В истории гражданской войны в России наступил, быть может, самый знаменательный момент. Повстанческие силы, сформированные в ходе восстаний в Северской земле и состоявшие из вольных казаков, ратных людей Путивля и других мятежных гарнизонов, холопов, посадских людей, мужиков и пр., заняли Кремль и взяли под контроль другие ключевые пункты столицы. Они привели в Москву своего царя, а потому чувствовали себя полными хозяевами положения.

Отрепьев знал, какую власть над умами имеет духовенство, и спешил сменить церковное руководство. Не доверяя русским иерархам, самозванец решил поставить во главе церкви грека Игнатия. Выходец с Кипра, Игнатий прибыл в Россию в 1595 г. Грек сумел завоевать доверие Бориса Годунова и патриарха Иова. В 1602 г. он получил в управление Рязанское архиепископство. И русские писатели, и находившиеся в Москве иностранцы с крайним осуждением отзывались о личных качествах Игнатия. Игнатий первым из церковных иерархов предал Годуновых и признал путивльского «вора». В награду за это Лжедмитрий сделал его патриархом.

На другой день после переезда во дворец самозванец велел собрать освященный собор, чтобы объявить о переменах в церковном руководстве. Низложение первого русского патриарха было актом вопиющего произвола и беззакония. Собравшись в Успенском соборе, сподвижники и ученики Иова постановили: «Пусть будет снова патриархом святейший патриарх господин Иов». Восстановление Иова в сане патриарха понадобилось собору, чтобы придать процедуре вид законности. Следуя воле Отрепьева, отцы церкви далее постановили отставить от патриаршества Иова, потому что он «великий старец и слепец» и не в силах пасти многочисленную паству, а на его место избрать Игнатия. Участник собора грек Арсений подчеркивал, что Игнатий был избран законно и единогласно. Никто из иерархов не осмелился протестовать против произвола царя.

Арсений не отметил точную дату избрания Игнатия. Но он знал, что «Дмитрий» созвал епископов на другой день после прибытия в Кремль, а поставление Игнатия совершилось в воскресенье. Аналогичные сведения сообщает автор «Иного сказания». Согласно «Сказанию», избрание Игнатия произошло в первое воскресенье после прибытия «вора» в Москву, «в неделю июня, в 24 день». Автор «Сказания» допустил небольшую неточность: первое воскресенье после 20 июня приходилось не на 24, а на 23 июня 1605 г.

В начале московского похода Отрепьев, будучи во Львове, слушал проповеди иезуита Адриана Радзиминьского и клялся ему в своей преданности Папе Римскому и Ордену иезуитов. Львовский епископ Гедеон и перемышльский епископ Михаил сообщили об этом патриарху в Москву. Но после переворота львовское православное братство отправило ему в Москву Библию вместе с просьбой о вспомоществовании. Прошение было удовлетворено, во Львов послано 300 рублей.

Среди московского духовенства одним из первых примеру Игнатия последовал Терентий. Будучи протопопом семейного храма царя, он был близок к особе Бориса Годунова, что не помешало ему переметнуться на сторону Лжедмитрия I. Московское духовенство живо помнило о споре, «больше есть священство царства» или наоборот. Грозный положил конец прениям такого рода. Но идеи первенства «священства» не умерли в духовной среде. Поп Терентий напомнил о них, подав челобитную «Дмитрию». Челобитная начиналась с цитаты из Юстиниана относительно того, что священство имеет попечение о Божественном, а «царство» — о человеческом. Что выше — Божеское или человеческое, — было ясно всем. Величая Игнатия «державы отцом, о Господе исходатаем к Богу», Терентий все же ставил на первое место «преяснейшего торжественника и украсителя премудрейшего» царя Дмитрия Ивановича.

Рвение протопопа не было оценено, и он оказался в опале. Терентий поспешил подать «государю» новую челобитную с просьбой о помиловании.

В беседе с папским послом самозванец горделиво утверждал: «…у меня подведены под мою руку патреярх, и митрополиты, и архиепископы, и епископы, и бояре, все де миня и весь мир слушают — что велю зделать… зделают скоро».

Поставив во главе церкви своего приспешника Игнатия, Лжедмитрий произвел перемены в высшем боярском руководстве. Наибольшим влиянием в думе пользовались князь Василий Шуйский и его братья. На их головы и обрушился удар. Поводов для расправы с Василием Шуйским было более чем достаточно. Доносы поступили к самозванцу через П.Ф. Басманова, польских секретарей и телохранителей.

Василий Шуйский некогда расследовал обстоятельства смерти царевича Дмитрия. Поэтому к нему постоянно обращались, с тех пор как в Литве объявился самозванец. В кругу доверенных лиц князь Василий допускал откровенность даже после того, как Лжедмитрий сел на трон. Однажды на двор к князю Василию явились некоторые из московских купцов и горожан, чтобы поздравить его с царской милостью. Шуйский будто бы проехал по улицам столицы с «царем» в его экипаже. В ответ на поздравление одного купца, пользовавшегося полным доверием хозяина, Шуйский в сердцах сказал про нового государя: «Черт это, а не настоящий царевич; вы сами знаете, что настоящего царевича Борис Годунов приказал убить. Не царевич это, а расстрига и изменник наш». Стоявший поодаль купец подслушал разговор и поспешил донести о нем. Русские источники называют имена купцов и посадских людей, с которыми Шуйский вел неосторожные разговоры. Самым влиятельным из них был Федор Савельевич Конь — крупнейший архитектор и строитель своего времени. В поздних русских сказаниях дело представлено так, будто великий поборник православия князь Василий призвал к себе Федора Коня и другого известного московского человека — Костю Лекаря и сказал им, что государь — злой враг, богоотступник и еретик Гришка Отрепьев. Шуйский якобы сам наказал Коню: «Поведайте тайно в мире с разсуждением, чтобы християне… еретика познали». Федор Конь и Костя Лекарь поведали «про еретика без рассуду многим людям», после чего о крамоле узнал Петр Басманов.

Получив донос от Басманова, Лжедмитрий приказал без промедления арестовать трех братьев Шуйских. Приставами, или тюремщиками, Шуйских стали бояре П.Ф. Басманов и М.Г. Салтыков. При Борисе Годунове М.Г. Салтыков руководил розыском о заговоре Романовых, при самозванце расследовал заговор Шуйских. Боярин усердствовал, чтобы доказать свою преданность новому государю. Но главным инициатором розыска был все же не он, а боярин П.Ф. Басманов.

Шуйским было предъявлено обвинение в государственной измене. Однако официальная версия их дела заключала в себе слишком много неясного. Даже близкие к особе Лжедмитрия люди по-разному излагали вину знатного боярина. Шуйского обвиняли то ли в распространении слухов, порочивших «государя», то ли в организации форменного заговора с участием многих тысяч лиц.

В письме из Москвы от 4 (14) июля 1605 г. иезуит А. Лавицкий сообщал, что Шуйского судили за то, что он называл «Дмитрия» врагом и разрушителем истинной православной веры, орудием в руках поляков. Один из секретарей самозванца, поляк С. Слонский, рассказывал, что он передал государю донос одного московского купца, подслушавшего, как Шуйский называл царя расстригой и изменником. Яков Маржарет, ставший одним из главных телохранителей Лжедмитрия, писал, что Шуйского обвинили в «преступлении оскорбления величества».