Умерла Ирина в 1603 года в монастыре, за два года до смерти брата.

От имени царицы было сделано большое количество щедрых вкладов в духовные обители. В частности, есть свидетельства о вкладах, сделанных в Троице-Сергиев монастырь в 1593 году: «…сентября в 26-й день государь же царь и великий князь Федор Иванович всея Руси пожаловал по своей царевне и великой княжне Феодосье вкладу 500 рублев». В 1603 году «…октября в 31-й день блаженные памяти по государыне царице и великой княгине Ирине, во иноцех Александре, пожаловал прислал вкладу государь царь и великий князь Борис Федорович всея Руси денег 1000 рублев». В 1598 году и сама царица внесла вклад в развитие монастыря: «Преставися государь царь и великий князь Федор Иванович всея Руси и по нем пожаловала его благоверная царица и великая княгиня инока Александра прислала на сорокоусты и на церковное строение денег 3000 рублев».