«Царь» утверждал, что имеет несомненные доказательства заговора Шуйских, а потому на соборном суде не было никакого разбирательства с допросом свидетелей и другими формальностями. Авраамий Палицын отметил, что Василия Шуйского осудили тотчас после публичной казни Петра Тургенева и Федора Калачника.

Под впечатлением убийств и казней даже близкие к Шуйским члены «думы» и освященного собора не посмели выступить в их защиту. Инициатива полностью перешла в руки «угодников» Лжедмитрия — патриарха Игнатия, бояр Б.Я. Бельского, П.Ф. Басманова, М.Г. Салтыкова, новоиспеченных думных людей из путивльской «думы». Как с горечью отметил автор «Нового летописца», «на том же соборе ни власти, ни из бояр, ни из простых людей нихто же им (Шуйским. — Р.С.) пособствующе, все на них кричаху».

Опытному царедворцу Василию Шуйскому удалось пережить грозу в правление Бориса Годунова, которая едва не стоила ему головы. Он знал, чем можно заслужить снисхождение, и повинился во всех преступлениях, которые ему приписывали. «Виноват я тебе… царь государь: все это (о Расстриге и пр. — Р.С.) я говорил, но смилуйся надо мной, прости глупость мою!» — будто бы сказал Шуйский. В заключение князь Василий смиренно просил патриарха и бояр сжалиться над ним, страдником, и просить за него «рыцаря». По словам поляков, Василий признался во всем в самом начале розыска, «боясь быть на пытке».

Собор осудил Василия Шуйского на смерть, а его братьев на заключение в тюрьму и ссылку. Лжедмитрий спешил с казнью и назначил экзекуцию на следующий день. Все было готово для казни. По существу, самозванец ввел в столице осадное положение: «…по всему городу уготовлены быша все стрельцы, вооружены во всем оружии., яко на битву» (по словам Массы, стрельцов было 8 тыс.).

На Пожаре распоряжался новый глава Стрелецкого приказа — боярин П.Ф. Басманов. Несколько тысяч стрельцов оцепили всю площадь полукругом. Преданные самозванцу казачьи отряды и поляки с копьями и саблями заняли Кремль и все ключевые пункты города. Были приняты все меры безопасности против возможных волнений. Выехав на середину площади, Басманов прочел приговор думы и собора о преступлениях Шуйского. Вслед за тем палач сорвал с осужденного одежду и подвел его к плахе, в которую был воткнут топор. Сообщение Массы, будто Василий Шуйский продолжал обличать еретика Гришку, будучи на эшафоте, а московский народ рыдал, слушая его речь, относится к числу вымыслов. На площади осужденный вел себя совершенно так же, как и на суде. Стоя подле плахи, он с плачем молил о пощаде. «…От глупости выступил против пресветлейшего великого князя, истинного наследника и прирожденного государя своего», просите «за меня — помилует меня от казни, которую заслужил…» — взывал князь Василий к народу.

Во время казни Петра Тургенева и Федора Калачника москвичи «ругахуся» на них. Из толпы кричали, что суд им «поделом» был. Шуйские пользовались популярностью в народе, и их осуждение вызвало среди москвичей разные толки. По свидетельству поляков, даже сторонники Шуйских боялись обнаружить свои чувства, чтобы не попасть под подозрение. По словам же Массы, народ выражал явное недовольство. С казнью медлили. Отмена казни не входила в расчеты П.Ф. Басманова, и он проявлял видимое нетерпение. Дело кончилось тем, что из Кремля на площадь прискакал один из телохранителей «царя», остановивший казнь, а следом за ним появился дьяк, огласивший указ о помиловании.

В Москве много говорили о том, что прощения Шуйскому добились вдова Грозного старица Марфа Нагая, поляки братья Бучинские, Слонский и др.

