Втайне заговорщики опасались влияния Марии на Дарнли: «Она убедит вас следовать ее воле и желаниям, ведь она училась этому с юности во Франции», однако она согласилась принять мужа в своей постели, хотя он возражал против присутствия ее придворных дам. Женщин подобающим образом отослали, но в ту ночь Дарнли заснул в собственных покоях и Марии не пришлось спать с ним. Заговорщики отметили, что «король опять обабился», однако у них на руках оставался козырь — Мария была у них в плену.

Мария наконец показала, что во Франции она усвоила политические уловки. Теперь, когда ее собственной жизни и жизни еще нерожденного ребенка угрожала опасность, она употребила их с пользой. Дарнли понятия не имел, что делать дальше, осознав, что отдал себя в руки Мортона и заговорщиков. Если бы его даже и провозгласили королем, он стал бы их марионеткой, но в то воскресенье Мария убедила его, что вместе они справятся с трудностями. Мария имела опыт общения со слабыми принцами, и ей легко удалось убедить Дарнли, играя на его тщеславии и амбициях.

На следующий день, в понедельник 11 марта, Мария вызвала заговорщиков к себе и, к их изумлению, простила им их действия. Морей явился в Эдинбург и ужинал с Мортоном, когда прибыл посланник от Марии, предлагавшей ему прощение. В пронизанной лицемерием сцене они бросились в объятия друг друга, клянясь в вечной любви. Заговорщики понимали, что им следует остерегаться французского шарма Марии, однако были бессильны ему противостоять. Изгнанные мятежники прибыли в Эдинбург, чтобы услышать о своей судьбе от лордов статей[68], однако, поскольку Дарнли распустил парламент, те не были назначены. В любом случае покаяние заговорщиков было излишним. Мария приняла их и даровала им прощение, но прежде чем они успели потребовать компенсации, она сложилась пополам, стеная от боли и крича, что начались роды. Позвали повитуху, которая теперь постоянно находилась во дворце, а джентльменов отослали. Мария также убедила своих тюремщиков, что не может уехать из Холируда до следующего дня, иначе ребенку может угрожать опасность. Будучи мужчинами, приходящими в ужас от всего, связанного с родами, они в смущении дали согласие. Мария, конечно, симулировала родовые схватки.

Однако прежде чем предпринять какие-либо действия, Марии необходимо было оказаться на свободе. Ей было легко убедить Дарнли сопровождать ее, хотя он и попытался уговорить Марию позволить его отцу, графу Ленноксу, ехать с ними. Мария отказалась и послала за капитаном своей гвардии лордом Тракейром, а также за Эрскином и Станденом — двое последних были свидетелями убийства Риццио. Их она попросила организовать ее побег. Ночью Дарнли и она спустились по тайной лестнице, по которой раньше вошли заговорщики, затем проследовали в комнаты слуг, а оттуда в винный погреб. Французский посол сообщал: «Хотя она была беременна, но сбежала по колокольной веревке». История выглядела очень романтичной, однако никто ему не поверил. Прежде чем беглецы добрались до лошадей, им пришлось пройти мимо свежей могилы Риццио. Мария села верхом позади Эрскина, а Тракейр вез на своей лошади одну из Марий, скорее всего — Сетон. За ними последовали другие слуги — на тех лошадях, каких смогли найти. Благодаря усилиям леди Хантли, доставившей тайное письмо Марии, в замке Сетон, в двадцати милях к востоку от Эдинбурга, их ждали сторонники с лошадьми. Увидев в Сетоне солдат, Дарнли сначала испугался и попытался ехать дальше, совершенно игнорируя положение жены. Несмотря на увеличение эскорта, он настоял на том, чтобы пуститься в галоп, жестоко стегая лошадь Марии, и часто отрывался от отряда, теряя из виду беременную жену и остальных беглецов. Когда ему приходилось останавливаться, чтобы дать им возможность нагнать его, он вел себя оскорбительно по отношению к Марии, говоря ей: «Если этот ребенок умрет, у нас будут еще дети!» — а затем опять уезжал вперед один. Мария прекрасно знала, что обычным результатом выкидыша являлась смерть матери, и даже тень привязанности, которая еще оставалась у нее к Дарнли, теперь явно исчезла.

