Однако далеко не всегда миссионеров на Аляске можно было отнести к разряду людей просвещенных. Мало кто из них стремился изучить язык своих прихожан из числа аборигенов. «Спросили бы Вы отца Афонасия, — писал Гагемейстер в 1818 г., — какой проповедывал слово Божие? Что скажет он в ответ? Живучи на Кадьяке, просвещал ли многих чрез поучения свои? Не будучи обязан другими делами и заботою, выучился ли языку природных жителей кадьякских, с которыми прожил 20 лет с лишком?…» В 1860 г. Головин также отмечал, что «ни один из находящихся в колониях миссионеров не знает вовсе их (туземного. — С. Ф.) языка, следовательно, не может беседовать с ними, так что даже исповедь происходит с помощью толмачей, которые, если и знают туземное наречие, то плохо знакомы с русским языком, а часто и вовсе не могут передать некоторых выражений». Костливцев с упреком писал: «Недостаточно носить монашеский клобук, чтобы быть хорошим проповедником, а тем более миссионером»; для этого, по его мнению, нужно призвание и достаточное образование. Костливцев считал, что «необходимо приготовлять священников из детей инородцев, как это сделано между алеутами».

Трудности сообщения между островами и с отдаленными редутами также усугубляли тяжелое положение миссионеров, отправлявшихся в путь на компанейских судах, на байдарах или на небольших байдарках (по внутренним рекам), зимой на нартах, запряженных собаками. «Миссионеры, — писал Костливцев, — …вынуждены бывают… делать большие переходы пешком по горам, тундрам и лесам; проводники их, проходя эти волоки, носят на себе байдарки, съестные припасы и другие путевые вещи с большими затруднениями, терпят часто голод и холод, долгое время проводят под дождем, без всякого приюта и прикрываются лишь полотняными палатками. Устранить все эти неудобства, по безлюдности страны и суровости климата, невозможно». Неделькович записал в дневнике свои впечатления о встрече в Михайловском редуте в мае 1863 г. с иеромонахом Илларионом, который на байдарках спустился в редут по Квихпаку (Юкону): «Он рассказал мне, какая опасная и скудная жизнь в болотистых тундрах, между дикарями, которые большею частию и до сих пор враждебны русским, несмотря, что многие из них обращены в христианство, но это только наружный обряд, чтоб через это извлечь выгоды… Этот несчастный монах за один год тамошней жизни, при его еще слабой комплекции, так исхудал и поседел от трудных путешествий по одиночкам во время ужасных северных морозов и пурги, при недостатках при этом в продовольствии и др. лишениях, что я его едва мог узнать». В связи с необходимостью забираться в самые отдаленные глухие места Аляски миссионеры имели возможность ближе наблюдать быт и нравы аборигенного населения. Многие из них вели путевые записи, имеющие большую научную ценность для этнографов. К числу таких записей относится дневник иеромонаха Иллариона, посетившего в 1861 — 1868 гг. глубинные районы Западной Аляски.

Постоянные и длительные контакты русских с алеутами привели к тому, что все алеуты были крещены (чему, несомненно, способствовало развитие среди них грамотности). Между тем, по сведениям аляскинского епископа Петра (1860 г.), кадьякские «алеугы» (эскимосы), несмотря на длительность контактов с русскими, были обращены в православие значительно позже уналашкинских и атхинских алеутов. После алеутов в православие постепенно были обращены племена, жившие вблизи Нушагакского прихода (аглегмюты, угаленцы), а также кенайцы. О последних епископ Петр показал, что «они довольно кроткого характера, послушны и крестятся, когда их убедят, что это нужно, “но вообще равнодушны к религии». Наиболее трудным для миссионеров оказалось обратить в православие колошей (тлинкитов), хотя для них в Ново-Архангельске была построена специальная «колошинская» церковь (которая была приписана к собору Св. Михаила). «Колоши почти никогда ее не посещают, а если и заходят иногда из любопытства, то посидят на корточках, покурят трубку и выйдут», — писал Головин. Он отмечал, что число «инородцев», вновь принявших христианство, с 1841 по 1860 г. постепенно уменьшалось, особенно среди тлинкитов, и всего в течение 20 лет номинально, было обращено в православие 4700 человек аборигенов. «Но цифра эта существует только на бумаге, ибо многие из кочующих инородцев, крестившись, может быть никогда уже и не показываются вблизи наших миссий и конечно вовсе не исполняют христианского долга, а дети их не крещены».

