Находясь в Туле, Лжедмитрий известил страну о своем восшествии на престол. Рассчитывая на неосведомленность дальних городов, Отрепьев утверждал, будто его «узнали» как прирожденного государя патриарх Московский Иов, весь освященный собор, дума и прочие чины. 11 июня 1605 г. Лжедмитрий был еще в Туле, но на своей грамоте пометил: «Писана на Москве». Вместе с окружной грамотой самозванец разослал по городам текст присяги. Она представляла собой сокращенный вариант присяги, составленной при воцарении Бориса Годунова и Федора Борисовича. Самозванец повторил прием, к которому прибег Борис Годунов, а затем его сын. Добиваясь трона, Борис велел сразу после смерти Федора Ивановича принести присягу на имя вдовы царицы Ирины и на свое имя. Федор Борисович поставил на первое место имя вдовы-царицы Марии Годуновой, когда потребовал присяги от думы и народа.

Ни в Самборе, ни в Путивле самозванец не ссылался на возможное свидетельство «матери», заточенной в глухом северном монастыре. После переворота в Москве он решил использовать авторитет вдовы Грозного, чтобы навязать свою власть стране. Присяга на имя вдовы Грозного была еще одной попыткой самозванца мистифицировать страну. После смерти Федора Ивановича Борис Годунов пытался править страной от имени вдовы-царицы. Пострижение царицы Ирины положило конец ее карьере как правительницы. Равным образом не могла царствовать и старица Марфа Нагая — вдова царя Ивана.

Отрепьев знал о вражде старицы Марфы к Годуновым и не без основания рассчитывал на ее помощь. Готовясь к неизбежной встрече с мнимой «матерью», самозванец приблизил первого же ее родственника, попавшего к нему в руки. В Туле он пожаловал чин постельничего дворянину Семену Ивановичу Шапкину потому, «что он Нагим племя».

Дьяки самозванца исключили из текста присяги запреты добывать ведунов на государя, портить его «на следу всяким ведовским мечтанием», насылать лихо «ведовством по ветру» и пр. Подданные кратко обещали не «испортить» царя и не давать ему «зелье и коренье лихое». Вместо пункта о Симеоне Бекбулатовиче и «воре», назвавшемся Дмитрием Углицким, в тексте присяги появился пункт о «Федьке Годунове». Подданные обещали «не подыскивать царство под государями» «и с изменники их, с Федькою Борисовым сыном Годуновым и с его матерью и с их родством, и с советники не ссылаться письмом никакими мерами».

Членам низложенной царской семьи удалось спастись в день восстания. Но вскоре их убежище было открыто, и тогда Боярская дума распорядилась заключить их под домашний арест. «Царицу же и царевича и царевну, — записал летописец, — поимаша и сведоша их на старой двор царя Бориса и даша их за приставы».

Московская знать, презиравшая худородного Бориса, пожелала посмертно лишить его царских почестей. Свежая могила Годунова в Архангельском соборе была раскопана, тело умершего вынесено из церкви. Очевидец событий Яков Маржарет засвидетельствовал, что все это сделано было «по просьбе вельмож». По словам «хранителя» царских гробов в Архангельском соборе, произошло это 5 июня 1605 г. Очевидец события епископ Архангельского собора Арсений отметил, что тело Бориса вынули из гроба «ради поругания». Автор «Нового летописца» говорит о том же: «…яко же и мертвенное тело поругано бысть». И лишь поздний «Морозовский летописец» сообщает подробности: «Царя Бориса извергоша из храма архистратига Михаила и повелеша извлещи на сонмище с великим поруганием: и камение на него метати, и ногами пхати тело его, поверженное и на земле лежащее».

Руководители думы надеялись заслужить милость самозванца. Фактически же их действия развязали руки Отрепьеву.

По словам Конрада Буссова, в Серпухове «царь Дмитрий» объявил, что он не приедет в Москву, «прежде чем не будут уничтожены те, кто его предал, все до единого, и раз уж большинство из них уничтожено, то пусть уберут с дороги также и молодого Федора Борисовича с матерью, только тогда он приедет и будет им милостивым государем».