Детали этого путешествия подробно описаны Клодом Но, ставшим в 1575 году секретарем Марии. Он был автором «Истории Марии Стюарт», основанной на рассказах, которые он услышал спустя девять лет после тех событий. Эти детали неизбежно отражали ненависть Марии к ее покойному мужу, поэтому необходимо допустить, что автор позволил себе некоторые преувеличения.

Прибыв в замок Данбар неожиданно рано, спутники Марии разбудили изумленных слуг. Мария сама сварила яйца, и беглецы принялись за завтрак. Мария передала управление замком от лэрда Крейгмиллара, одного из убийц Риццио, графу Босуэллу. Остальные представители знати теперь полностью разочаровались в Дарнли. Клод писал: «Они нашли короля непостоянным, и все жаловались на него. Одни отказывались говорить с ним или общаться с ним; другие (особенно лорд Флеминг) открыто обвиняли его в неподобающем поведении по отношению к королеве, своей жене… Никто из знати не признавал его своим королем».

Мортон и Рутвен бежали в Англию, а бывшие мятежники «Загонного рейда» перешли на сторону Марии, так что 18 марта она оказалась в состоянии выступить к Хаддингтону, где к ней присоединились четыре тысячи человек. На следующий день она отправилась в Масселбург на встречу с Хэмилтонами, Атоллами, Хантли и Босуэллом с их отрядами. В тот же день она вновь заняла Эдинбург, куда ее внесли на носилках четыре аркебузира. Недавние события сделали Холируд нежеланным местом пребывания, а покои в Эдинбургском замке еще не были готовы, так что Мария на первое время остановилась в доме на Хай-стрит, а 28 марта перебралась в замок. Одна из приготовленных для нее комнат имела особое назначение: в ней королеве предстояло родить своего ребенка.

Страна нуждалась в стабильности, и в Тайный совет, возглавляемый Мореем, Аргайлом и Гленкайрном, теперь вошли Босуэлл и Хантли. Дарнли попытался самоутвердиться и посоветовал удалить оттуда Летингтона, который все еще находился под своеобразным домашним арестом, однако Мария немедленно отменила его решение. Дарнли закатил истерику и выбежал из зала, говоря, что впредь будет спать с двумя заряженными пистолетами под подушкой. В ту ночь Мария спокойно отправилась в его спальню, совершенно верно предположив, что Дарнли успеет напиться до бесчувствия, и забрала пистолеты. Она оказала последние почести своему убитому слуге Риццио, приказав перезахоронить его тело по католическому обряду в своей часовне в Холируде.

Наказание за смерть Риццио оказалось на удивление мягким. Томаса Скотта за участие в убийстве повесили, а затем его тело, из которого были извлечены внутренности, четвертовали. Жестокую судьбу Скотта разделил Генри Иейр, который вскоре после смерти Риццио убил монаха-доминиканца, решив, что был подан сигнал ко всеобщей резне. Двое других — мелкие сошки — Маубрей и Харлоу взошли на эшафот и стали свидетелями казней, однако в последнюю минуту получили помилование. Мортон и Рутвен находились теперь в изгнании в Англии: Мортон — в Алнвике, а Рутвен — в Ньюкасле. В мае Рутвен умер, к тому времени став совершенно сумасшедшим: он утверждал, что видит, как перед ним открываются двери рая и сонмы ангелов приветствуют его. В тщетной надежде на примирение мятежные лорды отправили Марии оригинал соглашения, подписанный Дарнли, в котором он давал согласие на участие в заговоре в обмен на брачную корону. Получив неопровержимое доказательство предательства мужа, Мария «так тяжко вздыхала, что ее было больно слышать».