Всего по ведомости 1860 г. в Русской Америке насчитывалось 12007 христиан, из них русских 784 (576 мужчин и 208 женщин), креолов 1676 (соответственно 853 и 823), алеутов — 4391, кускоквигмютов — 1395 и т.д.

До 1867 г. епископ Ново-Архангельский состоял в подчинении Камчатской епархии. Резиденция архиепископа Камчатского, Курильского и Алеутского Иннокентия находилась в Благовещенске Амурской области.

При продаже Россией Аляски США Русская Православная церковь, согласно договору, сохраняла за собой постройки и землю, на которых они располагались, и право продолжать свою деятельность на Аляске. С 1870 г. епархия стала называться Алеутской и Аляскинской, а с 1900 г. «Алеутской и Северо-Американской» (ибо в ее ведении оказались огромные территории, в том числе и Канада). Архиерейская кафедра первоначально находилась в Сан-Франциско, с 1905 г. — в Нью-Йорке. Ситка оставалась резиденцией епископа. Согласно отчету епископа Алеутского и Северо-Американского Тихона, составленному в Сан-Франциско 21 марта 1901 г., по его ходатайству «Американская миссия [была] принята Всероссийским миссионерским обществом под его покровительство, на что последовало в мае месяце [1900 г.] Высочайшее соизволение государя императора и государыни императрицы Марии Федоровны… Посему оно [общество]… в отчетном году прислало пособие 4 тыс. рублей».

На Аляске при церковных приходах продолжали действовать русские школы. В 1876 г. такая школа была открыта на Уналашке. Священник Иннокентий Шаяшников и причетник Андрей Лодочников вместе с преподававшим английский язык молодым служащим «Аляскинской торговой компании» Н. Греем обучали 47 мальчиков и 27 девочек. В школе изучали русский язык, арифметику, чистописание, «закон Божий». В 1878 г. местными священниками и причетниками была открыта школа в Нушагаке (где обучались 10 мальчиков и 9 девочек, «кои, хотя и имеют прилежание к учению, но по незнанию русского языка с большим трудом усвояют грамматику»), а также школа на Кадьяке (где обучались 9 мальчиков и 7 девочек). Когда местные священник и причетник отлучались из Павловской гавани (Кадьяк), школьным делом ведал один из прихожан, Петр Репин, служивший некогда в Российско-Американской компании. С 1876 г. действовала школа на острове Св. Павла. «В этой школе, — отмечал Алеутский епископ Нестор, — обучаются преимущественно американскому языку все дети островитян начиная с 7-летнего возраста под руководством алеута Пантелеймона Буторина, получившего образование на средства “Аляскинской торговой компании”. Закон Божий и русский язык преподаются местным священником и причетником». В 1879 г. была открыта русская школа в селении Бельковском (там обучались 28 мальчиков и 20 девочек), в 1881 г. — в Квихпаке (11 мальчиков и 3 девочки). Во всех этих школах преимущественно обучались дети аборигенов. В Ситке действовали две школы: одна публичная американская (была открыта в 1879 г.), другая частная русская при доме священника (с 1880 г.). В публичной английской обучались 30 учащихся обоего пола чтению на английском языке, чистописанию, арифметике и географии (девочки дополнительно рукоделию). В частной школе учились читать и писать по-русски и «по-американски», арифметике, географии, закону Божьему. Последний предмет преподавал священник, остальные — псаломщик Андрей Кашеваров. Объезжавший из Сан-Франциско в 1892 г. свою епархию епископ Алеутский и Аляскинский Николай отмечал, что в школо на Уналашке «дети читают по-русски очень плохо; по-славянски и по-алеутски несколько лучше; по-английски же совсем ничего не знают, хотя правительство США требует знания английского языка». В церковной школе на Кадьяке дети после обязательного посещения английской публичной школы ежедневно два часа обучались в русской церковной школе. Однако «по-русски читают плохо; поют несколько лучше, но вместе с тем и довольно странно: поют херувимскую “на разорение Москвы”, а простых гласов не знают… Молитвы знают, но без осмысления оных».