6 августа «Эмден» в сопровождении вспомогательных крейсеров «Принц Эгель Фридрих», «Иорк» и восьми транспортов-угольщиков под носом союзного флота прорвался из Циндао и 12 августа соединился с кораблями адмирала Шпееу Марианских островов. Адмирал Шпее принял решение отправить «Эмден» в сопровождении транспорта-угольщика «Маркомания» в отдельное плавание — рейдерсгво в Индийском океане. Расчет адмирала был прост: одинокий небольшой крейсер может наделать большой переполох в тылах противника, ничуть не меньший, чем пара броненосных крейсеров. При этом, потребляя значительно меньше угля, он может долго оставаться на коммуникациях, заправляясь к тому же топливом с захваченных транспортов. Кроме того, относительно высокая около 25 уз, скорость делает его гораздо менее уязвимым при встрече с крейсерами противника.

Командир крейсера Мюллер применил еще один немаловажный прием — поставил четвертую фальшивую трубу. Теперь силуэт крейсера стал напоминать английские крейсера, что позволяло немцам вводить транспорты противника в заблуждение.

9 сентября крейсер прибыл в Бенгальский залив и приступил к операциям против торгового судоходства. Первой его добычей стал греческий угольщик «Понтопорос». Формально судно принадлежало нейтральной стране, но оно было гружено 6500 т угля, принадлежащего англичанам. Мюллер приказал транспорту следовать за ним и сделал из него корабль снабжения.

Следующей добычей стал пароход «Индус», шедший в балласте. Корабль был потоплен, а следом за ним и другой, «Лорат», захваченный на следующий день. Почти сразу после затопления «Лората» был обнаружен и остановлен английский транспорт «Кабинга». Однако его груз был американской собственностью. Пароход топить не стали, а превратили в плавучую тюрьму, приказав следовать за собой (впоследствии он был отпущен). Следующей жертвой стал английский угольщик «Киллин», а следом за ним и транспорт «Дипломат» с грузом чая. Оба парохода были потоплены.

После уничтожения нескольких пароходов и встреч с нейтралами, которых приходилось отпускать, Мюллер принял решение сменить место рейдерства. Он выбрал район, по которому проходил маршрут Мадрас — Калькутта. Первыми жертвами здесь стали пароходы «Трасбах» и «Клэн Мэтьюсон». Особенно ценным был последний — его груз составляли автомобили и паровозы Пароходы были затоплены.

Потеря 9 судов встревожила английское морское руководство, и оно мобилизовало значительные силы для борьбы с рейдерсгвом (к тому моменту еще было неизвестно место нахождения эскадры Шпее). В состав поисковых сил вошли английские крейсера «Минотавр», «Хэмпшир» и «Ярмут», французский — «Дюпле» и два японских — «Ибуки» и «Тикума». Кроме крейсеров специальной постройки были привлечены к операции поиска и три вспомогательных крейсера — «Эмпресс оф Эйша», «Эмпресс оф Джапан» и «Гималайя». Однако место нахождения объединенной эскадры было выбрано неудачно. Хотя союзные крейсера и прикрывали войсковые конвои, следующие из Австралии в метрополию, а также контролировали значительную зону в Ост-Индии, но и позволяли в то же время безнаказанно действовать «Эмдену» в Индийском океане.

Мюллер решил предпринять несколько авантюрный налет на порт и город Мадрас Впрочем, он был вправе рассчитывать как на слабость береговой обороны, так и на внезапность нападения. 22 сентября крейсер вошел на внешний рейд порта, включил прожектор, осветил цель и открыл огонь по бакам нефтехранилищ. Выпустив около 150 снарядов 105-мм калибра по береговым сооружениям, нефтехранилищам и городу, крейсер, практически не встретив сопротивления со стороны береговой артиллерии, благополучно покинул порт. Эффект от нападения был скорее моральным и политическим, чем реальным, экономическим, хотя и вызвал некоторую шумиху в журналистских кругах.

