В это время осиротевшую Ксению продолжали удерживать в доме князя Василия Мосальского. О чем думала несчастная царевна? Догадывалась ли она, что ее поведут на поругание к авантюристу-само званцу? Надеялась ли на чудесное избавление?

Летом 1605 года Лжедмитрий вступил в Москву. Попытка Василия Шуйского в первые дни пребывания самозванца в столице «не дать ему сесть на царство» не удалась и едва не стоила ему жизни. 18 июля в Москву из ссылки вернулась вдова Ивана Грозного, Мария Федоровна Нагая, и во всеуслышание объявила Лжедмитрия I своим сыном. Признание мнимой матери окончательно убедило тех, кто все еще сомневался в царском происхождении самозванца. В обстановке неумолкающего ликования по поводу обретения истинного государя Гришка Отрепьев был венчан на царство.

По приказанию Лжедмитрия I князь Василий Мосальский привел Ксению к нему во дворец. Русский художник Н. Неврев написал картину, изображающую этот момент. На ней царевна рыдает, закрыв лицо рукою. Невозможно даже представить себе, что чувствовала она, понимая, что ее отдают на поругание самозванцу, по приказу которого убили ее родных, человеку, внушавшему ей омерзение и своими поступками, и своей наружностью. По словам современников, Лжедмитрий был приземистым, небольшого роста, широким в плечах, почти без талии, с короткой шеей и огромными руками разной длины. Лицо у него было грубое, желтое, безусое, глаза маленькие, взгляд колючий, толстый нос по форме напоминал башмак, а возле носа росли две большие синие бородавки.

По свидетельствам отечественных и иностранных современников, Лжедмитрий продержал Ксению у себя наложницей целых шесть месяцев. Голландский дипломат Исаак Масса, живший в то время в Москве, рассказывал, что самозванец предавался безудержному разврату. Ему тайно приводили хорошеньких девушек и монахинь, к которым, если ни уговоры, ни деньги не помогали, применялось насилие. Исаак Масса писал о самозванце: «Он был распутником, ибо всякую ночь растлевал новую девицу, не почитал святых инокинь и множество их обесчестил по монастырям, оскверняя таким образом святыни».

Нахождение у самозванца Ксении весьма тревожило будущего тестя Лжедмитрия I, Юрия Мнишека. Он прекрасно пони мал, что его дочь уступает по красоте русской царевне. Марина не обладала ни женской привлекательностью, ни обаянием.

Спустя полгода после вступления на престол Лжедмитрий так и не пригласил Марину к себе в Москву. Наконец в декабре 1605 года Юрий Мнишек обратился к самозванцу с письменным выговором: «Так как известная царевна, дочь Бориса Годунова, живет вблизи вас, то по моему и благоразумных людей совету благоволите ее удалить и отослать подалее». Лжедмитрий, получив письмо, спорить не стал и сослал Ксению в глухой Горицкий монастырь на Белоозере, где она была пострижена в монахини под именем Ольги. Уже не надеялась царевна когда-либо возвратиться в столицу и поплакать на могилах своих родных, постоянно горевала о своем прошлом, печалилась о судьбе своей семьи и всей России. Тогда-то и сочинила Ксения песни, некоторые из которых были найдены в записной книжке английского священника и переводчика Ричарда Джеймса. Вот одна из них:

Лжедмитрий I был убит 17 мая 1606 года в результате дворцового переворота, организованного дворянами-заговор щи ка ми и поддержанного народом. Новый царь Василий Шуйский перевел Ксению Годунову во Владимирский Княгинин монастырь. Дабы укрепить авторитет власти и дискредитировать идею «доброго царя Дмитрия», по приказанию Шуйского останки семьи Бориса Годунова были торжественно перенесены из Варсонофьевского монастыря в Троице-Сергиевский. Гробы с прахом царского семейства бояре и монахи несли на руках, а царевну Ксению везли следом в закрытых санях. Она громко плакала и причитала. Очевидец Конрад Боссов приводит в «Московской хронике» ее причитания: «О горе мне, бедной покинутой сироте! Самозванец, который называл себя Димитрием, а на самом деле был только обманщиком, погубил любезного моего батюшку, мою любезную матушку и любезного единственного братца и весь наш род, теперь его самого тоже погубили, и как при жизни, так и в смерти своей он принес много горя нашей земле. Осуди его, господи, прокляни его, господи!»

К тому времени многие в народе стали сожалеть о том, что Борис Годунов так бесславно закончил свое царствование. Многие говорили, что лучше бы он и сейчас бы еще жил и правил. А умная и проницательная Ксения уже тогда предчуствовала, что за убитым самозванцем явятся новые злодеи, которые принесут России много страданий. В одной своей песне царевна слезно вопрошает: «За что наше царьство загибло?»

Ксения не ошиблась. За Лжедмитрием I появился Лжедмитрий II, а затем и Лжедмитрий III… В 1609 году началась открытая польская и шведская интервенция.

Когда в 1609 году Ксения отправилась в Троице-Сергиевский монастырь на могилу своих родных, она была застигнута полчищами поляков, осаждавшими монастырь, в котором укрывались жители многих окрестных деревень. Осада длилась полтора года, и Ксения вместе с осажденными стойко переносила все трудности и мучения. Закончилась осада полным поражением поляков, которым так и не удалось сломить мужество и смелость защитников монастыря.

До наших дней дошло письмо, написанное Ксенией из осажденного монастыря, предназначенное жившей в Москве тетке, княгине Домне Богдановне Ноготковой, родной сестре Евдокии Богдановны Сабуровой, одной из жен царевича Ивана, убитого отцом Иваном Грозным. В этом письме от 29 марта 1609 года Ксения сообщает: «Я у Троицы в осаде в своих бедах чуть жива, конечно, больна со всеми старицами, и впредь, государыня, никако не чаем себе живота, с часу на час ожидаем смерти. Да у нас же за грех за наш моровое поветрие, всяких людей измяли скорби великия смертныя, на всякий день хоронят мертвых человек, по двадцати и по тридцати и больши…» Когда же лютующий в обители мор закончился, то «не осталося людей ни трети».

После завершения осады Троице-Сергиевского монастыря Ксения Борисовна Годунова вместе с племянницей Ивана Грозного, Марией Владимировной, переехала в московский Новодевичий монастырь. Однако и здесь ей не было покоя. В августе 1611 года казаки Ивана Заруцкого взяли монастырь приступом и разграбили его. Одна из грамот того времени свидетельствует: «Когда Ивашко Заруцкий с товарищами Девичий монастырь взяли, они церковь Божию разорили, и черниц, королеву, дочь князя Владимира Андреевича, и Ольгу, дочь царя Бориса, на которых прежде и зрети не смели, ограбили донага, и иных бедных черниц и девиц грабили и на блуд имали, а как пошли из монастыря, и церковь и монастырь выжгли».