Лжедмитрий под именем Дмитрия Ивановича был провозглашен царем. Годуновы – и царское семейство, и другие представители рода, а также их родственники Сабуровы и Вельяминовы были арестованы. Столицу в это время фактически контролировал Богдан Бельский, двоюродный брат Марии Годуновой. Бельский поклялся при всем московском народе, что именно он спас царевича Дмитрия в Угличе. Правда, самозванец решил для себя, что доверять Богдану не может, ведь тот родня Годунову, и Богдана сменил присланный из Тулы Василий Васильевич Голицын.

Но разгоряченную толпу этим было не удовлетворить. Людей обуревала страсть к насилию. Мужики разграбили и разорили дома заключенных, а после накинулись на иностранцев, в частности на немецких врачей царя. У лекарей были довольно богатые погреба. Народ опустошил их и загорелся жаждой новых бесчинств. Бояре могли проявить свою власть только тем, что отправили посольство в Серпухов, в стан Лжедмитрия. В состав посольства вошли представители высшей московской знати – князь Федор Иванович Мстиславский, князь – Иван Михайлович Воротынский, князь – Василий Иванович Шуйский с братьями Дмитрием и Иваном.

Находясь еще в Туле, Лжедмитрий узнал о том, что Москва полностью в его власти, подчинена ему, признала его царем. Он выслал часть своих людей под начальством Басманова, чтобы они заняли стольный град. Заведование делами он поручил князю Голицыну с князем Василием Рубцом-Мосальским и дьяком Сутуповым, которые в свое время выслужились тем, что сдали ему Путивль. Отправляясь в Москву раньше своего предводителя, они, вне всякого сомнения, уже получили указания, что и как нужно сделать с Годуновыми.

Сначала Голицын с командой схватили патриарха Иова – единственного, кто оставался верен царю Федору. Иова забрали прямо во время службы в Успенском соборе и простым монахом отправили в монастырь города Старицы. Представителей рода Годуновых отправили в ссылки по самым разным городам. А самого предприимчивого из Годуновых, Семена Никитича, «правое ухо царя» Бориса, задушили в Переславле-Залесском.

По поводу того, что на самом деле произошло в доме, где находился низложенный царь, существует несколько различных версий. Но смысл ясен – там была осуществлена жестокая расправа над невинными людьми. 10 июня 1605 года в дом, когда-то принадлежавший Малюте Скуратову, ворвались князья Голицын и Мосальский с подручными стрельцами. Царицу Марию Григорьевну задушили сразу, она от ужаса не смогла оказать никакого сопротивления. Юный Федор, наделенный поистине богатырской силой, еще поборолся с четырьмя убийцами, и едва они смогли бы одолеть его, если бы не дьяк Шерефетдинов, который размозжил царевичу голову. Потом Федора додушили. Несчастнее всех оказалась дочь Бориса Годунова Ксения, поскольку ее оставили в живых.

Столичным жителям объявили, что Федор и Мария отравились, сами приняли яд, чтобы уйти из жизни. Однако их выставленные напоказ тела с наличием явных следов борьбы говорили о том, что царевич и его мать погибли не своей смертью. Тела имели без сомнения все признаки насильственной смерти. Люди хмуро толпились у простеньких гробов, в которых лежали царские особы, и смотрели на тела. Многие смотрели не только с любопытством, но и с сожалением. Жалели Марию, но еще больше жалели юного Федора, совершенно безвинную жертву, который подавал большие надежды для народа и будущего страны. И, конечно, жалели бедную Ксению, которую, как все понимали, ждала незавидная доля.

Обезумевшие мятежники не успокоились и на этом. Выкопав останки тела Бориса, они и его положили в дешевый гроб и вместе с телами его жены и сына, без отпевания и прочих обрядов похоронили в Девичьем монастыре Святого Варсонофия на Сретенке. Народ посмертно осквернил «худородного» царя Бориса Годунова.

В 1606 году останки Годуновых, наконец, обрели покой. По распоряжению царя Василия Шуйского останки царского семейства были торжественно перенесены в Троице-Сергиев монастырь, где в усыпальнице, специально возведенной в 1783 году, они покоятся и по сей день.

Известный историк Э. Радзинский заметил: «В 1918 году великий князь Николай Михайлович Романов сделал горькую запись в своем дневнике о том, как в течении сорока восьми часов буквально все предали Государя всея Руси – вельможи, военачальники и даже двор, еще вчера угодничавший и льстивший… В 1605 году некому было сделать такую запись, но изменили и предали так же – все и сразу».

Так бесславно завершилась династия Годуновых.

Борис Годунов был ненавистен русскому народу: хоть и избранный, но не «природный» он был царь. И Федор просто стал жертвой всеобщей ненависти к своему отцу. Из судьбы царевича можно сделать вывод о том, насколько не любили в России Бориса. Ведь царевича Дмитрия Ивановича, погибшего в Угличе, причислили к лику святых, как невинного мученика, а о канонизации царевича Федора, тоже незаслуженно принявшего мученическую смерть, вопрос даже не возникал. А между тем процедура канонизации на Руси была довольно простой. Для того, чтобы причислить кого-то к лику святых, не нужно было проводить никаких масштабных исследований относительно жизни и смерти человека, достаточно было подтверждения компетентными властями чудесной силы, которой наделены его останки. А сами останки должны были быть нетленными. Правда, и это условие не соблюдалось, достаточно было просто наличие костей с частицей тела. Дмитрия канонизировали еще при Василии Ивановиче Шуйском, хотя это был по большому счету политический ход: ведь нужно было всеми мыслимыми и немыслимыми способами предотвратить появление новых самозванцев. Правда, они все равно появлялись. Но суть в том, что царевич Дмитрий стал святым. Семья последнего русского царя канонизирована полностью, хотя личности и самого Николая II, и его супруги вызывают большие споры. Семья же Бориса Годунова, по всей видимости, разговоров о своей мученической смерти не заслужила.