После обстрела Мадраса крейсер перешел к Минихоу и с 25 по 29 сентября захватил шесть призов. Наиболее ценным был транспорт-угольщик «Бьюреск», груженный первоклассным углем. Операции «Эмдена» вызвали настоящую панику на западном побережье Индии. Крейсеру, обнаружившему себя, пришлось снова сменить район действий, и он отошел к Мальдивским островам.

Произведя необходимый ремонт, Мюллер решил еще раз наведаться к западному побережью Индии. С 16 по 19 октября рейдер захватил еще семь транспортов. Самым ценным призом стал транспорт «Троллус» с грузом цветных металлов. В погоню за «Эмденом» были направлены английские крейсера «Хэмпшир», «Ярмут» и «Эмпресс оф Эйша» (вспомогательный). К ним присоединились русские крейсера «Жемчуг» и «Аскольд» и японские — «Тикума», «Токива» и «Якумо». Последние два — броненосные. Поиски результата не дали. Более того, скоро «кошка» стала сама добычей «мышки».

Мюллер предпринял поход на Пенанг. Утром 28 октября замаскированный под английский крейсер «Эмден» беспрепятственно подошел к гавани. Среди транспортов в порту находился русский крейсер «Жемчуг». С дистанции в 5 кабельтовых немецкий крейсер выпустил торпеду в борт «Жемчуга» и открыл огонь. Русский корабль был абсолютно не готов к отражению атаки. Получив ряд попаданий снарядов, он был окончательно добит и потоплен второй торпедой. На выходе из порта «Эмден» тремя залпами потопил небольшой французский миноносец «Муске» (336 т водоизмещения). К поискам «Эмдена» присоединились еще три английских крейсера — «Глостер», «Дартмут» и «Веймут», а в восточной части Индийского океана появились еще три японских крейсера.

Командир «Эмдена» решил нанести удар по радиостанции на Кокосовых островах. Однако английское морское командование предугадало немецкие планы, и служащие радио и телеграфной службы были предупреждены и проинструктированы. 9 ноября утром крейсер появился в виду острова и стал на якорь. Десант уничтожил радиостанцию, был перерезан и телеграфный кабель. Однако радисты свою функцию выполнили — о месте нахождения «Эмдена» стало известно союзникам. Сигнал принял австралийский крейсер «Мельбурн», следующий в составе войскового конвоя. Не имея возможности оставить конвой, он передал сведения на однотипный «Сидней».

В 9 час 12 мин с немецкого крейсера увидели «Сидней». Оставив десант на берегу, в 9 час 30 мин «Эмден» вышел в море. Через 10 мин австралийский крейсер с дистанции около 50 кабельтовых сделал первый выстрел. Ответный огонь немцев был точным — на «Сиднее» был уничтожен дальномер. Однако более тяжелые (152-мм) снаряды «Сиднея» делали свое дело. Последовательно, одна за другой немецкий крейсер лишился труб, затем за борт полетела и фок-мачта, и на корме вспыхнул пожар. Артиллерийский бой продолжался почти полтора часа и закончился победой «Сиднея». Десять 105-мм пушек не смогли противостоять восьми 152-мм В 11 час 20 мин тяжело поврежденный «Эмден» выбросился на берег. Так погиб один из самых результативных немецких крейсеров-рейдеров специальной постройки. За время своего рейдерства с 1 августа по 9 ноября 1914 года он потопил 16 транспортов общим водоизмещением в 70 825 т. За непродолжительное время были выловлены и последние суда снабжения немецкого рейдера.

Пятью днями раньше, 5 ноября, закончил свою активную деятельность и другой немецкий рейдер. Это был новейший и самый быстроходный немецкий легкий крейсер водоизмещением около 5000 т. Его скорость достигала почти 30 уз. Он назывался «Карлсруэ». Однако и на нем калибр артиллерии оставлял желать лучшего — только 105 мм, хотя их было больше на два ствола, чем на «Эмдене».