Отрепьев впервые увидел в глаза свою мнимую мать 18 июля 1605 г., когда ее привезли в Москву. Очевидно, Нагая просила за Василия Шуйского не при первом, а при втором его помиловании, когда Лжедмитрий вернул Шуйских из ссылки.

Секретарь самозванца Бучинский был решительным противником Шуйских и, в отличие от Нагой, категорически возражал против освобождения их из ссылки. В собственноручном письме Лжедмитрию Бучинский напомнил: «Коли яз бил челом вашей царской милости о Шуйских, чтоб их не выпущал и не высвобождал, потому как их выпустить, и от них будет страх… и вы мне то отказали, что наперед всего Богу ты обещал того ся беречи, чтоб ни одной хрестьянской крови не пролилося».

Авторы записок и сказаний воспроизвели обнародованную Лжедмитрием версию помилования Шуйского, соответствовавшую определенному политическому расчету. Самозванец желал подтвердить свое родство с вдовой Грозного еще до ее приезда. Он также стремился закрепить за польскими советниками репутацию боярских заступников.

Сподвижник Лжедмитрия С. Борша точнее других объяснил причины помилования Василия Шуйского. «Царь даровал ему жизнь, — писал он, — по ходатайству некоторых сенаторов». Бояре не посмели открыто перечить «царю» на соборе. Но после собора они сделали все, чтобы не допустить казни князя Василия. Ни один из предшественников Лжедмитрия на троне не решал дела без участия Боярской думы. Самозванец, заняв престол, должен был следовать традиции. Отмена казни Шуйского явилась первым успехом думы.

Имущество Шуйских, их вотчины и дворы подверглись конфискации. Князь Василий и его братья Дмитрий и Иван были заключены в тюрьму в галицких пригородах. Круг советников, настаивавших на жестких мерах в отношении бояр-«заговорщиков», потерпел поражение. Поборник опричных методов Богдан Бельский должен был отступить в тень. Лжедмитрий вознаградил усердие Бельского, произведя его в бояре, но вскоре отослал из Москвы в Новгород.

Еще будучи в Туле, Отрепьев послал гонца в «казанские города» за Нагими. Мятеж в Угличе, инспирированный Нагими, положил конец их карьере. Ближайшие родственники вдовы царицы Нагой лишились имущества и много лет провели в тюрьме и ссылке. Лишь после коронации Бориса Годунова о них вспомнили и вернули на службу. М.Ф. Нагой стал воеводой в захолустном городке Санчурске, А.А. Нагой — в Арске, М.А. Нагой — на Уфе. Самозванец вызвал Нагих в столицу и «подовал им боярство и вотчины великие и дворы Годуновых и з животы». Нагие лучше всех других знали, что царевич Дмитрий мертв. Но они охотно «вызнали» в Отрепьеве внучатого племянника, открыв себе путь к почестям и богатству.

Монах поневоле, Филарет Романов не оставлял надежд на возвращение в мир. От странников-богомольцев он знал об успехах самозванца и уже в начале февраля 1605 г. грозил посохом своим тюремщикам-монахам, говоря: «…увидят они, каков он вперед будет». Филарет перестал жить «по монастырскому чину», часто смеялся «неведомо чему» и постоянно вспоминал «про мирское житье, про птицы ловчие и про собаки, как он в миру жил».

В свое время Отрепьев служил в свите у окольничего М.Н. Романова, а затем у боярина Б.К. Черкасского. Оба умерли в опале, и бывший кабальный слуга не опасался разоблачения. Уцелевшие Романовы и Черкасские были освобождены из ссылки.

Находясь в Туле, самозванец приказал вернуть в Москву всех Головиных. Казначей Петр Головин окончил дни в тюрьме в правление Бориса. Его сына В.П. Головина держали на воеводстве в Сибири, а затем в Уржуме. Лжедмитрий вызвал В.П. Головина в столицу вместе с его братом П. Головиным и сделал их окольничими. Такой же чин получил опальный дьяк В.Я. Щелкалов.