Известие Буссова находит неожиданное подтверждение в английском сочинении 1605 г. Автор сочинения весьма неловко скомпоновал черновые записки, полученные им от членов английского посольства. Поэтому сведения о письме самозванца оказались некстати включенными в рассказ о прибытии в Москву Г. Пушкина. По словам англичан, в письме «царя Дмитрия» значилось, что он отправил к москвичам «лиц знатного происхождения, как-то: князя Федора Ивановича Мстиславского и князя Дмитрия Ивановича Шуйского — и поручил им лишить его врагов занимаемых ими мест и заключить в неволю Годуновых и иных, пока он не объявит дальнейшей своей воли, с тем чтобы истребить этих чудовищ кровопийц и изменников…».

Ф.И. Мстиславский и Д.И. Шуйский были как раз теми боярами, которые ездили в Серпухов. Английский автор попытался смягчить смысл приказа «Дмитрия», которого он всячески восхвалял. Однако рассказ Буссова доказывает, что в письме из Серпухова самозванец требовал казни низложенного царя и прочих Годуновых (требовать их «заключения в неволю» не имело смысла, потому что все они уже находились под стражей).

Взявшись выполнить поручение Лжедмитрия, руководители думы фактически санкционировали расправу над царской семьей.

Первыми эмиссарами самозванца в Москве были Гаврила Пушкин и атаман Корела. Но у Пушкина не было думного чина, а Корела не располагал достаточными силами, чтобы принудить к подчинению высший орган государства — думу.

Завершив переговоры с Ф.И. Мстиславским, Лжедмитрий отправил в столицу особую боярскую комиссию. Формально ее возглавлял князь В.В. Голицын, обладавший необходимым чином. Фактически же главными доверенными лицами самозванца в московской комиссии стали члены путивльской «воровской» думы В.М. Мосальский и дьяк Б. Сутупов. Вместе с комиссией в Москву был направлен П.Ф. Басманов.

В «Сказании о Гришке Отрепьеве» упоминается о том, что посланцы Отрепьева явились в Москву «со многими людьми служивыми и с казаками». «Летопись о многих мятежах и о разорении Московского государства» уточняет, что Лжедмитрий вскоре «с ратию посла Петра Басманова». В «Новом летописце» тот же текст читается иначе: «вор» отрядил в Москву «на злое свое умышление» Голицына и двух других лиц, «а с ратию посла Петра Басманова».

По «Новому летописцу», миссия Басманова заключалась в том, чтобы навести страх на столицу и искоренить там измену.

Голицын и Басманов привезли в Москву обращение Лжедмитрия к освященному собору, Боярской думе и «всему народу великой Москвы». Послание касалось судеб низложенной царской семьи и, по словам очевидцев, «было исполнено яда».

Прибыв в Москву, боярская комиссия тотчас выполнила приказ самозванца. Экзекуцией непосредственно руководили дворяне М. Молчанов и А. Шерефединов из бывших опричников. Они явились на старое подворье Бориса Годунова в сопровождении отряда стрельцов, захватили царицу и ее детей и развели «по храминам порознь». Царица Мария Годунова-Скуратова обмерла от страха и не оказала палачам никакого сопротивления. Федор Годунов отчаянно сопротивлялся — стрельцы долго не могли с ним справиться. После казни боярин В.В. Голицын велел созвать перед домом народ и, выйдя на крыльцо, объявил «миру», что «царица и царевич со страстей испита зелья и помроша, царевна же едва оживе». Новые власти сделали все, чтобы утвердить официальную версию смерти царя Федора и его матери. Но столичное население не поверило им. Когда два простых гроба с убитыми были выставлены на общее обозрение, народ нескончаемой толпой двинулся на подворье Годуновых. Как записал шведский агент Петр Петрей, он видел собственными глазами вместе со многими тысячами людей следы от веревок, которыми были задушены царица Мария и царь Федор Годуновы.