Вскоре после своей свадьбы Мария освободила лорда Джорджа Гордона из-под домашнего ареста в Данбаре и вернула ему титул графа Хантли. Поскольку Гордон считал Морея виновным в смерти отца и брата, он был только рад присоединиться к армии возмездия. Теперь у Марии были три компетентных военачальника — Атолл, Босуэлл и Хантли. По поводу поста главнокомандующего начались раздоры, и в итоге Леннокса назначили командовать авангардом, а Босуэлл и Дарнли без всякого удовольствия разделили должность командующего главными силами. Это вызвало «стычки» между Марией и Дарнли. С учетом всех этих разногласий оказалось весьма кстати, что армии не пришлось участвовать в сражении. Мария и Дарнли чувствовали, что могут стать жертвами народного восстания, а французскому послу Мовиссьеру поведали, что они боялись быть убитыми. Посла попросили передать Елизавете просьбу о помощи.

Проигнорировав Эдинбург, Мария проследовала к северо-востоку — в Файф, а затем — через Тэй к Данди. Город отказался объявить о своей лояльности, и Мария, у которой уже кончались деньги, вынуждена была заплатить городу за поддержку две тысячи шотландских фунтов. Она вернулась в Эдинбург, заняла 10 тысяч марок (6667 шотландских фунтов) и написала Елизавете, заверяя ее в любви и дружбе. Она также попросила у Елизаветы три тысячи солдат. Просьбу вежливо проигнорировали. Мятежники тоже писали Елизавете, прося денег и людей для защиты своей религии, жизни и наследства. Елизавета вполне разумно призвала к прекращению военных действий и общей амнистии. Теперь, когда Босуэлл и Хантли объединились ради общей цели — 22 февраля в церкви Канонгейт в Эдинбурге Босуэлл должен был жениться на леди Джин Гордон, сестре Хантли, — королевская армия промаршировала на юг, чтобы встретиться с мятежниками лицом к лицу в Дамфризе, но по прибытии обнаружила пустой город: мятежники бежали в Ньюкасл. 18 октября Мария вернулась в Эдинбург из «упомянутого рейда, в котором ничего не было достигнуто».

Для Марии рейд оказался возможностью организовать королевскую поездку и показать себя народу в доспехах и шлеме. Однако вместо того, чтобы собираться в восторженные толпы, «при их приближении народ ускользал». Популярность королей в Шотландии была условной; верность нужно было заслужить, и даже если этого удавалось достичь, сохранение ее требовало дополнительных усилий. Диана де Пуатье знала, что показное смирение время от времени приносит богатые плоды, однако Марии смирение не было знакомо.

Распространилось множество слухов, поскольку вся Европа ожидала, что Мария может воспользоваться своей кажущейся победой, чтобы восстановить позиции католической церкви. Мария и Дарнли отправили посольство к Филиппу II, прося помощи в восстановлении католичества и смещении Елизаветы в Англии. Филипп немедленно информировал нового папу о том, что может произойти. Оба понимали, что просьба была предназначена лишь для того, чтобы обосновать свою позицию на случай настоящей войны с Англией. Однако папа Пий V ошибочно полагал, что рейд являлся войной католиков и протестантов, и 10 января похвалил Марию: «Мы поздравляем Ваше Величество с тем, что благодаря этому важному деянию Вы начали рассеивать тьму, в течение многих лет собиравшуюся над королевством, и возвращать его к свету истинной веры — завершите то, что начали». Мария в данном случае проявила мудрость и проигнорировала этот совет.

Удовлетворение, ощущавшееся Марией по окончании этого галантного фиаско, отразилось в проявлении чувств по отношению к Дарнли, с энтузиазмом игравшему роль рыцаря-сотоварища. 31 октября Рэндолф сообщал о слухе касательно беременности королевы: «Каковы его основания, я не знаю».

Мятежные лорды собрались теперь в Ньюкасле, надеясь на невозможное, а именно — на помощь Елизаветы. Чтобы получить ее, Морей отправился в Лондон, предварительно написав Сесилу, что он никогда не начал бы восстание, если бы не данное Елизаветой обещание поддержки. Английский Тайный совет немедленно написал Морею, умоляя его не приезжать, но тот был исполнен решимости и 23 октября, взяв с собой для моральной поддержки аббата Килвиннинга, лично встретился с Елизаветой. Он совершил непростительную ошибку, принудив Елизавету к принятию решения, и ее реакция оказалась совершенно предсказуемой.

В ходе встречи Морею пришлось обращаться к Елизавете, стоя на коленях, и унизить себя перед всем ее двором, а также представителями Франции и Испании. Морею было сказано, что из-за присутствия послов беседа будет вестись на французском языке. Он ответил, что его французский недостаточно хорош, однако Елизавета настаивала. Морею пришлось признать, что Елизавета никогда не побуждала лордов противодействовать браку Марии или, хуже того, восстать против нее с оружием в руках. После этого признания Морею позволили подняться, и Елизавета нелицеприятно заявила: «Теперь вы сказали правду; ни я, ни кто-либо от моего имени не побуждали вас выступить против вашей королевы. Ваша отвратительная измена может послужить примером для моих подданных, и они восстанут против меня. Поэтому убирайтесь отсюда; вы — недостойные моего внимания предатели». Затем она сказала парочке кающихся грешников, что попросит Марию проявить к ним милость по их возвращении, и они покинули дворец, поджав хвосты, понимая, что едва не попали в Тауэр. В XVIII веке историк Ричард Кит описал поведение Елизаветы как «образчик утонченного обмана, встречавшегося в любое время и при любом дворе».

Шательро согласился отправиться в изгнание на пять лет и уехал в свое французское герцогство. Остальным мятежникам приказали явиться к рыночному кресту в Эдинбурге 18 и 19 декабря. Там они получили прощение и приказ предстать перед парламентом 12 марта 1566 года для вынесения окончательного приговора.

Мария искренне верила в то, что сохранила привязанность простого народа — она всегда убеждалась в этом после королевских поездок, — а также что она одержала победу над знатью. Но это чувство безопасности оказалось иллюзией, потому что недовольство знати ее высокомерием в вопросе о браке возрастало, и теперь, когда она нуждалась в совете, ей все и больше и больше приходилось полагаться на своих личных слуг. Летинггон, которого во время «Загонного рейда» нигде не было видно, лишился благосклонности королевы, которая перенесла ее на Давида Риццио. Марии пришлось также признать, что Дарнли ведет себя все более вызывающе и, кроме того, он предпочитал двору бордели с мальчиками или же соколиную охоту «в обществе готовых удовлетворить его желания джентльменов». Дарнли еще не была дарована брачная корона, и, хотя Тайный совет разрешил ему подписывать документы, его имя всегда стояло после имени Марии. Дарнли требовал, чтобы с ним обращались как с королем Шотландии, и в конце концов совет, приходивший в отчаяние от его продолжительных отлучек, приказал изготовить факсимиле на металлическом штампе, именовавшемся «ручная подпись», а королевские печати были отданы Риццио.

Мария отправилась в путешествие навстречу Дарнли 3 декабря 1565 года, причем было отмечено, что она ехала не верхом, а в носилках, которые несли лошади, тем самым подтверждая слухи о своей беременности. На Рождество 1565 года Дарнли в первый раз присутствовал на мессе, «благочестиво стоя на коленях; королева же большую часть ночи провела за картами и отправилась в постель, когда уже почти рассвело».